丹溪学说的基本观点贯穿在《格致余论》、《局方发挥》两书中，其中心思想是“阳有余阴不足论”以及“相火论”。
丹溪着上二书目的之一是肃清《局方》辛燥之弊。他在《格致余论》的开篇就开宗明义地指出：“人之一身，阴不足而阳有余。”他以程（程颢、程颐）、朱（朱熹）理学观点为依据，一方面以天地日月的关系进行类比，吸收了程颢“天地阴阳之运，升降盈虚，未尝暂息，阳常盈，阴常亏”和朱熹“天以气运乎外，故地惟在中间，聩然不动”（《中国哲学史稿》），月“但常受日光为阴”（《中国哲学史资料选辑》）的观点，认为“天地为万物父母，天大也，为阳，而运于地之外，地居天之中，为阴，天之大气举之，日，实也，亦属阳，而运于月之外；月，缺也，属阴，禀日之光以为阴者也，人身之阴气，其消长视月之盈缺”（《格致余论》）。另一方面，丹溪还以程朱理学天理人欲的观点来说明阴易乏，阳易亢，他认为：男子十六精通，女子十四经行，“有形之后犹待于哺水谷以养，阴气始成，而可以阳气为配……可见阴气之难于成”（《格致余论》）。阴气难成，而人情欲无涯，心之君火感动而动，引动相火则耗阴精，所以阴气不独难成而易亏，因此造成阳有余而阴不足状态。丹溪关于相火妄动导致阴虚阳亢的观点，不是个别结论，而是他特别强调且贯彻始终的基本思想。譬如在《养老论》中认为：“人身之阴难成易亏，六七十后，阴不足以配阳，孤阳几欲飞越。”因为老人常“阴亏性急”、“阴虚难降则气郁而成痰”。所以一切炙煿厚味皆不宜食。
在《慈幼论》中认为“人生十六岁以前，血气俱盛，如日方升，如月将圆，惟阴常不足。”所以童子不宜暖服，恐妨阴气和长，亦不宜食厚味发热之品，“只与干柿熟菜白粥”，因为“生粟味咸，干柿性凉，可为养阴之助”。在《茹淡论》中认为“谷菽果菜、自然冲和之味，有食人补阴之功，……烹饪调和，偏厚之味，有致疾伐命之毒”。所以提倡茹淡以收心降火。在《房中补益论》中强调修心养性，以防相火妄动耗竭真阴，反对以房中为补，在《逆论》中主张以太极之理，触类旁通，此是朱熹的观点。在《火气属金说》中引用邵雍的观点，从天以气运于外摄水，地以形居于中浮于水，引申出“肺主气外应皮毛……此天之象也。其包裹体外脏腑于其中，此地之象”。这仍然是天大地小，地居天中的阴不足阳有余论。
丹溪不但在理论上主张阳有余阴不足，而且也把这种思想贯穿到实践中，从而提出节欲养阴的主张，如对许多疾病，丹溪都认为与饮食色欲有关。痈疽之证，不但由于外因，而且也由于“过于色”。鼓胀病不但由于七情内伤，六淫外侵，而且也因为“饮食不节，房劳致虚，脾土之阴受伤”（《格致余论》）。疟之证，也与“恣意饮食，过分劳动，竭力房事”有关。妇人经血紫黑作痛，是由于“性执而见鄙，嗜欲加倍，脏腑厥阴之火无日不起”（《格致余论》）造成的。大便干燥也与“勤于工作而有爱妻”有关。阴亏阳脱兼滞下，与奉阳受用，又犯房劳有关。噎病是生于血干。如此等等，几乎全部疾病都与色欲过亢，相火妄动，损耗真阴有关。所以在治疗上不但据证用药，且皆须淡饮食，薄滋味，养心节欲，以防相火妄动。从以上足以证明，丹溪在理论上明确主张阳有余阴不足的，并从各方面加以反复强调，与其理论观点一致，在实践上也就合乎逻辑地导出养阴主张，这就是丹溪学说的基本点和主流所在。
自从丹溪提出“阳有余阴不足论”后，在医学界产生了很大的反响，推崇赞誉者自不必说，持异论者也大有人在，如明代张景岳为代表的温补学派曾针锋相对地提出“阳非有余而阴常不足”之说，从而在学术上展开一场论战，不过景岳仅对“阳有余”提出了质难，而对“阴不足”则观点基本一致。
近代以来，医学界对丹溪“阳有余阴不足论”发表许多新的见解，有谓丹溪“阳有余阴不足论”的提出与滋阴并无必然联系。其论点大致有二：一是认为“阳有余阴不足”是天地万物的自然造化之理，是人体正常的生理现象，因此如何会主张滋阴以配阳。二是认为“阳有余阴不足论”只是养生论，作为滋阴学说乃是一场历史误会等等，因此，有必要对丹溪“阳有余阴不足论”的实质加以探讨。
中医认为：“阴平阳秘”为人体正常生理状态和健康标志，“阴阳失调”则出现反常病理状况，故《素问·生气通天论》谓：“阴平阳秘，精神乃治，阴阳离决，精气乃绝。”丹溪在《格致余论》中亦谓：“气阳血阴，人身之神，阴平阳秘，我体长春。”说明阴平阳秘是人体正常的生理状态，而“阳有余阴不足”则明显是指病理现象，如果把丹溪的“阳有余阴不足”理解为生理现象，显然违背了丹溪的本旨。
“阳有余阴不足”理论的确包含着某些生理内容，但主要是从病理方面进行阐发。如他首先运用天人相应取类比象方法。《格致余论》指出：“人受天地之气以生，天之阳气为气，地之阴气为血，故气常有余，血常不足。”并以天大地小，日实月缺的自然现象来加以证明。实际上这些自然现象也是丹溪为“阳有余阴不足”的理论依据。其次，丹溪以《内经》有关人体生长发育的规律为依据，指出：“男子十六岁而精通，女子十四岁而经行，是有形之后犹有待于哺乳水谷以养，阴气始成。……男子六十四岁而精绝，女子四十九岁而经断，夫以阴气之成止供得三十年之视听言动已先亏矣。”（《格致余论》）如果说从阴气最初在人体形成时的情况来讲，可以理解为生理现象。但阴气的亏损则主要是病理因素所造成，而“阳有余阴不足论”正是在这个中心思想指导下进行论述的。丹溪之所以提示这些生理现象，无非是强调阴气难成而易亏，从而更加突出病理因素容易耗损阴精而已。由于丹溪在论述中未能严格区分生理与病理之间的界限，反以一般的自然现象和人体的生理情况来证明“阳有余阴不足”这一病理特点，因而造成后世医家的误解和非议。如张景岳同样是以日月天地自然现象和人体生理现象为依据，相反提出“阳非有余”之说，明确指出：“天之大宝，只此一丸红日，人之大宝，只此一息真阳。”又说：“阴阳二气，最不易偏，不偏则气和而生物，偏则气乖而杀物。”（《类经附翼·大宝论》）很明显，张氏所指“阳非有余”是人体正常的生理现象，即真阳之气，而且丹溪“阳有余”的含义则主要指病理而言。丹溪为了更好地说明“阳有余阴不足”这一病理现象，他从哲学的动静关系中认识到阳主动，凡动皆属火。而人体动易而静难，常处于“阳动”的状态中，最易耗损阴精。故他说：“主闭藏者肾也，司疏泄者肝也，二脏皆有相火，而其系上属于心。心，君火也，为物所感则易动，心动则相火亦动，动则精自走，相火翕然而起，虽不交会，亦暗流而疏泄矣。”（《格致余论》）。丹溪在这里已明确指出阴精亏损的病理因素主要是妄动相火。他还进一步指出妄动相火不仅造成阴精亏损，甚至还可以危及生命。如他说：“相火易起，五性厥阴之火相煽，则妄动矣。火起于妄，变化莫测，无时不有，煎熬真阴，阴虚则病，阴绝则死。”（《格致余论》）从这里不难看出，丹溪的“阳有余阴不足”并不是人体正常的生理现象，而主要是从病理角度提出来的。丹溪这里所谓的“阳有余”，主要是指情欲引起的妄动相火，而决非指人体真阳之气有余。所谓“阴不足”，主要是指相火妄动而造成的精血亏损，因此抑制相火，保护阴精，才是“阳有余阴不足”论的实质所在。
丹溪为了抑制相火，保护阴精，首先针对人体常为物欲所感的特点，融汇宋儒理学思想，提出了“去欲主静”的养生理论，主张“善摄生者，宜暂远帷幕，各自珍重，保全天和”（《格致余论》）。并且在该书中首列“饮食箴”、“色欲箴”。以此来规劝人们节饮食、戒色欲，养性修心，不使相火妄动，从而达到保护阴精的目的。这里不难看出，丹溪对于养生学是非常重视的。不过值得指出的是，如果把丹溪的“阳有余阴不足”理论仅作为养生理论看待则未免太局限。实际上该理论不仅提倡“主静寡欲”的摄生，更为重要的是为创制滋阴降火法则确立了理论依据。
再说，丹溪毕竟是医学家而不是养生学家，养生只是他学术成就的一个方面。他提倡养生仅仅是作为保护阴精的预防措施，而创制滋阴降火法则才是主要目的。由于阴精与相火二者之间实际上是水与火的关系，火旺则水竭，水足能制火。所以通过滋阴能降火，运用降火可以达到保阴，从而使“阳有余阴不足”的理论思想与临床治疗紧密地结合起来。正如明代医学家王节斋所说：“人之一身，阴常不足，阳常有余。况节欲者少，过欲者多，精血既亏，相火必旺，火旺则阴愈消，而劳瘵、咳嗽、咯血、吐血等症作矣。故宜常补其阴，使阴与阳齐，则水能制火，而水升火降，斯无病矣。故丹溪先生发明补阴之说。”（《明医杂着》）事实上丹溪主张摄生保精和创制滋阴降火，三者在学术上是一脉相承的，都是为了抑制相火，保护阴精，达到人体“阴平阳秘”这一根本目的。如果把二者割裂开来，这种认识显然是不全面的。因此说丹溪“阳有余阴不足论”不仅仅是提倡养生，更重要的是为滋阴学说奠定了理论基础。丹溪作为滋阴派的倡导者显然是无可非议的，更不是什么历史的误会。
