命门理论在临床运用，必须着眼于水、火的偏胜偏衰，燮理阴阳，力求阴平阳秘。赵献可曾说：“命门君主之火，乃水中之火，相依而永不相离也。火之有余，缘真水之不足也，毫不敢去火，只补水以配火，壮水之主，以制阳光。火之不足，同见水之有余也，亦不必泻水，就于水中补火，益火之原，以消阴翳。”张景岳复以六味丸壮水、八味丸补火的启发，拟订左归饮和右归饮、左归丸和右归丸四方。
保留了六味丸的主药熟地、山药、山萸肉，八味丸的主药附子、肉桂，增入养阴扶阳的龟板胶、鹿角胶、枸杞子、菟丝子、当归、杜仲、牛膝等。补阳不离滋阴，滋阴不离补阳。用药的法则益臻周密，比六味、八味更进一筹。
左右归四方的创立，不仅发展了命门理论，也开拓了命门理论在临床运用的新境界。其用途非常广泛，根据景岳对四方的介绍，左归饮：“此壮水之剂也。凡命门之有阴衰阳胜者，宜此方加减主之。”右归饮：“此益火之剂也，凡命门之阳衰阴胜者，宜此方加减主之。”左归丸：“治真阴肾水不足，不能滋养营卫，渐至衰弱，或虚热往来，自汗盗汗，或神不守舍，血不归原，或虚损伤阴，或遗淋不禁，或气虚昏运，或眼花耳聋，或口燥舌干，或腰酸腿软，凡精髓内亏，津液枯涸等证”。
右归丸：“治元阳不足，或先天禀衰，或劳伤过度，以致命门火衰，不能生土，而为脾胃虚寒，饮食少进，或呕恶膨胀，或大便不实或寒在下焦而水邪浮肿，总之，真阳不足者，必神疲气怯，或心跳不宁，或四肢不收，或眼见邪杂，或阳衰无子等证。”临床表明，以左右归方为基础，配合健运脾胃，宣通心气的药物，治疗遗传性共济失调、侧索硬化症、再生障碍性贫血等疾病，每能减轻症状，延缓发展。对老年性慢性支气管炎、神经衰弱、慢性腹泻亦有良效。
尝检阅《普济方》收载的固精、益气、益血、壮元阳、壮筋骨……驻颜色、轻身延年等方，共1105首，其中用鹿茸、巴戟、附子、肉桂、苁蓉、破故纸、胡芦巴等温养下元的达395方之多，几乎占36％，如包括黄精、杞子等药的处方在内，将超过半数。这些温养方剂，除部分偏重补阳，一般兼顾滋阴，由此可见，命门的功能衰退，必然累及整体，是虚证的主要根源。
