《伤寒论》总结了我国汉代以前的医学成就，把古代理论医学（医经家）与临床医学（经方家）结合起来，成为理、法、方、药完备，内容明确而系统的中医辨证论治经典著作，确定了中医学自成体系的发展方向。古今数百注家对其诠释与推敲，而间不容栉，实际上成为后世医家在临床上采取措施，总结经验，探求新知的理论支柱。此书何以具有如此强大的生命力？郭氏认为，仲景采取“寓理于事，因事明理”的总结方法，沿用《热论》三阴三阳的概念为框架，用严格的事实的联系体现辨证论治的规律，其中融会了前人良好的医学思想，如整体观点、发展观点、普遍联系观点……，使此书具有高度的概括性和适应性。他指出，其书曰《伤寒论》，顾名思义，应该有“论”。然而，书中却没有“论”，除少数条文在其“所以然者”这个自注词后讲了一点道理外，尽是事实的记录。398条，一条就是一个事实，一个方证就是一个典型的事实，其高深理论与卓越见解，全都隐藏在这些事实之中。众所周知，事实是客观存在的，不会随时间的推移而消逝。理论则可以随着人类认识的深入不断更新，同一事实可以用多种不同的理论来解释。
例如，古今解释六经方证，就有经络说、脏腑说、气化说、体质说、阶段说、证候群说等等，不下数十种，都能获得论中列举的事实的支持。说到底，表述事实的理论，具有多重的、开放的、有时是暂时的性质，不过是从不同角度说明客观事物的规律而已。仲景列举反映疾病发生发展过程的自然状态及其诊治的事实，不言经络、脏腑、气化……而这些理论则已寓于其中；不言整体观、辩证观、恒动观……而这些观点即因事而明。
但仲景并不是一个单纯的事实材料的收集者，其所提供的已不纯粹是经验所得，或临床事实的简单复写，而是大量事实的综合与升华。仲景“勤求古训，博采众方”，搜集先前数十代人已经证实了的成功经验，通过长期的、反复的“凭脉辨证”的实践观察，同中求异，异中求同，去粗取精，去伪存真，把那些在疾病过程中有联系的、经常同时出现的、能够反映病机本质的脉症，概括起来称为“证候”；“证候”与具有严格配伍规律的特定汤方结合在一起，称为“方证”。
如桂枝汤证、柴胡汤证、白虎汤证等，全书凡112个。“方证”是《伤寒论》从大量的、基本的、典型的多种疾病中综合起来的，并不是某一特定疾病的症状组合。如桂枝汤证：发热，恶风，头痛，自汗出，脉浮缓；柴胡汤证：往来寒热，胸胁苦满，心烦喜呕，默默不欲食，口苦咽干目眩等，见于多种外感疾病和内伤杂病过程中，并非某一特定疾病所专有。当然，无论是桂枝汤证、柴胡汤证或其他方证，都不是多种疾病共有症状的简单的综合，而是综合了那些能够反映病机本质的脉症组成的。如桂枝汤证反映了太阳病营卫不和的病机，柴胡汤证反映了少阳不和的病机等等。对于伴随桂枝汤证、柴胡汤证出现的反映非病机本质的症状就给剔除了。他认为，作为典型性事实的方证，不仅其自身组成的脉症之间存在必然的联系性，即使在方证之间的联系性也是显著的。论中许多中间性质的方证及其加减方证，就突出地体现了其间存在的联系性。
例如，桂枝麻黄各半汤证、桂枝加葛根汤证、柴胡桂枝汤证，以及桂枝汤证的加减汤证等，就说明桂枝汤证与其他方证具有多方向的联系性。可以说，论中每一个方证都是继一个方证之后发生的另一个方证。当然不能说是继一个方证之后必然发生的另一个方证，这是因为人体正气强弱、脏腑虚实、感邪轻重不同，而有很大差别的缘故。方证之间的联系性，是人体疾病过程的客观反应，而这种联系性的规律性，则具有显著的系统性特点。
那么，仲景是根据什么把一系列看起来杂乱无章的症状、体征联系起来，形成一个个不同的具体方证？又把不同的方证联系起来组成六经病的呢？这种联系性能反映出伤寒方证与六经病的本质吗？对此，郭氏乃首倡“病理反应层次”学说加以解释。
郭氏认为，各种证候都必然从人体特定部位表现出来。而其部位有深有浅，有表有里，有经有腑，有在胸中、在心下、在气、在血等不同，形成不同的病理反应层次。六经病就是六个大的病理层次阴阳失调的反应，而各经病所属方证就是由浅而深的若干较小的病理层次阴阳失调的反应。六个大的病理层次中，如同时出两个或两个以上病理层次的阴阳失调称为“合病”；先后出现则称为“并病”。在较小的病理层次中，也可以同时出现两个或两个以上病理层次的阴阳失调，如桂枝麻黄各半汤证、桂枝二麻黄一汤证等。所谓阴阳失调实指阴阳量呈现偏盛偏衰的状况，是病理层次反应状态强弱的表现。所谓六经病：太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴，实际是按阴阳的多少，即反应状态的强弱划分的。当两个或两个以上病理层次由于反应状态强弱的差异性，即有的层次阳＞阴，有的层次阳＜阴，这种情况同时出现，便形成所谓寒热交错，阴阳混杂的证候，如大青龙汤证等。不仅如此，即使同一病理层次，在不同的人或不同时间，其反应状态也是不同的，或阳＞阴，或阳＜阴，从而出现不同性质的证候。如病皆在表但有麻黄证、桂枝证之别；病皆在心下却有诸泻心证之异。无论是大的病理层次或小的病理层次，其反应状态都是人体在内外环境各种因素综合作用下的反应，调节反应状态以达到治疗目的，则是《伤寒论》的全部治疗思想。其调节方法具有下述三个主要特点。
一是调节的二相性。病理层次的反应状态具体表现为阴阳偏盛偏衰，平调阴阳以改善其反应状态，最忌太过与不及。太过，易向其反面转化；不及，又达不到目的。所以，仲景的组方思想多本二相性原则，其论中112方大多寒温并用，攻补兼施，升降两行，就足资证明。如桂枝汤既用桂枝、生姜辛温通阳，增强卫阳的升散性、动性；又用芍药、甘草、大枣酸甘敛阴，助长营阴的凝聚性、静性，以节制升散太过。又如小青龙汤，既用麻黄、桂枝之辛散，以增强在表之阳气的升散动性；用干姜、细辛、半夏之辛燥，以降低在里之阴（寒饮）的凝聚静性；又用五味子、芍药、甘草酸甘合化，助长阴的凝聚静性，达到在表以监制麻桂的过度升散，在里以防姜、辛、夏的太过温燥，免其饮去热生。诸泻心汤，既用芩、连之寒，又用姜、附、夏之温；炙甘草汤既用姜、桂、酒温阳，又用麦、地、胶益阴。如此等等，无不体现其汤方组合的二相性特点。
二是调节的固本性。从其用药看，论中112方用药93味，用得最多的首推炙甘草，共70方；次为大枣40方、附子23方、人参22方。这些扶助正气的药物使用率最高的事实，表明仲景组方重视固本。再从治疗的方法上看，也处处以固正气为本。如用桂枝汤只取微汗，还要以米粥保胃；用承气汤急下存津，得便则停后服，免伤气液；用小柴胡汤和解少阳，配以人参扶正，使其濈然汗出而解又不伤正气；太阳病告诫不可下，免伤胃气损津液；少阴病急温回阳；厥阴病告诫“下之利不止”，等等。所以，陈修园总结《伤寒论》治法的精神实质为“保胃气，存津液”六个字，道出了其调节的固本性特点。
三是调节的整体性。针对各种内外因素综合作用下所出现的各种病理层次的反应状态进行调节，本身就是整体观念的体现。但深入考究，仲景的调节方法往往不是直接针对失调的病理层次，而是从整体着手进而改变失调的病理层次的反应状态，达到治疗目的。例如，“中风发热，六七日不解而烦，有表里证，渴欲饮水，水入则吐，名曰水逆，五苓散主之”。其中风发热是表证，不解而烦则病已入里，水入则吐是中焦停饮，称为水逆，不用麻黄解表，不用芩、连、膏、栀清里，不用姜、夏和胃，而用五苓散化气利水，“上病下治”而水逆自平，里和表解，就是整体性调节的手段。而且五苓散制方目的旨在利水，其中不仅用苓、泽利浊水，还用桂枝通阳气；不仅要利水湿于下，还用苓、术固脾气于中，虽着眼于利水，实调节于整体。总而言之，伤寒六经方证，是仲景当时条件下，为寻找调节人体反应状态的确定性，而总结出来的辨证论治体系。
郭氏应用上述“病理反应层次”学说揭示六经方证的本质与特点，其现实意义在于：为进一步阐明其物质基础提供了思路。但他认为，《伤寒论》毕竟是1700多年前的著作，仲景的观察总结多是对疾病自然过程的诊治，其所提供的方证，虽然至今用之仍效验彰著，但不可否认的事实是，今天的社会和自然环境与古代大不一样了，对疾病的自然过程干扰很大，仲景描述的有些反应状态及其传变、转化规律，今天已不可见了。这是一方面。另一方面，随着时间的推移和经验的积累，对伤寒方证的应用又大大地突破了仲景的规范。基于这些事实，他曾提出创立六经辨证论治新体系，把仲景学说的发展推向新阶段。
