目前对针灸学说及其功效的理解，是家自成书，人自为说，虽可言之成理，也可顺理成章，但对针灸这门特有学科在中医学说中的地位与特点则涉及不多或是并未重点突出，这就忽视了针灸的学说与功效是和中医的认识论与方法论这种根本关系。中医的认识论和由此所产生的方法论是中医各科与治疗方法的基础，只有认识正确，才能方法合理，这是任何学科与科研项目必须遵循的前提。作为东方瑰宝的中医学，在理论体系上有其自己的认识论，在治疗手段上更有自己的方法论，针灸学说与功效，是在中医认识论基础上所产生的具体产物。而方法论则是认识论的具体应用。因此要对针灸作用以及经络学说的理解与探讨，首先应该在中医的认识论与方法论中寻求答案。至于用西医学说与观点所作出的解说，乃是针灸作用的另一个侧面，是不能同针灸学说的根本同日而语的。
一、针灸功效是以阴阳学说为核心
1．阴阳平衡是以双相调节为凭证：人体是阴阳对立的统一整体，不论是生理机能的发挥与病理过程的衍变，都是处于阴阳转化和矛盾对立的运动过程之中，故中医认为疾病的发生主要是由于阴阳失调的结果。《素问·阴阳应象大论》强调“治病必求于本”，就是指本于阴阳。因此不论用什么手段和方法，都是以恢复阴阳平衡为目的。《灵枢·根结》所说的“用针之要在于知调阴与阳”，就是指明针灸作用的最大特点，所谓针灸作用的“双相调节”，就是充分证明了这一点。针灸的作用其所以能异病同治与百病皆治，道理即在于此。
有余可泻，不足可补，这是中医临床的基本原则，有余为亢盛属阳，不足为衰竭属阴，阴阳平衡，健康自可恢复，这就是中医理论的正确与针灸疗法平凡而伟大之处。
2．阴阳平衡在针灸取穴上的体现：在针灸临床上左右互取，以及前后上下的颠倒取穴法，也必须根据阴阳学说才能理解。这在中医理论上就是从阴引阳，从阳引阴的阴阳互引法，在这一原则的指引下，就可有许多灵活多变的取穴与配穴法，左右者阴阳之道路也，左侧病而在右侧选穴，右侧病亦可在左侧选穴，从腰以上属天之阳，从腰以下属地之阴，上半身病可在下半身选穴，下半身病亦可在上半身选穴。腰背为阳，胸腹为阴，前后互取，更为常用。
又如白昼为阳。黑夜为阴，在白天或夜间定时发作的疾病，而于昼夜相反的时间选穴施治，也是阴阳互相法则的运用。
3．阴阳现象在针与灸的手法上均可显示：再以针刺手法来说，也是和阴阳学说分不开的，针刺的作用如能得到充分发挥，是通过手法的补泻才能显示，手法操作的名称虽多，如通过分解，不外是互相对待的两个方面，没有出就没有入；没有提就没有插；没有左也没有右。他如多少、深浅、内外都是如此。没有这些相反的矛盾手法，就不能起到矛盾转化的治疗作用，故针刺手法本身和作用过程，也就是矛盾对立和阴阳转化的过程，而针刺的补泻作用，就是要求通过矛盾的手法运动，以求达到针下凉热的阴阳反应，由此才能使平衡阴阳的治疗效果，进一步得到发挥。
针效是如此，而灸效也不例外，《灵枢·背腧》以急火为泻与慢火为补之说，由于不能立即出现反应而找不出明显佐证，似乎是属于玄虚，但是如果应用周氏所独创的意念运针补泻手法（见后述）热感自不必言，凉感也能出现。这说来可能是十分荒唐，听来也可认为是荒诞，在艾火烤灼的情况下，焉能出现凉感？如果手持艾卷，如同持针，充分运用意念，再用手势相配合，就可出现如同针刺凉泻反应。当艾火将接触皮肤时，即着意在穴上引病气外出，同时指腕外扬，连续不断，则穴上与病处均能出现凉感。补法则是手持艾条，不断着意用力向内推送。则感传作用更易出现。如果说这是气功，但又不是气功，不是气功又与气功十分相近。这种方法周氏不是出自师传，是他触类旁通的特有心得，也是古今中外针灸文献上从未见有记载的事。
可见针灸这门学问是如何博大而渊深！人体的秘奥决不是机械唯物者所能理解与说得清的。
二、针灸功效是以五行学说为基础
1．五行学说是以建立良性循环打断恶性循环为目的：五行体系是中医阴阳学说中的一个重要内容，以之作为对脏腑功能的划分，及对生理与病理变化的概括，这不仅是灸针学说的基础，而且更能从灸针作用中得到证明，所谓五行相生就是良性循环，相克就是恶性循环，人体内部各种信息通路（包括经络体系在内）在生理情况下就是互相联系与沟通的良性循环，在病理情况下，就是彼此推移与相克的恶性循环。灸和针的作用就是在人体内部的信息通路上，选择相应的部位，以这种特定因子，促使其发生特定的感应，使良性循环得以恢复和巩固，恶性循环得以遮断和阻滞，从而达到防病与治病的效果。中医治则之“知肝传脾，当先实脾”的理论，就是打断恶性循环的一种手段。
2．神转不回，回则不转，是五行学说的浓缩和升华：在《内经》上有“神转不回，回则不转”的明文，这是对人身生理机能与病理衍变的高度概括，也正是对五行系统与对祝由治病“移精变气”的注解和说明。顺序为转，倒退为回。人身机能的气血运行，只能顺序向前，决不能倒退向后。向前就是相生的良性循环，倒退就是相克的恶性循环，如果恶性循环一经出现和形成则人身的气血运行也就不能正常地运转了。目前还有人攻击五行学说是玄虚、不科学。试问这种高度概括的放之四海而皆准的学说见解是真的不科学吗！
3．五行学说在针灸临床上的应用和证明：宇宙和人身都是一种因果推移的转化链，五行则是在这个转化链上不同阶段和不同环节的标志和符号。在承担疾病的人体说来是一个因果转化链，而在致病的各种因素特以各种致病微生物来说，也是一个因果转化链。因此不论是改变病人自身或是改变致病因子的因果转化关系，都是一种治病与防病的重要环节。特别典型的以疟疾来说，疟原虫的生活周期也是一种因果转化的关系，如果在疟原虫的转化周期中，打断其一环，则疟疾的周期发作自然就被制止。用针灸治疗的道理，就是激起人身内部环境的变化，改变疟原虫的寄生环境，因而达到截疟的目的。其他可以例推。周氏应用灸法治疗属于病毒为患的流行性出血热，也是运用五行学说的理论打断恶性循环所收到的效果。可见阴阳五行的学说见解是具有普遍意义的。
三、针灸功效是以调和气血为关键
1．气血不和是病理变化的普遍机制：气血是中医阴阳学说中的一个具体内容，中医对生理，病理的理解与治疗方案的拟定，莫不以之作为指导与依归。近代对各种病理变化的研究，早已表明，各种疾病的发生和发展，都是由某种组织或器官的三种基本改变所引起的，即代谢改变，机能改变和形态结构改变，而机能与代谢这两种改变，又必然导致其在组织形态上发生异常，而血液的供应和通道也将随之而发生改变，因之不论三者之间是孰先孰后，都是以气——代谢和机能，血——正常的血液供应这两大基本因素的改变为转移。故《素问·调经论》曰：“气血不和，百病乃变化而生。”《至真要大论》曰：“调其气血，令其条达，而致和平。”可见中医对“气血不和”病理机制的认识，以及对解决这种机制的相应措施，不但与近代才被阐明过的三项病理机制相符合，而且更能包括这三项基本变化于其中，这不能不令人叹服！
2．针灸调和气血是以异病同治为突出表现：针与灸的治疗作用，早已一致公认其具有调整内部环境，增强抗病能力，使已经发生障碍的各个组织与器官的功能得到提高和恢复，促进其血流与淋巴流的重新活动，带走有害物质使之无害，使人体基本物质的供应和细胞代谢恢复平衡状态，这和中医所说的“调和气血”基本是一致的。生理机能的提高，血液供应的改善，这两者乃是治愈疾病的重要环节，和在治疗学上具有普遍意义的客观规律，因此针灸功效就可百病皆治与异病同治，而调和气血的作用，也就为阴阳学说提供更好的印证和说明。由此也可见到针灸调和气血的功效，是以治人为主要手段，而与西医针对病原的治疗方法存在着根本的悬殊。
3．针灸调和气血可从对症治疗中得到证明：临床治疗学，不论是中医还是西医，历来就分为治病与治症两大方面，治病就是针对致病因子进行控制与扑灭，这就是西医所奉行的准则。
而治症就是根据在发病过程中的某种见症，给以缓解和消除。这被认为是头痛医头，脚痛医脚的拙劣手段，恰恰相反，针灸的治疗作用，就是以对症治疗这种“拙劣”手段见长。
中西医对症治疗的主要区别，就是在于西医的对症治疗，是用强有力的手段针对某种症状进行抑制，而对疾病本身并无多大作用。而中医的对症治疗则是以调和气血提高全身机能为前提，从而达到减轻与消除症状的目的。也就是说在解除症状的同时，对疾病本身还具有治疗作用。因此不论是虚寒与实热之腹痛均可取用三里，不论是外感与内外之咳嗽，均可取用肺俞，不论是肝阳上亢与肾阴不足之头眩耳鸣，均可上取风池下取涌泉，不论是下元亏损与风寒侵袭之腰痛，均可前取阴交后取肾俞。有某病即可选某穴，而某穴也并不是单主某病，同是在调和气血的基础上，所达到异病同治的目的。
四、针灸功效是以天人相合
为说明人与天地相应，天人合一的整体观，也是中医认识论的一个主要内容，人与周围环境是一种互相感应的整体，因而周围环境的周期性变化，自然就会影响到人身内部器官的各种周期性活动，“脏气法时”的理论体系与治疗方法，不论是在古代与现代，都有着不可动摇的确定地位。
时间针灸学中的子午流注针法，就是在天人相合的思想指导下运用干支学说的具体产物。而在一些定时发作的病症，如运用脏气法时的理论推理选穴，也可获得意外的效果。例如晨咳的患者，日出为春，春属肝，可以推理为木旺侮金，实泻其子，火为木子，可以在手少阴经选穴施治，也可滋水涵木，在足少阴经选穴施治。又如日晡腹胀，日晡为秋，秋属肺，可以推理为金气不收，可以在手太阴，或配合足太阴经选穴施治，总之汤液或是针灸功效的发挥，天人相合的学说见解与应用，是一个不可忽视的方面。
五、针灸功效是以局部与整体相结合
人身是由许多局部所组成的整体，而在整体关系当中又寓存着许多的局部，每一局部都是建筑在整体关系之上的。在生理上局部作用的发挥，必须有赖于全身机能的协作，每一局部与全身其他相应的组织或器官，都可保持着一种息息相关与脉脉相通的明显或潜在关系。所以某一局部的病理变化，都是全身变化的一种表现，也是全身变化的一种反应，全身的反应和变化，每能导致局部的机能障碍和失调，而局部的机能障碍和失调，也能引起全身的变化和障碍，因此在治疗方法上，更可以从整体关系中影响和作用于局部，反之更可从局部关系当中，以影响和作用于整体。局部病症如采用药物内服治疗，这就是从整体以影响局部，整体病症如采用局部外用治疗，特别是针灸治疗就是从局部以影响整体。可见局部与整体的治则是统一的，内治与外治的区分也是相对的。“生物全息论”的出现，对针与灸的作用部位与每一部位共同与不同特点，开拓了广阔的园地。诸如耳针、鼻针、眼针、舌针、手针、腕踝针以及脚针等等，均可由全息的观点作出说明。而对传统的循经取穴针灸法，更是一种新的佐证与新的补充，值得注意与重视。
六、针灸功效是属于生物物理学范畴
1．针灸作用本身就是属于物理刺激：物理疗法在天然与人工的两大类别中，品类繁多，但都是运用特有的物理作用引起生物物理反应所产生的效果，针与灸自然是属于人工的物理疗法之一。许多物理作用，都能使组织温度升高，发生电荷，电位，细胞通透性，胶体状态，酸碱度，酶系统，分子结构，生化性质与生理功能等多方面的变化，形成生物活性物质如组织胺或类组织胺，乙酰胆碱，以及某些物质代谢产物及内泌素等，从而提高机体调整能力和免疫机制，有利于病理过程向正常方向转化，促使疾病的好转和痊愈。这些都为针灸疗法所共有。
要想能达到物理治疗的作用，就需要有一套科学方法，例如应用方式、剂量、时间以及部位等，都需要加以考究，才能达到最好的效果，这又完全与针灸疗法的治则相符合。可见针灸的作用与效果，更为其本身所特有，也为他种物理疗法所共有。因为针灸作用本身就是属于物理刺激。
2．循经感传与神经反射同是属于生物的物理反应：物理治疗的效果，西医的观点是十分重视神经反射与体液的作用。在体液方面的意义与功效，中医的“经水”学说，已经有着类似和相近的内容，而神经反射学说，则与中医的“循经感传”形成鲜明的对比和对立。两者既是彼此抗衡，也是互相印证。是人体接受外来刺激同时存在和互相协调的两种方式和途径，神经体系决不能脱离其周围环境与依存的条件而孤立地发挥其反射机制，而循经感传也不能在神经麻木的肢体上为患者自身所感知或被测出，从神经论的角度说，反射是物理疗法的主要作用机制，从经络学说角度说，感传是针灸疗法的中心环节。感传现象，完全是属于生物的物理反应，是在物理作用的定点刺激下局部能量蓄积至一定程度时，即可沿着固有的和有病理因素参与的某些或某种特有的联络体系运转和向病处运行，而发挥与神经反射相协调的治疗作用，是两位一体不可分割。
3．物理作用能提高免疫机制，可能与促进干扰素的形成有关：干扰素是脊椎动物的细胞中普遍存在的具有高度生物学活性调节的细胞免疫功能的重要物质，它和免疫系统关系密切，能抑制病毒在细胞内复制，其重要性并不亚于免疫系统。具有广谱性即几乎对所有病毒均具有抑制作用，而又具有选择性，即仅作用于异常细胞，对正常细胞作用很小。在生理状态下动物细胞干扰素的基因是处于静止状态的，只有受到一定刺激后，基因才开始活动，诱生干扰素，而诱生干扰素的物质，种类很多，统称为干扰素诱生剂。
在针或灸的作用下，所产生的效果与干扰素的功用是十分相近的，特别是干扰素并不是直接地扑灭病毒，而是通过细胞的基因产生另一些蛋白质，来发挥效能，这与针灸能间接扑灭细菌与病毒的作用更加符合。这可能就是人体在接受针与灸的作用下，就如同是干扰素的诱生剂，当细胞干扰素的基因被激活，干扰素产生以后，治疗效果也就得以显示。这种设想自然是一种推理，缺乏实验资料的证明，但也不失为“实验针灸学”的一个新的探索内容。其他物理疗法所产生的效果，也可由此寻求解答。
综上所述，可见针灸的作用机理是更博大而又复杂，这就使我们在认识与理解时，往往是注意了这一面而又忽视了那一面，因而就没有一种学说能代替其他学说，也没有一种学说能包罗其他学说，难免就各执一词，各成一说。至于如何方能把这些复杂机理用来指导临床实践，周氏曾经这样说过：“只有全面理解，才能重点应用，如果不能有选择地重点应用，就不能发挥针灸的最大作用。”事实正是如此，针与灸的选穴选法，是因地，因时，因人，因病而各有不同，是没有一种固定模式和程序的。
