中医学论“肾”，其范围极广，肾属人体最重要的脏器，上连脑髓，下及二阴，内主五液，外达皮毛，对人体生理的作用可谓大矣，无怪乎前贤有“肾为先天之本”之说，然而在解剖方面，仅仅指出肾有两枚，在腰椎两侧，“肾有两枚，重一斤一两”（《难经·四十二难》），此与现代医学解剖基本上是一致的。但在肾之生理功能方面，中西医学对肾的认识则大相径庭矣。
中医学认为肾之主要功能为主水与藏精。现代医学则认为肾是生成尿液，排泄尿液的器官，如果肾功能受到损害，排泄功能障碍，必然导致尿液潴留，造成少尿或无尿，此与“肾主水”是吻合的，可是对“肾藏精”这一最重要的功能，现代医学是不能接受的，因此有必要加以讨论。
“肾主水”是不难解析的，从五行配五脏来说，水是属肾，从五脏生理来说，肾为水脏，肾主五液，“肾者主水”（《素问·上古天真论》），肾属少阴，水为阴物，二者同类相求，“肾开窍于二阴”、“肾合膀胱”，前阴与膀胱是排尿通道，充分说明肾与水之间不可分割的关系。从病理上讲，古人论述得很清楚：“少阴何以主肾，肾何以主水，肾者胃之关也，肾为水肿。”（《素问·水热穴论》）肾为水之下源，肾气虚则水液泛滥，水能伤阳，水肿必肾阳虚弱。从论治上讲，肾阳虚亏应温肾阳方能利水。这与现代医学肾脏生理功能、病理机制原则上一致。
“肾藏精”此一重要理论始自《内经》，如“肾者……受五脏六腑之精而藏之”（《素问·上古天真论》），“藏精于肾”（《素问·金匮真言论》），“肾藏精”（《灵枢·本神篇》），“肾者主蛰，封藏之本，精之处也”（《素问·六节藏象论》）。由于肾具藏精功能，无疑成为先天之本。其他如：“肾藏志”，“肾主骨生髓”、“肾开窍于耳”等理论，皆源于“肾藏精”所产生的重要生理功能，此一系列功能，成为中医临床辨证论治的重要依据。但肾何以藏精？何以成为先天之本？不仅现代医学无法理解，就是历代医家也只有人云亦云，未加详析。
章氏在学习前人理论的基础上，结合现代医学解剖生理而有新的体会，他认为：肾有“内肾”与“外肾”之分，“内肾”即“腰者肾之府”（《素问·脉要精微论》），其解剖部位在腰部，亦即“主水”之肾。“外肾”则明确指出为睾丸（女性为卵巢）。睾丸为“肾子”，阴囊为肾囊，历代医籍均有记载，如《证治准绳》载：“肾与膀胱，一脏一腑，其气通于外肾，小肠系于睾丸系合故。”《理瀹骈文》记载：“睾即肾丸也。”说明前人早已明确睾丸为外肾。古代还有保护睾丸的方法。如《菽园杂记》载有：“回回教门，善保养者，无他法，惟暖外肾，使不着凉。见南人着夏布袴者，甚以为非，恐凉伤外肾也，云夜卧当以手握之令暖，谓此乃人生性命之根本，不可不保护。”现代医学亦认为睾丸为产生精子的器官，因此，“肾藏精”的理论就不难解释了。
再从解剖学方面看，肾有两枚，其形如豆，位于腰脊两旁，在体腔内，无疑是指“内肾”而言，然而睾丸亦有两枚，其形圆，位于阴囊，在体腔外，可以触及，应指为“外肾”。从生理学看，肾与睾丸均为腺体。肾的主要功能是排泄尿液，调节水液代谢，维持酸碱平衡，维持内环境相对稳定。近代还认为肾脏具有内分泌功能。另外附着在肾之上缘的肾上腺是人体重要之内分泌腺体，肾上腺皮质的存在，与人体生命有密切关系。睾丸主要功能是产生精子和分泌雄性激素，附着在睾丸上缘之副睾则具有储存和输送精子的功能。于此可见，现代医学肾与睾丸之综合功能，与中医学“肾”之功能完全一致。
再从中医古籍对肾与睾丸关系之记载加以阐述则更有利于睾丸属外肾理论之完整性。中医学之睾丸名称及其病证，始自《内经》，如《素问·至真要大论》谓“太阳在泉，民病少腹控睾，引腰脊……”，《灵枢·邪气脏腑病形篇》谓：“小肠病者，小腹痛，腰脊控睾而痛。”此两条经文，文意相同，是指睾丸作痛时，前引少腹，后连腰脊。腰为肾之府，睾丸疼痛时，必牵引及肾。《针灸甲乙经》也继《内经》之后谓：“小肠者，连睾系，属于脊。”意旨与上述相似，说明《内经》时代，就有睾丸肿痛之病而被记录下来，此后历代医籍均有睾丸患病即肾病的记载，如《景岳全书》谓：“疝气病者，凡少腹睾丸为肿为痛，止作无时皆是也。”此为景岳将睾丸肿痛定名为疝气之一种。
《东医宝鉴·外形篇》谓：治“木肾”，“木肾之证，胀大作痛，顽痹结硬……”。“木肾”显然是指睾丸肿胀坚硬，属于睾丸结核的范围。《外科证治全书》谓：“治子痛，肾子作痛，下坠不得上升，外观红色者子痛也，或左或右……肾囊子或一个肿大，一个小。”此症明显属于急性睾丸炎。根据古籍论述，睾丸早已定名于《内经》，后人根据睾丸性质补充定名为“外肾”，在症状上与“内肾”发生联系，而在功能上，肾的部分功能，实际上是睾丸的功能。
通过临床实践证明，许多肾虚腰痛的男性患者，往往均伴有睾丸坠痛，特别是性生活后，腰部空痛与睾丸空痛同时存在。治疗睾丸方面的病证，也需要从补肾的角度去考虑治法，足以说明“内肾”与“外肾”内外相通，密切联系的现象。
总之，中医学论“肾”，应包括“内肾”与“外肾”。肾与睾丸具有不可分割的密切关系，在讨论生理、病理以及辨证论治上，均应内外并提，肾睾相连，才能使“肾学”具有其独特的系统性和完整性。至于女性之肾与卵巢关系，即肾与“任”、“冲”二脉关系。因妇女之生理、病理，都与“任”、“冲”有关，傅青主有“经本于肾”之说。如此，女性之精（包括月经与天癸）如卵子、卵泡等，藏之于卵巢，按周期排卵，若使“任”、“冲”受到损伤，致月经异常，排卵功能障碍，甚至完全不能排卵。故临证治疗，应当补肾，则“任”、“冲”功能恢复，卵巢排卵功能可恢复正常。因此，女性肾与卵巢与男性肾与睾丸的关系是一致的。
