从广义讲，前述三个步骤：治感、治郁、调理脾胃，其目的都属于平调阴阳范围，许多病证往往因此而缓解或治愈。这里所谓平调阴阳，是指经过前述三步骤治疗而原病未愈，当从平调阴阳入手，以改变其病理反应状态，达到治疗目的。如果原病不存在前述三个步骤治疗的病情，亦应从平调阴阳着手治疗，即“虚者补之，实者泻之，以平为期”。此中切忌片面而纯粹地“中药西用”，即根据现代医学的病因概念，用中药来治疗原病。例如，由于细菌存在所致的一些慢性疾病，如慢性肾盂肾炎、慢性痢疾等，采取中药抑菌治疗。此种治疗往往没有效果，或疗效很不满意，有的甚至加重病情，如用平调阴阳之法，改变其细菌致病的条件性，则不治因而治因，常能收到较好效果。这正是中医最具特色的治疗手段，也是中医学的优势所在。不过，郭氏主张在辨证论治的范围内，汲取现代中药研究的成果。例如，痢疾，辨证为肠道湿热，选用黄连、黄芩、地榆、马齿苋等，这些药物既有较强的抑菌制菌作用，又能寒以清热，苦以燥湿；高血压病，辨证为肝阳上亢，选用黄芩、决明子、地骨皮、菊花等，这些药物既有降血压的作用，又符合平肝清肝的论治要求；冠心病心绞痛，辨证为气虚血瘀，选用黄芪、川芎、当归、丹参等，这些药物既有较好的扩冠作用，又满足益气活血的需要。如此考虑，他认为能提高疗效。
然而，中医学所谓阴阳平衡即是健康，阴阳失调即是疾病，故平调阴阳就是治疗总则，这些都是以“四诊”为条件的宏观范围的结论。而临床上却经常遇到下述三种情况：第一种情况是，病人没有任何自觉症状，四诊检查也未见异常，但现代医学化验检测却发现了疾病存在，比如早期发现的癌肿、初期高血压、肺结核病、肝炎、肾炎等；第二种情况是，经过治疗之后，病人自觉症状完全消失，形神色泽，舌象脉象完全正常了，中医认为病已痊愈，但现代医学的化验检测指标表明，并未完全恢复，比如慢性肝炎、慢性肾炎、慢性肾盂肾炎、某些糖尿病人等；第三种情况是，中医“四诊”观察其阴阳失调的证候明显，病人的自觉症状也很突出，但现代医学的化验检测未发现任何异常，比如一些所谓综合征、官能症、原因不明性疾病等。须知，中医“四诊”发现的异常脉证是疾病的表现，现代医学化验检测的异常结果也是疾病的表现，二者都是客观存在，都应该承认。上述第三种情况，现代医学不能定位，“无病可辨”，也就无从治疗，而中医却有证可辨，按辨证论治，平调其阴阳，正好发挥中医的优势，自不待言。上述第一、二种情况，在宏观上阴阳处于平衡状态，“无证可辨”，而在微观领域的表现，则应认定为阴阳失调，其平调阴阳的方法，目前尚处于积累经验的过程中。
郭氏对上述第一种情况的处理，原则是现代医学有特效治疗者，尽早采取特效治疗，以免延误病机，如早期肺结核及时给予抗痨治疗等等。如现代医学对其无特效治疗或必须配合中医治疗者，当分下述三种情况处理：一是现代医学检测确诊的病与中医能“对号入座”，就按中医的认识预作治疗。例如，肺结核病与中医所言“肺痨”是一回事，中医认为“肺痨”是因“痨虫”所致阴虚肺热为基本病机，于是采取预保阴液，清肃肺热，抑制痨虫的治疗，实践证明，也能收到较好效果。二是现代医学检测确诊的病与中医不能“对号”，但现代医学没有特效治疗，其病又不具很快恶化的性质，这些病从中医角度看，其病机演变可能比较复杂，不便遣方用药预作治疗者，则根据其体质、气质情况，采取体育、气功、饮食、情志等自我调摄方法处理，如初期高血压、动脉硬化之类。其中有的则可摸索微观辨证论治的处理方法，如根据初期高血压、动脉硬化的血液流变性、血脂的变化等遣方用药，也能获满意效果。三是现代医学检测确诊的病与中医难以“对号”，又具很快恶化的性质，预后不良，而中西医皆无特效治疗，如癌肿等。对此类疾病，除采取现代医学的治疗方法外，要积极摸索中医治疗经验，有的则可取二者之长结合进行。如对癌症的治疗，一方面采取手术、放疗和化疗，一方面用中医方法对抗其副反应，保证通过疗程，并改善体质，改善其血液流变性等。实践证明，二者结合实施能大大地延长其生存期。
他对上述第二种情况的处理，一般是按原来的病机治疗。他认为，虽然宏观上“无证可辨”，而微观上继续存在的异常的化验检测指标，实际上表明原来的病机变化尚继续存在，理应按原来的病机继续治疗。例如，慢性肾炎的蛋白尿，原属于脾肾两虚的病机，在其完全消失以前，当然意味着脾肾功能未完全恢复，继续原来补益脾肾的治疗，直到蛋白尿完全消失，显然是正确的。许多疾病的反复性大，即使化验检测指标正常了，也应针对原来的病机继续治疗一段时间，以巩固疗效。
