《伤寒论》源于临床实践，蕴含着朴素的唯物论和自发的辩证法思想。运用唯物辩证法来整理《伤寒论》，是一条好的途径。
1．整体观念
整体观念是《伤寒论》主要特点之一。学习《伤寒论》要学习它的大法，首先就是指的整体观念。
（1）六经分证的主要精神：六经分证反映了疾病过程的阶段性，又反映了前后阶段的衔接性。各经之间既有区别，又有联系，并能相互传变、相互转化。提示后学必须用全面的、发展的、变化的观点去认识疾病。这就是《伤寒论》六经分证的主要精神。
（2）六经辨证的“证”：证包含了症状、体征、病性、病位，同时也提示治疗大法。如太阳证，必定包含以下几方面内容：
①病属初期，邪尚在表：
②有恶寒发热、头项疼痛、脉浮等症；
③治宜解表；
④正气盛，预后较好。
其它如阳明、少阳、太阴等证，同此。
（3）审证求因，溯源寻流：如开宗明义的太阳中风与太阳伤寒，二者主要区别在于汗出和无汗。临床上决不单纯考虑发汗或止汗，而是根据这一症状，从整体着眼，审证求因，判断表虚和表实。
（4）“知犯何逆，随证治之”：其着眼点在于知犯何逆的“逆”，并即治疗方法随着病理的变化而变化。第二九条连续提出四种治疗，正是针对“知犯何逆”而设。
（5）贯穿整体观念，注意局部症状：《伤寒论》注意局部症状的处理。但必须在整体观念的前提下进行。一是不影响整体治疗，如小青龙、小柴胡汤等的加减法，二是局部症状足以影响整个病理变化，如桂枝汤加葛根用于桂枝汤证兼见项背强症。考虑太阳邪将入阳明，加葛根可截邪入阳明之路。
2．重视内因
仲景认为内因是发病的根据，外邪必须通过内因才能起作用。由于人体内在因素不同，同为太阳病，就有太阳伤寒和中风之分；邪入少阴而有热化寒化。疾病的传变亦取决于内因。如太阳病发汗太过就有恶风、胸满、心下悸、腹胀满、头眩身瞤动、小便难、烦躁和便秘等不同变证。治疗上重视内因，强调维护正气，如扶阳气保津液、护胃气、调和营卫等。
仲景既重视内因，亦不忽视外因。外邪强盛时，亦重视祛邪。但祛邪的目的在于扶正。如太阳病邪未深入、正气尚盛，发汗解表，实际是祛邪扶正。阳明腑实宜泻热攻下，也是为了急下存阴。正虚则易招邪，邪盛可致正虚；祛邪旨在扶正，扶正可以祛邪。
3．知常达变
疾病的发生发展、临床表现以及治疗方法具有共性（常）。但由于人体体质、生活环境和外邪的强度等不同，又有个性（变）。知其常，才有诊治理法可循；达其变，才不致囿于常法，做到方中有变，法外有法。
（1）对疾病发生发展的常与变的认识：寒邪伤人，由表入里，由阳转阴，由经入腑，这是一般规律。但也有寒邪直中，也有从阴出阳的，这是特殊情况。如大青龙汤的一般脉证应为脉浮紧，发热恶寒，身疼痛，不汗出而烦躁，但也有出现脉浮缓，身不疼但重的；白虎汤证应无恶寒，但有时也会出现时时恶风或背微恶寒（第一六八、一六九条）。
（2）疾病处理方法的常与变：发汗利小便为治太阳病两大法门；清热、泻下为治阳明病两大法门；少阳病宜和解；太阴病宜温中；少阴病宜温补脾肾。但太阳病也有不宜发汗或利小便的；阳明腑实也有不宜下者；少阴病也有用滋阴清热法的。而汗下又有轻重缓峻之分。
仲景治疗疾病既有原则性，又有灵活性。这对后世医家具有重要的临床指导意义。有人认为辨证论治漫无边际，无规律可循，这是片面的看法。而有人把临证中的某一特殊的诊治经验当作普遍规律，显然也是不全面的。
4．看到本质透过现象
看本质，仲景有很多精辟论述；
（1）识别寒热真假：如“病人身大热，反欲得衣者，热在皮肤，寒在骨髓也；身大寒，反不欲近衣者，寒在皮肤，热在骨髓也”。
（2）识别虚实真假：大虚反有盛候，大实反有羸状。临证不慎，往往造成误治。如少阴三急下证。
（3）辨别在表在里：常根据脉、舌苔、小便、口渴与否等辨别表里。
（4）预后判断：对预后的判断，要通过疾病现象看本质。有些病出现某一脉证，看来好像是坏证，其实是佳兆。如太阳病本来就有下利，反见“暴烦，下利日十余行”，这是由阴转阳，脾气来复。所以说“脾家实，腐秽当去”（第二七八条）。
（5）认识疾病的量变与质变：发汗、吐下后，虚烦不得眠，心中懊憹，用栀子豉汤。若少气者加甘草，呕者加生姜。少气与呕都是在原有症状的基础上出现的，病位仍在胸中，只有量（症状）的增加，没有质（病位、病性）的改变。若心烦腹满，卧起不安者，栀子厚朴汤主之。说明前证兼见腹满，不仅是症的增加，主要是病位的变化（由上焦到中焦）。可以认为，从栀子豉汤证到栀子厚朴汤证，即是一个由量变到质变的过程。
5．分清主次
仲景根据《内经》“治病必求其本”、“急则治其标，缓则治其本”的理论，在临床实践中总结出治病主次先后的规律。
（1）合病主次：治疗合病，哪一经证候突出就治疗哪一经，即解决主要矛盾。如太阳阳明合病，重在表证，宜汗；太阳少阳合病，重在半表半里，宜和解；阳明少阳合病，重在里证，宜下，等等。
（2）并病主次：并病的治疗原则与合病同。如太阳阳明并病，因发汗不彻而转属阳明，此时太阳表证未解，主要矛盾仍是表证，不可攻下，当用小汗法；少阳阳明并病，少阳证未罢而里实尚不盛，只宜和解。
（3）表里先后、表里同病：治表治里何者为先，应视具体病情而定。在表先治表，在里先治里。表里同病，表证兼里实者，先治表；表证兼里虚者，先治里。
在充分肯定《伤寒论》的同时，还应看到它的不足：
（1）笼统性：如对某些疾病的认识比较含糊，概念不清，如厥阴病脉证即是。乌梅丸证和麻黄升麻汤证都不是厥阴正证。阴阳胜复，寒热错杂是病机而不是脉证。故厥阴病成为中医千古悬案。又如蓄血证究属何病？热与血结，结在何处？为何会发狂？很难理解。阳明病篇中有许多条文冠“阳明病”，其实不是阳明病而是胃寒证。还有少阴咽痛，其证治是否属少阴病，也使人怀疑。
（2）机械性：主要表现在
①传经说的机械性：如“伤寒三日，三阳为尽，三阴当受邪”，俞氏认为，一日传一经不可能，即从阳传阴（尤其是阳明传太阴），若非人为因素（如误下），事实上并无自然传变之例。
②分型的机械性：如阳明中风、阳明中寒以及正阳阳明、太阳阳明、少阳阳明的分法，并无现实意义。
③预后判断的机械性：如“发于阳七日愈，发于阴六日愈”以及六经欲解时等，均不符合临床事实。
（3）臆测性：主要表现在
①含有迷信色彩：如烧散之用于阴阳易病。
②根据不足：如“伤寒阳脉涩，阴脉弦，法当腹中急痛”。“浮则为风，数则为热，动则为痛，静则为虚”和“浮则胃气强，涩则小便数”等条。
此外，如以小便利与不利来判断是否蓄血，也带有臆测成分。
（4）某些实践带有盲目性：如阳明病“食谷欲呕”，以吴茱萸汤主之。其实阳明病不能用吴茱萸汤，但凭“食谷欲呕”，显然诊断不明，带有试用性质。到了“得汤反剧”时，又说这是“属上焦”，这种说法于理不通。
总而言之，我们要运用唯物辩证法的观点和方法，根据临床实践资料（包括前人的经验）来整理《伤寒论》，补充其遗漏残缺，不断充实和完善。这对于弘扬仲景学说，具有重要的现实意义。
