董氏钻研气功理论，上及《内经》，下及各家学说，其中特别赞赏《素问·上古天真论》“呼吸精气，独立守神，肌肉若一”；“积精全神，游行天地之间，视听八达之外”，及《医方集解·勿药元诠》中调息、养生颂和小周天等的认识，结合站桩功，自治救人，反复实践，数十年如一日，形成了他调气积精全神的学术思想。
一、精气神为人之三宝
精气神三者，是人体生命活动的根本所在，前人称“天有三宝——日月星，人有三宝——精气神”。精是构成人体与营养人体的精微物质，是人体生命活动的基础。精来源于先天，禀受于父母，内藏于肾及五脏。《灵枢·经脉篇》说：“人始生，先成精，精成而脑髓生，骨为干，脉为营，筋为刚，肉为墙，皮肤坚而毛发长。”既生之后，在生命活动中，精不断地消耗，要靠后天水谷精微不断地滋养和补充。气是指人体脏腑的功能活动，同时也是流动着的精微物质。气分为原气、宗气、营气、卫气等，四者既相互联系又有所区别。神是人体生命活动的外在表现，同时又是精神、意识、知觉、运动等一切生命活动的主宰。神舍于心，所以心脏为君主之官。精化生气，是生命活动的动力，生命活动的主宰和生命活动的表现是神。因此，精气神三者互相资生，精充则气足而神全，是人体健康的保证；精亏气虚神耗，是人体衰老的原因。精气神是生命存亡的关键所在。
二、调气积精全神
董氏认为，气功作用的核心是调气积精全神，即必先治神。张景岳说：“夫百病皆生于气，正与气之为用，无所不至，一有不调，则无所不病。故其外有六气之侵，在内有九气之耗，为虚，为实，为寒，为热，至其变化，莫可名状，欲求其本，则只求一‘气’字，足以尽之，盖不调之处，即病所在之处。”气机的失常，与人体的精神活动密切相关。所谓调气，即是调整呼吸。呼出身中之浊气，吸入天地之精气。故气聚精盈则神旺，气散精衰则神去。《素问·上古天真论》有“呼吸精气”之论，说的就是调息以调气之法；积精是指通过调气则精旺；调气积精则神全，以保持健康，祛病延年。《景岳全书·摄生》认为：“盖精能生气，气能生神，营卫一身，莫大乎此。故善养生者，必保其精，精盈则气盛，气盛则神全，神全则身健，身健则病少，神气坚强，老而益壮，皆本乎精。”神是生命活动的外在表现，又是精神、意识、思维活动等的主宰。调气积精，则可以全神。精气神三宝是气功的基础。董氏认为调气则积精，精聚则神全；同样，神旺神全则精积、气调。这是辩证统一的关系。
三、练功十六字诀
气功的流派很多，练功方法各不相同。董氏认为，各种功法虽然不尽相同，然其道理则都是相通的。他反复强调，做好气功必须要具备三心，即信心、恒心和决心。并拟练功十六字诀：“安神静坐，物我相忘，心息相依，呼吸自然。”十六字诀，总结了董氏从事气功数十年的经验，也道出了气功锻炼的真谛，即“三要素”：调心、调息和调身。调心所以养神，是意识训练，要求思想、情绪、意识逐渐停止活动。安静下来，排除杂念，使大脑进入一种入静、虚空、轻松愉快的境界。从而调动人体之潜能，治神以达到强身治病的目的。其方法有放松法、默念法、数息法、意守法等。调息所以养气，是调整呼吸来调动人体之内气，使之逐步聚集，储存于身体某一部位，并循经络运行，以疏通经络气血。其方法有自然呼吸法、胎息呼吸法、冬眠呼吸法等。调身所以养肾，是调整身体姿势，使其放松、舒服、适宜，为调心、调息打下基础。其方法不拘，有坐式、卧式、站式等。他反复强调做好站桩功的关键是排除杂念，必先治神，精神与呼吸相结合，吸气要深至丹田，呼气则要缓，吸与呼之比为1：3，慢慢增加，可到1：6、1：9等。董氏还指出人的精神活动在心，能源动力在肾，益气需要健脾，温阳需要补肾，阴平阳秘，精神乃治；治病要治神，养病需养神。他强调摄生调养，非常赞赏苏东坡的《养生颂》，常嘱病人“已饥方食，未饱先止，散步逍遥，务令腹空。”配合治疗，获得满意的效果。
