从《内经》时代到金元之前，肝在五脏中不占主要位置。到了元代，丹溪学派在提高肾的地位的同时，已有意无意地将肝脏列为五脏中的主要位置。朱丹溪认为，气血怫郁是致病的根源，创立越鞠丸，以治六郁。此方的重点为开郁利气，治疗气郁，其观点是气郁为诸郁的根本。
此后很多医家继承了他的观点，将治郁即治肝作为治疗疾病的根本。
明代赵养葵在《医贯》郁病论中继承了朱氏气郁可致诸郁的观点，提出在辨证治疗时，应当首先从肝入手。只要解决木郁的问题，其他疾病可以迎刃而解。
清代林琴在《类证治裁》对郁作了进一步的发挥，认为凡病无不起于郁者。自然界的天气变化如气运乖和，则五郁之病生；情志怫郁，则六郁之病作。他将外感、内伤诸病都与郁相联系，即与肝相联系。林氏将木郁分为肝气、肝火、肝风三类，认为诸病多从肝来。以后，何梦瑶在《医碥》中亦持相同观点，他说：“百病皆生于郁……郁而不舒，则皆肝木之病矣。”不少医家都认为肝郁是引致各种疾病的原因，特别是引致情志病的原因。例如王孟英云：“外感由肺而起，内伤从肝而起……七情之病，必从肝起。”自从丹溪重视木郁之后，若干医家进一步发挥他的思想，更扩大了肝病的范围。明代魏玉璜在《续名医类案》中提出“治病不离肝木”，清代的王旭高、周学海等均持类似观点。李冠仙在《知医必辨》中也说：“五脏之病，肝主居多，而妇人尤甚。治病能治肝主，思过半矣。”所以在金元之后，肝病的涉及面愈来愈广，大有囊括其他脏腑的趋势。在此期间，肝脏地位提高主要表现在：
一、肝病辨证愈加精细
古人认为人身之病，以肝最杂。在五脏发病中，以肝脏为最多，故有“肝病繁多，为万病之贼”之称。除肝气郁结、肝气横逆、肝阳上亢、肝火上炎、肝风内动等证外，还有涉及他脏如木火刑金、肝木犯胃、肝木乘脾、寒疝、冲任失调（冲任起于胞宫，肝脉环绕阴器）；影响气血而致气滞血瘀、肝血亏虚、肝阴不足等；夹邪有湿热蕴结肝胆，痰气郁于咽喉、交结于颈、寒滞肝脉等。
清代李冠仙有治肝十法，包括：
（1）辛散；（2）酸敛；（3）甘缓；（4）心为肝之子，实则泻其子；（5）肾为肝之母，虚则补其母；（6）肺为气之主，肝气上逆，清金降肺以平之；（7）肝气上逆，必夹胆火而来，平胆火，肝气随之而平；（8）肝阳太旺，养阴以潜之，不应，用介类以潜之；（9）肝病先实脾；（10）肝有实火，轻则左金丸，重则龙胆泻肝汤。这是在《内经》治肝基础上的发展，将治疗方法加以系统化。
王旭高将肝病分为肝气、肝火、肝风三类后，提出了更细致的治肝三十法。应当指出的是，截至建国为止，其他脏腑的辨证远不如此精细。这一方面反映了清代医家重视肝脏辨证，另一方面表明在临床处理疾病时，需要多从肝的角度来考虑，所以才会出现这样多的治肝方法。
二、多数常见疾病与肝有关
叶天士《临证指南》卷一中，列出中风、肝风、眩晕、头风、虚劳五种病症。除虚劳不全与肝有关外，其他四种，无不与肝密切相关。此外，书中还有木乘土、郁、肝火等节。叶氏将与肝有关的常见疾病列于卷首，说明他对肝的重视。除叶氏外，明清一些医家也常从肝来诊治疾病。
如清代魏玉璜的《续名医类案》中，一半以上的病例涉及情志，其中尤以怒气为多。傅青主以肝统治内、妇科病，治肝法贯穿他的女科全书。张锡纯提出人之元气，根基于肾而萌芽于肝。凡元气之上脱、精之下夺、汗之外泄，均由肝虚所致等。
三、其他脏腑的病变与肝有关
《内经》脾的功能是运化水谷，但自金元以降，脾胃的运化功能逐渐被肝所分担，李东垣的补中益气汤、升阳益胃汤、升阳除湿汤、升阳散火汤、升阳补气汤等都加了柴胡、防风等入肝经之药。明代戴元礼在《证治要诀·伤食门》中甚至说“人之饮食入咽而入肝，由肝而入脾，由脾而入胃。因食而伤肝，食不化，故痰涎壅塞如中风状”，首次提出饮食消化要通过肝，过食能够伤肝。叶天士则明确提出“补脾必宜疏肝，疏肝即所以补脾也”的见解，并且补充了李东垣“肝之脾胃虚”的内容。唐容川在《血证论》中云“木之性主乎疏泄。食气入胃，全赖肝木之气以疏泄之，则水谷乃化。设肝不能疏泄水谷，渗泄中满之证在所不免”，直截了当提出饮食的消化，完全要依赖肝的疏泄功能。
在运化水液方面，肝同样起到关键作用。古人认为肝能利三焦，通水道，助脾运化水湿，助肺布散水津，助肾蒸化水液。否则，水液就会贮留体内。另外，肝还可以是生痰之源，因为痰之患在于液不化，而液之结在于气不化。所以庞安时云“善治痰者，不治痰而治气，气顺则一身之津液亦随气而顺矣”；赵献可曾云，七情内伤，郁而生痰。费伯雄也提出肝火煎熬营血为痰等。
根据上面提出的三个方面，可以清楚地认识到中医的肝，在金元以至明清一些医家的心目中，已经超越脾、肾而居于五脏的首要地位。
四、从肝在五脏中的地位演变引出的反思
医学理论的产生必然与不同历史时代相适应。《内经》时代的生活资料不足，主要是不饿肚子为主以求生存，所以要以胃气为本。唐宋太平盛世，温饱之余要求满足性的需要和长生，故以补肾为主。到了金元时代兵荒马乱，果腹又成为重要问题，脾脏再次得到重视。由东垣、丹溪以降，直至今日，在五脏中，人们习惯于将脾、肾作为临床及保健的主要对象。但是，如前所述，自从丹溪强调相火与六郁之后，肝开始显露出它的重要性。宋代之后，随着中国社会的发展及动荡不定，使人们处于一定的精神紧张状态，社会与心理因素对疾病的产生、发展有着很大影响，丹溪就是在这种社会背景下建立了肝郁学说。丹溪之后的医家在肝郁思想的基础上加以发展，认为肝为气化之本，肝主一身之里，逐渐建立了以肝、脾、肾三者为中心的病机学说，通过调肝、健脾、补肾的方法来治疗疾病、养生保健。诚然，在明清医家中，采纳肝郁学说的仅为其中的一部分，但是，正是这一学说反映了生物——心理——社会的现代医学模式，发展了以治脾或／和治肾为主的旧学说，使之适应社会及医学发展的需求。遗憾的是，思维上的惰性使我们对一些现实问题视而不见，忽略了自丹溪以来的理论变革，致使中医理论长期停滞不前，这难道不值得进行反思吗？从肝在五脏中的地位演变，促使我们对中医理论的发展情况进行反思。笔者认为至少有两个问题需要进行认真思考，以便促使中医药学发展。第一，医之门户始于金元，中医出现不同学派之后，具有革新思想的明清医家叠出不穷，如吴有性、张景岳、叶天士、王清任等。以叶天士为例，他不仅创造性地提出了卫气营血辨证，而且在诊治内科疾病时，对肝与疾病的关系，也作了创新性的论述，充分肯定了肝的重要价值，为中医学的发展作出了贡献。但在进入20世纪之后，中医理论基本没有变动，有人曾用传统思维方式和心理习惯、古代哲学影响等来解释中医理论的凝固状态，然而，却不能解释一些明清医家在同样条件下能修正中医理论，而我们反而不能。多年以来，我们一直为回答不了这个问题而困惑，但是，我们必须找出答案，以便为中医理论发展找到出路。第二，在藏象学说中，中医的五脏与西医的内脏在名词上虽然相同，但在内涵方面却大有区别。中医的心不同于西医的心，中医的肺也不同于西医的肺等。例如，中医的心包括血脉之心和神明之心，即既主血液循环，又主精神意识；而西医的心基本上只与血液循环有关，少与精神意识相联系。这就是说，中医每个脏都具有若干功能，并不限于单一功能（注：近年，西医也提出一脏有多种功能，但比中医至少晚了2000年）。现在通过文献整理，我们发现有的脏还具有他脏的功能。以肝为例，在《内经》中就有‘土得木而达’、‘肝气衰，筋不能动，天癸绝’的记载。《内经》中这些肝与脾、肾有关的语焉未详的记载，经过后世医家在理论上的发挥及临床实践，已被认为肝确实具有脾和肾的部分功能。唐容川的‘食气入胃，全赖肝木之气以疏泄之，则水谷乃化”，明白地表示肝具有配合消化的功能。临床上的肝脾失调、肝胃不和诸证，实际上也表明了肝与消化的关系。肾的主要功能之一是性腺功能，《内经》中的肝气衰筋不能，天癸绝’和后世的‘女子以肝为先天’、‘肝肾同源’等都无可争辩地表明肝具有肾的部分功能。现在的问题是如何对待自《内经》时期已经存在的一脏具有他脏功能的问题。有人曾热衷于以系统论来解释中医理论，认为脏象学说是个母系统，五脏各为一个子系统。但是，某些子系统是你中有我，我中有你，因而可能很难成为独立系统。这似乎可以说明为什么系统论始终没能解决中医理论问题，也许也能说明为什么中医脏象的研究虽然花费40余年的时间，投入了大量人力物力，依然进展缓慢，未能获得突破性的进展。我们应当正确面对《内经》时代已经发现但未予解决的问题，结合当代科学发展和临床实践，对藏象学说进行认真评价，以此为契机来推动中医理论的发展。中医理论不能凝固，必须解冻。只有发展中医理论才能推动临床实践，使中医药学列入世界科学之林。
