肝藏血，主谋虑，胆主决断，二者相表里，其性喜条达而恶抑郁。综观前人治疗肝胆之疾，常以调达疏解、散清养潜，兼以调血为主要治则。焦氏根据前人论述参以个人临证经验提出，肝胆生发之气，一身上下无所不乘，肝（胆）和则诸脏之生化和顺，反之，则必致诸脏疾生，受累无穷的论点，用于指导临床。认为辨治肝胆之病，必须根据五脏六腑相关理论，燮理枢机，调和阴阳，使五脏和调，六腑济济，以达“阴平阳秘、精神乃治”之目的。此即焦氏燮枢汤的理论依据。
燮枢汤由北柴胡、炒黄芩、炒川楝子、制半夏、草红花、白蒺藜、皂角刺、片姜黄、刘寄奴（或茜草）、焦四仙、炒莱菔子、泽泻等组成，对于较长时期右胁隐痛或两胁疼痛，脘闷迟消，腹部胀满，食思缺乏，胁下痞块（肝或脾大），倦怠乏力，小便发黄，大便欠爽或溏软，舌质红或有瘀斑，舌苔白或黄，脉象弦或弦滑或兼数等，因于肝胃失和、肝郁克脾、肝肺气郁、中焦湿阻、肝病累肾、肝热扰心、久病血瘀诸证，均可据证加减使用。西医诊断为迁延性肝炎、慢性肝炎、早期肝硬化、慢性胆囊炎、慢性胆道感染、肝胆结石等疾病出现上述症状者，虽临床症状不太明显，肝或稍大或不大，而肝功能化验长期不正常，或有时腹胀，或有时消化不良，脉带弦意（尤其是左手），或右脉滑中寓弦，舌质或正常或略红，舌苔或薄白或微黄者，也可使用本方。对西医诊断虽不是肝胆病，只要具有上述症状，亦可使用。若中湿不化，脘闷少食，舌苔白厚或腻者，加苍术、草豆蔻；若气血阻滞，胁痛明显者，加元胡、枳壳、制乳没等；若血瘀明显，胁痛固定，或兼月经量少有血块者，可加茜草、乌贼骨、桂枝；若胃纳不佳，食欲不振，饮食少进者，加生谷芽、陈皮；若肝热扰心而致心悸、失眠、多梦、健忘者，加珍珠母、远志、天竺黄、栀子仁、带仁连翘（热象轻者，可改夜交藤）；若血络瘀郁，面或胸颈处有血丝缕缕（蜘蛛痣）者，可加茜草、乌贼骨、丝瓜络；若下午低热者，加生白芍、银柴胡、青蒿；若肝胆热盛，口苦、尿黄、目赤者，可加栀子、胆草；若胁下痞块，肝脾肿大明显者，可加炙鳖甲、生牡蛎、射干、三棱、莪术、元参等；若肝病累肾，脾湿不化而腹部坠胀，小便短少，有轻度腹水者，可加大腹皮、茯苓、冬瓜皮、水红花子、车前子，并加重泽泻用量；若遇情志不遂而各症加重者，加香附、合欢花；若肝胆郁滞，疏泄不佳，胃失和降而呕逆、便秘，上腹及胁部疼痛，舌苔不化者，加生赭石、旋复花、生大黄、生甘草、炒五灵脂；若兼有胆结石者，加金钱草、郁金、炒内金、海金沙；肝功能化验较长时间不正常（尤其是谷丙转氨酶高），可同时加服五芦散（五味子、芦荟，共为细末）；若大便经常干燥，肝病久久不愈，或目赤涩，或月经闭止者，则酌加芦荟末入胶囊，随汤药服用（此药可引药入肝）；若腹部喜暖，遇凉隐痛者，宜减少黄芩用量，并去川楝子；若饮食正常，可去莱菔子、焦四仙，只用焦神曲；若口渴明显者，则去半夏；若女子月经不潮或经水量少者，可去刘寄奴，改用茜草；药后胁痛反而加重者，可去皂刺，减少片姜黄的用量，待胁痛减轻，以后再渐渐加入。
焦氏指出，燮枢汤方中入血分的药物比重较大，是针对“病久入血”而设，目的在于求推陈致新，新血生则气化旺，气化旺盛则康复之力增强。总之，本方既着重于调理枢机，又顾及肝主藏血和病久入血等特点，只要按辨证论治原则去灵活运用，就能切中病情，提高临床疗效。
