施氏崇尚易水学派，并成为其学术思想形成的重要来源。他师承石氏伤科，继承发展了石氏“以气为主，以血为先”的学术观点。
施氏临床立方用药，注重涵养脾胃，遵循“以胃气为本”之大法。他十分推崇薛己“治病求本，务滋化源”之说。后人云“化源即生化之源，人体后天生化之源，当属脾胃之元气，土为万物之母，非土不能生物，惟土旺则万物昌盛，人体诸脏方能得到滋养，生气才能盎然勃发”。这些论述深刻阐明了化源之理。张元素曰：“胃者，脾之腑也……人之根本。胃气壮则五脏六腑皆壮也。”并说：“五脏更相平也，一脏不平，所胜平之，此之谓也。”故云：“安谷则昌，绝谷则亡，水去则荣散，谷消则卫亡，荣散卫亡，神无所居。”又仲景云：“水入于经，其血乃成，谷入于胃，脉道乃行。”故血不可不养，卫不可不温，血温气和，营卫乃行。可见温养脾胃意义之重要。李东垣是易水学派的重要一家，他亦认为：脾胃是滋养元气的源泉，是精气升降的枢纽，内伤脾胃则百病由生。指出：“真气又名元气，乃先身生之精气，非胃气不滋之。”“盖胃为水谷之海，饮食入胃，而精气先输脾归胃，上行春夏之令，以滋养周身，乃清气为元者也；升已而下输膀胱，行秋冬之令，为传化糟粕，转味而出，乃浊阴为地者也。”“地气者，人之脾胃也。脾主五脏之气，肾主五脏之精，皆上奉于天，二者俱主生化之奉升浮，是知春生夏长皆从胃中出也。”又曰：“胃病则脾无所禀受，故亦从而病焉。”这正如《吴医汇讲》中阐述的“脾胃伤则出纳之机失其常度，而后天之生气已息，鲜不夭札生民者”。薛己指出：“血生于脾，故云脾统血，凡血病当用甘苦之剂，以助阳气而生阴血”，“血虚者，多因脾气衰弱，不能生血，皆当调补脾胃之气。”他认为，脾是统血行气之经，脾胃是气血之本，气血之生化以中焦脾胃为源，生血必以调补脾胃之阳气为先，对于阴虚亏损之证，首重脾胃之气。临床上，施氏常用补中益气汤合六味地黄丸治愈因脾胃虚弱，又久而及肾，阴血不生之骨伤疾病，如股骨头缺血性坏死。某些病例，叠用活血化瘀、祛痰通络而不效，乃至施行血管移植手术未能治愈，运用调补脾肾之法而取得满意疗效，可谓是他实践易水学说的一个验证。
施氏临证，还十分重视气、血、痰、瘀的辨证。《素问·调经论》曰：“人之所生者，血与气耳。”并曰：“血气不和，百病乃变化而生。”石氏伤科“以气为主，以血为先”的理论思想正是基于此而生萌的。施氏提出伤损及气有虚实，当以气虚为主，治宜益气行气，补气养气之味中辅以行气消导之品，使益气而不滞。他擅用黄芪、党参，健脾胃以养气之源；亦常以附桂、鹿角，温肾以壮气之本。温补之中，亦不忘行气消导，配辅青陈皮、延胡索、软柴胡、炒枳壳之类，益气行气，通调一身之气机。临证论治，他常说：治伤必先治血，即使失血病人亦不忘活血。四物汤可补血活血，他根据不同证候及病位，随证变换，化裁运用古方，如血府逐瘀汤加减方、桃红四物汤加减方、补阳还五汤加减方等，其疗效卓著。临诊他循“痰瘀兼治”的原则，常在教学中引用《仁斋直指》所论“气血平和，经络畅则痰散而无，气脉闭塞，脘窍凝滞，则痰聚而有。”他认为，痰为百病之源，五脏皆可有痰病，痰瘀每易互结，痰之所生亦责之脾胃。故治痰瘀亦以调脾胃为大法，于方中常配合运用半夏、南星、白附、僵蚕、葶苈子等祛痰散结，以大黄祛瘀涤腐，推陈致新。
