朱氏认为五行学说的形成，在历史上可能有下述四个发展阶段：第一阶段为人们观察到当时生产、生活资料中最基本的几种物质是木、火、土、金、水，即谓之“五材”。第二阶段是人们认为上述五种物质是构成世界万物的原初物质，即用五材来解释万物的构成与起源，这就是后来所谓的“原始元子论”阶段。第三阶段是根据五材的特性（如“水曰润下，火曰炎上……”），将各种事物（如季节、气候、地域、颜色、气味等）归纳为木、火、土、金、水五类，从而把自然界的诸事物联系起来，这就具有“五行”的含义了，“行”者一队、一类也。第四阶段是进一步用五行之间的关系来说明事物之间的内部联系和变化发展规律，从而出现了五行相生相克等理论，这就是“五行”的另一个含义，因而五行又可称“五运”或“五运行”。五行学说的这四个认识发展过程，实际上也是五行的四种含义，是从原始的唯物论发展为朴素的辩证法的过程。
五行学说作为我国古代的一种哲学思想，在当时并且是一种比较先进的认识观，因而必然要影响到自然科学的各个方面，医学也毫不例外。在中医学中就形成了以五脏为中心的对内、外环境的五行归类，并用五行生克乘侮的理论来解释人体的生理活动和病理变化。
关于医学上五行事物的归类，应该看到这种归类是古人通过长期的生活观察、医疗实践而总结出来的。如夏天炎热多火证，南方气温高患火热病者较多，火热证常有面红、舌赤之类征候；肝所分泌的胆汁常为青绿色，肝又有疏泄升发的特性，这与春天树木处于生发条达之状态有某些相似，酸味的药常用于治肝病；肺开窍于鼻，与皮毛的关系密切，辛味的药多能宣肺发表等等。但显而易见，这种归类是凭直观认识所作的粗略概括，在许多方面不可能真正揭示事物的内部属性和联系，而把宇宙万物的多样性凑成以五为基数的世界图式，这就不可避免地在某些方面陷入机械唯物主义。
关于五行生克，虽然其用意在于说明事物运行的互相联系，但由于它不完全是科学的抽象，因此仍然是形而上学的。五行生克的形而上学成分正是在于它取消了各种事物运行变化的内因和特殊性，并且将生、克对立，也就是将事物矛盾的对立与统一割裂开来了。
五行生克乘侮运用到中医学上，它不能直接说明医学具体内容，不懂得肝与脾胃的生理活动和病理联系，根本就不可能理解“木克（乘）土”的医学含义。当然从具体事物中抽象出来的概念，并不能完全等同或替代每一具体的事物。但五行生克这种抽象的概念，对医学并没有起到理论上的提高和促进作用。中医的辨证与论治规律都是以临床证候为依据，通过诊疗实践而总结形成的，而决不是按照五行生克理论推测辨证结果，也不可能从中得到新疗法的启示。
因此，这种对实践无指导作用的抽象理论是无实际意义的。即使五行生克只作为脏器关系的代名词，它也并没有起到简化说理的作用，如将“肝气犯脾”称为“木克（乘）土”，将“补脾益肺”称为“培土生金”等，反而将本来明确易懂的东西弄得复杂神秘了。
各脏器之间有着极其密切的生理病理联系，其中也可能存在着某种比较固定的规律。但五行生克所规定的循环公式，并没有揭示出脏器关系的真正规律。据目前所知，五行生克的关系与人体生理病理的客观存在有许多地方不相符，如金克（乘）木、火（指心火）生土、金侮火等在医学中并无体现。脏器间实际存在的生理病理联系，在五行理论中又得不到解释。如临床常见的肾不纳气证用补肾纳气法，就没有“水（或曰火，即命火）不生金”和“补水（或曰火）生金”的提法。用归脾汤之治心脾气血两虚，也没有“补土生火”或“虚则补其子”的理论。而在六腑、五官九窍等组织器官之间的关系中，更谈不上生克乘侮之类的联系。
朱氏指出，历史上的五行学说已经从自然科学中被淘汰，现在唯有中医学中还保留着。其实，这只不过是一种习惯性的沿用，而并不是因为五行学说能经受起中医实践的验证而得以保留的。实际上中医学中去掉了五行学说不仅无损于医学具体内容，且可使人们的思想从旧的观念束缚中解放出来，以更好地用唯物辩证法思想指导医疗实践。
