章氏擅治肝胆疾病，并专设肝胆病门诊，其专科特长是治疗胆石症与胆道感染。他认为：胆石症多并发胆道感染，胆道感染又可成为胆石症的发病诱因，因此胆石症与胆道感染往往同时存在。胆石堵塞胆道，可出现阻塞性黄疸。
胆道疾患多表现有肝胆湿热，因而肝胆湿热可以作为胆道疾患辨证的主要病因。如《脉经》说“肝之余气泄于胆，聚而成精”，无疑是指胆之功能为积存胆汁。而胆汁来源于肝，肝气疏泄正常，胆气通降，则胆汁流畅，以助脾胃升降气化。反之，如果因情志抑郁，或忿怒伤肝，或寒温不适，或恣食肥甘厚味，虫积等因素，导致肝失疏泄，肝胆气滞，使胆汁排泄不畅，并致脾土不运，湿热内生，从而导致肝胆湿热，肝郁化火，煎熬胆汁，久积成石，阻滞气机，则产生“胁痛”、“胆胀”之疾，由于木郁则土壅，使脾失健运，胃失和降，可出现口苦、恶油腻、食欲不振、呕吐黄水，腹中胀气，便秘，脉弦，舌暗红，苔黄腻等症，正是肝胆湿热的主要表现，如《甲乙经》说：“邪在胆，逆在胃，胆汁泄则口苦，胃气泄则呕苦汁。”若少阳胆道未通及阳明胃家热结，甚至出现黄疸，均属肝郁胆热，湿热蕴结，阳明腑实所致。
胆道疾病的辨证论治：章氏分为气滞、湿热、火毒三型。以湿热型为多见，因为肝郁气滞可以导致湿热，而湿热蕴结既久则可化火，从而导致火毒。所分三型实际上是胆道疾病发展的三个不同的阶段、不同的症状表现而已。如气滞型表现为胁痛、嗳气、胸闷、纳呆、厌油、便结、脉弦细、苔薄黄。治则为疏肝利胆。方用章氏自拟之疏肝利胆汤（柴胡、枳壳、赤芍、甘草、木香、黄芩、黄连、鸡内金、炒二芽、郁金、川楝子、川朴、法夏，便秘者加熟军）。湿热型表现为右胁下绞痛，口苦、纳呆、便结、溺赤、恶寒、发热，甚至出现黄疸、脉弦、舌质暗红、苔黄腻。治则为疏肝利胆，清利湿热。方用疏肝利胆汤合茵陈蒿汤化裁。火毒型表现为寒战壮热，黄疸、脘胁绞痛，便结，尿赤，甚则出现神昏谵语，脉弦数，舌赤，苔黄粘。治则为泻火解毒。方用茵陈蒿汤合黄连解毒汤加味。
