对于仲景著作，历代研究者众，争议亦多。原著条文，或有论无方，或语言歧义，致后学难以适从。杜氏研究《伤寒论》时，非常重视经文与临床实际相结合，根据临床体会加以注释。对原文未及之理法方药予以充实，反对盲从，随文衍义。对仲景之学的发展，起到了推动作用，更便于后学深入理解和指导临床。
对部分经文有证无治者，杜氏总是在临床中加以摸索，补充行之有效的方剂。如《金匮要略·历节病篇》“以阴脉浮而弱，弱则血不足，浮则为风，风血相搏，即疼痛如掣”，指出当以四物汤加味。对痰饮病“心下有痰饮”，背寒冷如手掌大，指出临床久患痰饮者，大都有背部寒冷之证，且常要注意背部保暖，否则易犯病或加重病情。治疗方法，仍应据“病痰饮者，当以温药和之”，在背部腧穴周围贴敷白芥子、胡椒、干姜等辛温之药，从而弥补此条文有论无治之不足。又如，《金匮要略·呕吐哕下利篇》有“下利气者，当利其小便”，对此，注家多注释为气利，且有方无法。杜氏则据临床所见，指出原文之“下利气者”是指下利时伴有矢气，并非气利病。其病机乃湿邪内盛，脾失转输，水湿偏渗大肠，阻滞气机之故，治以利其小便，分利肠中水湿则利自止，此即利小便而实大便。前人谓之“急开支河”之法。此病证临床上极为常见，尤以小儿为多。其主症是大便稀薄或水粪杂下，小便不利。一般用胃苓汤，兼热者用柴苓汤化裁，充实了本病的病机主症、治法和方药。杜氏曾治一男孩，大便溏泻半年余，用中西药抗菌消炎止泻无效。大便稀溏或夹杂有稀水，日2～4次，遇饮食不和则便次增多，肠鸣，小便量少，舌淡红，苔白腻，指纹红。此乃湿盛脾虚、脾失转输，下焦分利失司，水液偏渗大肠所致。治未得法，故经久未愈。治以胃苓汤化裁利湿健脾，复其分利之功能。初服即有效，5剂药尽而愈。半年后随访未复发。
又如《金匮要略·呕吐哕下利病篇》第7条云“哕而腹满，当视其前后，知何部不利，利之即愈”。对于此条，因叙证简略，有论无方，诸家常常一带而过，很少应用。杜氏却悟出内在规律，将其运用于临床。如其曾治两例呃逆（即古之“哕”），一例系积滞化热，阻结阳明，浊气上逆所致，投以小承气汤加味，药后使哕止满除。另一例由下焦热郁水停，脾肾两虚，水气泛溢，肺胃之气不降所致。治用猪苓汤化裁，利水清热，健脾固肾。仅服6剂，即尿清利，哕逆止，浮肿显消。
又如，一病人患间日疟二月余，虽经多方治疗，竟无效验，转而求杜氏治疗。观患者形体消瘦，头晕目眩，气短心悸，足胫软弱，舌淡红少苔，脉细无力，嗅及药味即恶心欲吐。此乃疟邪久羁，伤耗气阴，尤以阴血亏损为甚。且因久服截疟药物，戕伐胃气，又难接受药物治疗。因思《金匮要略·疟病篇》有“疟脉自弦……以饮食消息之”，但仅提饮食，而未言方为何物，此患者普通饮食恐难胜任，即令患者自食炖鳖，每日一只，旬日后体力渐旺，胃纳渐佳，疟疾发作亦甚微，再进食一周而疟止。
如此案例，不胜枚举，杜氏善于以仲景原旨指导临床，并在临床实践中发展创新。一则印证了原文旨意，再则使原文与临床的联系更加紧密。
