对于内伤杂病的治疗，郭氏崇尚东垣、景岳之学，并能兼收二家之长，又不囿于斯说。他常说：“形为神之基，神为形之能，形以脾肾为根本，神以精气为化源，治病必求于本，本即脾肾，本即阴阳。本强则形能生而壮，本衰则形弱而夭。故治脾病以虚为本，以湿为标；治肾病以阴阳偏虚为本，偏亢为标，全在灵活辨证耳。”1．治脾以虚为本、以湿为标：脾为五脏之根本，气血生化之源，脾虚则清阳下陷，阴血失统，甚至由于运化失司，难以开清散精，致诸脏失约失养；脾失健运，可致水湿停聚，泛滥横溢内外，故治脾当以虚为本。临证经常化裁应用补中益气汤、升阳益胃汤、参苓白术散、当归补血汤、归脾汤、理中平胃散及三参五苓汤等，治一切因阳气下陷、阴血失统所致之痿证、脏器下垂、脱肛、虚寒泄泻、脾虚水肿、气虚发热、血脱不统及疮口不敛不收等病证。对于他脏虚损，尤其如痨伤肺虚，他更重视扶脾益气。认为：肺主诸气，肺为痨伤，气阴久亏，制化失职，不能助脾以输布精微，反而耗伤母气，病损及脾。脾虚又无力输精于肺，津气无源，肺脏更失濡养致使肺金气阴愈亏。此类病证，他常用其祖传验方益土育金丹加减治疗，疗效称着。
脾喜燥亦恶燥，运湿亦恶湿，燥由火郁阴伤，以甘淡微寒之品如山药、太子参、黄精、苡仁、麦冬、蔗糖等药清润滋濡即安。湿从内生，源于虚而为病之标，且湿之为患，往往阻遏气机，留滞难化，变生他证。治之缠绵难愈，不能速已。郭氏认为：痰、虫、湿热，多出现怪证，其原因都与湿之久郁有关。脾为湿土之脏，主运化水谷而散精微。脾虚失运，水湿停聚，郁久化热，必影响三焦气化而变生诸病，故内科临床湿热病最多。“脾为生痰之源”，脾虚饮停，湿热酿痰上贮于肺，或阻滞经络，故顽痰怪病，亦由湿起。湿停热蒸，为虫之孵化、孳生、聚集的最佳条件，故脾弱者虫病多。治湿热病时，常于燥湿清热之中，益以健脾运湿；治痰饮也纳调脾利湿于化痰逐饮之中；治虫积于驱虫后必予补脾健运以免去而复生，反复难已，常用参苓白术散，加木香、使君子仁、榧子仁等。
2．治肾以阴阳之偏虚为本、偏亢为标：肾藏阴精、阳气，二者平秘相济，神形健旺。若有所伤，则见偏虚偏亢。而虚为病之本，是绝对的，亢乃病之际，是相对的。在治疗方面，强调“只求其虚，毋责其实，养阴勿损阳，扶阳勿抑阴，以平为期”。常以左归饮、右归饮、六味地黄丸、八味地黄丸等方化裁。亦善于用六味地黄汤加黑附子或紫油桂以引火归原，治上窍诸痛，均取得满意效果。
