50多年来，郭氏孜孜不倦地研读仲景、叶吴学说，穷源竟委，探古发今，诊治了大量温病患者，积累了丰富的临床经验，形成了独特的温病学术思想和医疗经验。
一、温病病因毒邪论
自温病学诞生以来，一直沿用六淫学说作为温病的致病主因，特别是以叶天士为代表的温病学家将其统称为“温邪”，并分为风热、暑热、温热、燥热等。但历代学者尚未明确提出毒邪与六淫病邪的关系。在50年代，郭氏提出了温病毒邪学说，认为吴又可的“杂气”学说寓有毒邪的涵义。郭氏说：“人与自然息息相关，异常气候对人体有一定的影响和损害，对‘杂气’何独不然？风热发于春季，暑热见于夏令，湿热长夏最多，燥热以秋为甚。其致病的季节性，说明不同季节气候对不同毒邪的孳生、传播、毒力的激活及其媒介物的繁衍都有一定的影响。”他认为，凡是致病之邪都是有毒的。毒是邪所固有的致病物质。不同的毒邪受不同季节气候的影响。
六气失常，既能破坏或降低人体的适应性而诱发疾病；又对毒邪的孳生、传播有着密切影响。
这种双重作用，就构成了“六气”化为“淫邪”的病因学说，使毒邪与六淫有机地统一起来。毒邪学说的提出，为温病病变过程中热毒症状显著的病理特点以及清热解毒为主的治疗大法提供了理论依据，对于温病理论的发展、创新，乃至临床诊治水平的提高都有一定的积极意义。
二、肯定伏邪学说
郭氏认为：伏邪学说不是具体的病因论，是论述邪气伏藏以及从发病后的证候特点辨内伏部位、外发途径的学说。它的要义是：毒邪侵入人体后可有一定的伏藏过程，其发病与否，既与毒邪的质、量有关，又为体内正气的强弱所左右。正强邪弱的，可“合而自去”（即被正气消灭、排出）；正邪相持的，则邪气伏藏，伺机而发；邪强正弱的，则正邪相互作用，不久即发。并指出：这一伏邪学说是源于《内经》，砥定于王叔和，发展于吴又可。尽管说法不一，观察记述亦不够准确，但不能苛求古人，更不能轻易否定。
三、温病病机与辨证
1．三焦“四分”经纬学说：对于温病的病机与辨证，郭氏提出以三焦为经、卫气营血为纬的理论。即：温病病变之阶段可用三焦划分，而每焦中又有卫气营或气营血的不同层次，如是则三焦“四分”相互补充，经纬交错，构成了完整的温病学辨证体系，这样比较符合实际，也易于临证掌握。并认为：三焦辨证纲领更符合湿热类温病的变化规律。湿热毒邪多由口侵入、直走中道、伏于募原，始终以脾胃为中心，所以其传变往往是由中焦发出上焦，进而入中达下，且因湿邪浊滞难解，气液阻滞而较温热病传变交错，出入反复较大，故往往“三焦四分”不能截然分开，常为“上中同病”，“中下并见”，甚至三焦弥漫。
2．血分病理之动、迫、虚、瘀互为因果论：在温病病理方面，他将血分证的病理总结为：动、迫、虚、瘀四字。其过程的因果关系总以热毒（外因、内因）为主因。就病理的动、迫论：是由动到迫，动轻迫重，有动、迫必致虚、瘀；从虚、瘀论：由热致虚，因虚致瘀，热毒、动迫是虚之因，虚是果；热与虚又是瘀之因，瘀是果，而互为影响。并且指明血分证是毒瘀互结。其毒主要是病因之毒导致病理产物——瘀（痰、湿、水、积）所化之毒，古谓之“化毒”，实属病理之毒，此两毒与瘀交结，即为“毒瘀互结”。
3．病机之热与津、湿与气：温病病机虽千变万化，但温热病无非是热与津、湿热病无非是湿与气的消长变化。热盛必伤津、湿郁即阻气，这是病机的关键。若能把握住这一机理，临证自可机圆法活，得心应手。上述“热与津、湿与气”病机特点的提出，准确、简洁地概括了两类温病的病机特点，既便于理解记忆，临床诊治也便于分析应用。
四、治疗与防护
1．治早防变、扶正祛邪说：对于温病治疗，必须谨遵“治于早期、防于变前”的原则。温病发病迅速，变化多端，病情险恶，治疗慎勿怠误，以免丧失时机。在审因测机、辨证论治理论指导下，正确运用扶正祛邪的法则，至关重要。主张“早期祛邪宜力，后期扶正当紧”。总之，应将辨证与审因合为一体，灵活掌握，因势利导。故治外感热病虽不外疏表清里，开气活血，通脏安腑之法，但治温热更重视清热解毒、护液养阴；治湿热更重视祛湿清热，宣化分消。至于选方用药，强调一准二狠三精四专；治温热要敢于在宣透中重用清热解毒药，治湿热要敢于在宣化逐湿中加用清解浊热药；做到除恶务尽，不留后患。
2．注意预防、强调护理：“无病先防”，对于温病尤为重要，若能从调气养精，锻炼身体，内清外洁，适应寒温，饮食有度，劳逸得当，因季调卫，御病防邪等诸方面严格注意，多可防止或减少发病。特别是用中药口服预防温病，有独特的见解和建树。郭氏运用《内经》预防学思想和温病学理论，对出血热的病因病理进行了长期深入的研究分析，认为出血热的发生是由于素体肾阴不足，感受疫毒之邪，邪毒炽盛，灼伤脉络，迫血妄行，脉络不利，热瘀交结，毒伤营阴。提出了“扶正养阴”预防该病的原则，创制了预防出血热的中药制剂——“出血热预防片”。
对于已病，以往温病学家于护理强调不够。温病证情重笃，易于传播，加强护理不仅有利于病者康复，而且可免除未病者罹患，实乃温病临证工作中之重要一环。郭氏提出了有关一般护理（包括环境、生活、饮食、精神等）及高热、多汗、昏谵、痉厥等的具体护理措施。
