许氏诊病最强调辨证论治，他认为辨证论治是中医理论的核心部分，是祖国医学诊断和治疗的重要方法，并且在临证中始终坚持以中医传统理论为指导，处处体现“辨证为主”的思想。
许氏在辨证论治方面，力主医之治病，首先在于认证；将证认清，治之则如同启锁，一推即开。
认证之法，先辨阴阳，以求其本，病本既明，虚实寒热则迎刃而解。
在诊断中，许氏始终把四诊辨证放在首位，强调四诊合参。认为问诊在于得其病情，别其寒温，审其虚实，反对“医者不屑问，病者不肯言”的态度。闻诊以辨别声音之韵为主要，以五声五音五脏之变，声音相应为无病，反则乱而为病，盖情志之表现，为内有所感，而发于外也。其他如语言、呼吸、咳嗽、嗳气、呃逆、呕吐等声，皆可据以为诊。闻诊除听声外，还包括嗅味，亦应重视。
许氏以为，望诊要观神、察色，审体质，别形态，尤以舌诊更为重要。经长期观察，潜心研究舌脉方面的异常变化与疾病的有机联系，并总结出自己的独到见解。在舌象方面发现了纵裂舌、横裂舌、龟裂舌的病机病理，揭示了舌象与机体各系统病理改变的关系。如嗜茶嗜酒者，嗜饮生冷者舌质、舌苔及口唇所呈现特有的病理变化。脉象方面，在认真总结前人二十八脉的基础上，发现了久服抑制药物而呈现的“模糊脉”，心气不足而呈现的“动”脉，肝气郁滞长久而呈现的沉滞不起的脉象等等，从而大大丰富和完善了四诊的内容。由于他丰富的四诊经验，往往在舌脉方面一个微小的变化，均能被及时发现而作为指导辨证施治的有力依据，制订出切实有效的治疗法则，故屡屡收效神奇。许氏同样认为四诊辨证也是一个去粗取精、去伪存真、由此及彼、由表及里的分析综合过程。他指出：四诊要入微，辨证要精详，只有这样才能做到明察秋毫，切中要害。在辨证施治的过程中，“整体观念”是他的又一显著特点。他认为：“一种疾病的形成，无论是病因病理的简单或复杂，具体在生理上造成的病理影响本是机体生理的全面改变。因此在临床具体论治时，就必须从整体出发，永远不忘人体是一个有机联系的整体。一种病或某一个阶段或某一个症状，甚至在整个疾病发展过程中的病情变化，所影响的病机病理更是多方面的。不了解这一点，论治则只是主观愿望，就不能切合客观实际。”他把人看成一个有机的整体，决不被局部的表面现象所迷惑，确定治疗大法往往不只是考虑病人的局部症状，更不把改善症状作为治疗的出发点和归宿，而把调整机体的脏腑机能作为治疗的法则。因此他开出的处方往往不能被一般医生所理解，故而有医林怪杰之雅称。
