杜氏在精研古今医家医著的基础上，善于总结。深受仲景名方如半夏泻心汤、大黄附子汤、附子泻心汤、乌梅丸、金匮肾气丸等等诸多相反配伍方剂的启示，结合自己家学亲验，认识到人体脏腑器官的气机变化，无时无刻不在升降出入。即《内经》所谓“升降出入无器不有”。
脏腑气机的升降出入，维持着人体的生命。“出入废则神机化灭，升降息则气立孤危……”生理情况下，各脏腑经络属性不同，各有特点。或以升为主，或以降为要；或性刚，或性柔；或属火，或属水；即使同一脏腑，亦存在着相互对立的两个方面。升中有降，降中有升，收中有散，散中寓收。这种相反相成关系共处于一个统一体中。而疾病的过程，正是打破了这种平稳状态。
既病之后，尤其是疑难病，病久邪郁，又往往导致多脏腑及经络之阴阳气血失调。各脏腑本性不同，特点各异。因此病变的性质就难划一，往往并非单纯为阴或单纯为阳；或完全属热，或纯粹为寒。多是寒热错杂，虚实并见，表里互病，阴阳俱损，气血同伤，升降齐乖，宣收皆蹇。治病疗疾偏热一端，则效必不佳，甚或旧病未除，新病又起。治当顺乎人之本性及病情实况。攻中有补，补中寓攻，收中寓散，发中有敛，升中有降，降必配升，清中有温，热中伍凉，阴从阳平，阳依阴藏，始合自然。这就是“背反谐同”的学术思想。现扼要举例如下：
一、斡旋升降理脾胃
脾胃乃一身气机之枢纽，二者一纳一化，一升一降，敷布精微于全身，脾升则健，胃降则和。
若脾胃功能失常，则升降之机紊乱。清阳之气不能输布，水谷精微无从纳化。浊邪上逆，中气下陷，气血逆乱，清窍失养，上可见眩晕、胸胀、脘痞、呕吐、呃逆、面目浮肿，下可见泄泻、便秘、腹满、气坠、身重、脱肛。治此当顺应脾胃生理特点，以性味相异之药有机配伍，各司其属，斡旋升降，举清泄浊，调理脾胃。杜氏极推崇仲景半夏泻心汤法，认为此法辛开苦降，升清降浊，恰合升降乖逆之病机。法取姜夏之辛热，能开能宣，开宣则脾气得以升散而行运化之能；芩连苦寒，能降能泄，降则胃气通畅而可司受纳之职；参枣甘温，培补中气，中气旺则脾升而胃降。临床每遇胃脘痛、痞满、腹胀、呃逆、肠鸣下利等症，属寒热错杂，脾胃失和，气机逆乱者，均宗此法之旨化裁而效优。
二、辛香柔化疗肝疾
肝为风木之脏，以血为本，以气为用，体阴用阳，体柔而性刚。肝病早期，杜氏认为，多为情志触发，肝失调达，克脾犯胃，日久则阳气受损，于是胃痛、胁痛、呕逆、吐酸，诸证作矣。此时肝体尚安，肝用不全，治当辛香理气之品为主，俾肝气调达而诸证悉除。慢性肝炎（如慢性迁延性肝炎、早期肝硬化等，则多有肝阴亏耗之情，用失体助，肝木恣横，非辛香理气之品所宜，当含刚用柔，法《金匮》“肝之病补用酸，助用焦苦，益用甘味之药调之”的原则，酸甘化阴，始为妥当。
然肝病日久，缠绵难愈，邪留入络，常致肝络瘀滞，因而主张慢性肝病当柔养肝阴，化瘀通络，两相参合，尚可再佐用少量辛香行气之品，使气行血行而瘀散。在选药方面，宜柔而不滞，通而不耗，俾肝体得复、肝用复常，验之临床，诚为经验之谈。柔肝多用酸甘之属，药如枸杞、白芍、麦冬、山萸肉、女贞子、首乌等，因酸能柔阴，甘能缓急。瘀多用丹参、田三七、鳖甲、郁金、赤芍、茜草等。辛香药如香附、沉香、苏梗之属等。慢性肝病，病程较久，迁延难愈，药物剂型上宜先进汤剂；病情有起色之后亦可改为丸剂或胶囊剂。长期服用，缓缓收功。
三、养通并用除心痛
真心痛相当于现代医学冠心病之心绞痛、心肌梗塞之类疾病。因本病多有胸中痛如针刺刀绞，胸闷憋气，面青唇紫，手足发青，舌质紫黯，脉弦结代等气滞血瘀的临床表现，故医者多宗“不通则痛”，“通则不痛”之说，按《内经》“血实者决之”之法，以活血化瘀药为治。验之临床，此法对缓解心绞痛，降低血脂，扩张动脉血管，增加冠脉流量，改善心电图，确有一定效果。但本法对于纯实证或实多虚少证用之尚可，近期疗效较好，若久用之多有耗伤正气之弊，且对于虚实夹杂或虚多实少者，用之非但难以取效，尚有损正气加重病情之虞。目前在临床上往往存在着对冠心病忽视辨证，滥用活血化瘀药之趋势，致使瘀未尽去而正气徒伤，甚则药后无效等，影响了中医药疗效之提高。
杜氏认为，冠心病属中医胸痹、心痛范畴。起病也渐，邪积正亏，故其辨证多为虚实夹杂，本虚标实。《金匮要略》曰：“夫脉……阳微阴弦，即胸痹而痛，所以然者，责其极虚故也。”揭示此病之本为极虚，心阳衰微，阴邪上乘，心脉痹阻，不通则痛。此病治疗原则，既要散瘀通脉，又需遵《难经》“损其心者，调其营”之旨，参以温心阳、养心阴之法，养通并用，方臻完善。温心阳，药如附子、乌头、桂枝、干姜、薤白之属；养心阴，药如柏子仁、五味子、麦冬、人参；通心脉，多用丹参、赤芍、降香等。夹有心脉瘀滞明显者，酌用川芎、红花、元胡、苏木等化瘀通络止痛之剂。
四、相反相承解肺患
1．收散相全，顺乎肺性：肺主宣发肃降，生理情况下，肺气宣发，则水谷精微四布，皮毛肌肤得养，汗孔开合有度。肺气肃降，五脏润泽，水道通畅，治节有权，百病难起。受病之后，肺气乖张，宣发失度，肃降不行。外则汗孔闭塞，或汗出无度；内则水不流行，上见喘满咳嗽，下则腹胀不通，诸证蜂起。故肺系疾病，治当顺乎肺性，收散相合。药以麻黄、杏仁、桑叶、桂枝等发散之品以宣肺，五味子、乌梅等收敛之品以敛肺，二药虽相反，但一收一敛，肺气宣散有度、鬼门开合如常，且散能达邪，收可固气，又暗合扶正达邪之机。如此斟酌应用，发散而无伤正之弊，固敛无留邪之虞。对支气管哮喘、慢性支气管炎等，较为适宜。
2．寒温并用，清热蠲饮：肺病日久，多有饮邪内伏，郁而化热之机，治疗之时，单纯蠲饮，恐助火邪灼肺，一味清热，则又易遏滞气机，加重饮凝。同时，病程日久，肺阳必伤，阴寒内伏，是为本虚。本病程过程中，又往往感受热邪，或饮郁生热，而成寒热错杂之证。《金匮》云：“病痰饮者，当以温药和之。”用温性药，一则可温阳壮气，再则可化气消饮，故当以麻黄、细辛、干姜、桂枝之属以温阳化气，辛散寒湿，消饮利肺。热者寒之，内有郁热，或感受风热之邪者，当以鱼腥草、连翘、黄芩及石膏等以清之，二组药物，相反相成，寒而不凉，温而不热，可达蠲饮复阳，清热宣肺之效。
3．燥滋齐施，化痰养阴：慢性气管炎、支气管哮喘等肺部疾病，多以宿痰内伏为内因。病久之后，一方面顽痰阻肺碍脾，致脾不健运，肺不布津，津液耗伤，形成阴亏。另一方面，顽痰郁久化热，灼津耗液，亦可导致阴损。治疗之时，若单纯祛痰，投以辛燥渗利，阴液更亏；如单纯滋补阴液，则又易助湿生痰，胶结难解。故当以半夏、陈皮、茯苓、白术等燥湿化痰，挖病宿根；投沙参、桑白皮、天冬、麦冬等滋阴固本，以扶正气。两组药相配，燥湿而不伤阴，滋阴而不助痰，各行其道，痰消阴长，以利康复。
4．升降相因，纳气归根：肺主气，司呼吸，肾主纳气，为气之根。生理情况下，肺气肃降，肾气升腾，气机条顺，气有所依，功能自强。当各种致病因子作用人体后，肺气不降，肾气不纳，而上生哮喘，呼吸不畅，下则癃闭，小便不行。故其治疗，一当升腾元气，收纳浮阳，一当肃降肺气，使气归肾本。药用补骨脂、沉香、芦巴子、杏仁、川朴、苏子降气归根；细辛、桂枝、桔梗通阳化气。一升一降，二气相接，凡喘满、癃闭、诸痰皆能向愈。
5．动静相融，活血固本：肺部病变尤其是慢性咳喘疾患，常反复不愈，不仅损阴伤气，致阴阳俱虚，且痰饮内阻气机不畅，加之久病入络及血，以致血脉瘀滞，故多有爪甲青紫，舌质紫暗或有瘀斑等，当以动品，活血通络。但大凡动品，多有伤阴耗气，加重本虚之虞，与病不利；若选滋补为主，又恐滞碍气机，当二者并举，药选三七、丹参、地龙之属以活血祛风，动而不居，血脉流通；补骨脂、鹿衔草、首乌等静而扶正，一举两得。活血而非攻破，滋阴而不腻滞。正复血活，气机条畅，病易向愈。
五、攻补兼施治肾病
慢性肾炎、肾病综合征为临床常见病、多发病，每易致慢性肾功能衰竭，治疗较为棘手。本病多以水肿、蛋白尿等临床表现为主，治疗多用通利等攻法。临床上大量应用中药利尿剂治疗者屡见不鲜，此法虽能取效一时，但屡利屡肿，甚或病未减轻而正气徒伤。杜氏认为，慢性肾炎及肾病综合征，病变根本以正虚为主，常夹有水湿、湿热、热毒、瘀血，属虚中夹实，本虚标实之证。肾（阴阳）虚，脾肺气虚，为本病发生之基础，即病变之本。而实邪（水湿、湿热、热毒、瘀血）内蕴为慢性肾炎及肾病综合征发生、发展、变化的条件，即标。虚实之间，相互影响，互为因果。
本病病位在肾脏，而常累及它脏（如脾、肺），从而出现多脏腑广泛病变。治当攻补兼施，标本齐治。治本主以益气健脾，药如黄芪、党参、白术、茯苓等；温补脾肾，药如附子、肉桂、黄芪、杜仲等，或滋补肾阴，药如旱莲草、女贞子、生地、丹皮之属。治标主以化湿利水，药如茯苓、泽泻、滑石等，辅以宣肺理气，药如麻黄、桑白皮等；清热解毒，药如银花、连翘、金钱草、白茅根、瞿麦、萹蓄等；活血祛瘀，药如丹参、益母草、泽兰、红花、丹皮等。此外，易感冒加荆芥、防风、桂枝等。
肾开窍于耳，肾精充足，肾阳不虚，则耳得肾养以听远。若肾阴不足，水不涵木，肝阳夹内风上扰，肾窍不利而致耳鸣、耳聋。若病久不愈，阴损及阳，阳虚不化，清阳不升，则多伴头晕、头痛，或水湿内留，发为心悸、水肿，每致阴阳两虚。久病之后，病邪入络，血不流畅，进而可见瘀血内阻之象，故以本虚（肾阴阳）标实（肝风、瘀血）为其主要病机。治当培本兼治标，培本多以肾气丸，阴阳两补，治标则以首乌、天麻、钩藤、桑寄生平肝熄风，以丹参、川芎、葛根等化瘀通络。久病者，在服汤药取效后，改汤为丸，缓缓收功，疗效确切。
