王氏认为温病治疗原则的确立应建立在对温病病因的审察、病机的分析和证候的辨别的基础上。由于温病具有特异的致病因素，所以在治疗过程中应特别重视祛邪外出的治法；由于温病的病理演变多循卫气营血和三焦病证演变的基本规律，所以治疗必须以正确的辨证为前提指导立法制方用药；由于温病具有发病急、传变快、变化多、证候复杂等特点，所以治疗必须随着病证的发展演变，灵活地变化治法方药。
一、强调祛邪为首要任务
温病是因感受温邪所致，不同种类的温邪不仅能够引发不同类型的温病，而且决定着其发病特点和病变中的病理演变及证候性质等。病邪入侵人体与正气相争，易于导致机体的正气损伤，在温病过程中由于温邪具有阳热属性则以伤阴尤为显著。此外，病邪的性质、感邪数量的多少、病邪致病毒力的强弱，决定着病势的轻重、病情的发展、预后的良恶等诸多方面。总之，温邪影响着温病发生发展的全过程，是导致温病发生并决定其发展过程的主导因素。因而王氏强调指出：“温病治疗第一位的首要的任务就是要有效地祛除病邪。”邪去则正安，邪除则正气易复。祛邪既包括祛除从外侵入的温邪，也包括清除病变过程中继发产生的病理因素，即“第二病因”。在温病过程中常见的继发性病理因素为“痰”、“瘀”等，所以温病治法中的“化痰”、“祛瘀”诸法均为祛邪之法。同时在温病治疗过程中，通过“祛邪”调整阴阳的偏盛偏衰，能够使机体恢复于“阴平阳秘”的状态。由此可见，温病治疗中的“祛邪”与现代医学中的杀灭或抑制病原微生物，消炎抗毒的抗感染疗法概念不尽一致，前者的内涵和外延明显广于后者。
由于温病大多发病急骤、传变迅速、变化多端，严重者甚至“一日三变”。故王氏提出“祛邪必须及时、有力，必须在病变的早期阶段即选取效着力强的祛邪方药，以使侵犯机体的病邪及时外解而不内传，达到早期治愈的目的”。这种早期、及时、有效的治疗思想不仅突出了温病祛邪的重要性，而且对于控制病情的发展演变，减轻机体的病理损伤，促使病体的康复有着重要的意义。
温病治疗过程中用于祛邪的治法方剂甚多，王氏认为其中以“汗”、“清”、“下”、“化”比较常用，尤以“清”、“下”二法最重要。风、暑、湿、燥等不同类型的温邪虽致病各有特点，但均具有温热属性，且都终必化燥化火。在温病发展演变的各个阶段，病证均表现有明显的热象，或为表热、或为里热、或为实热、或为虚热。根据“热者寒之”，“温者清之”的治疗原则，临床上清法便成了温病治疗中使用最广泛的一种祛邪方法。王氏提出“清热泻火解毒之法基本上贯穿于卫气营血病证传变的整个治疗过程”。邪在气分当予以清气，邪入营血则投以清营凉血，邪在卫分虽主以解表透邪，但清热亦是不可或缺的，如常用辛凉解表方剂银翘散中的银花、连翘即为此而设。温病后期虽然邪热渐去，但正气未复，出现余热未净，阴液耗伤的证候，治疗在顾护正气、滋阴养液的同时也不能忽视清热祛邪。现代研究证明清热解毒法是有效控制多种急性传染病和急性感染性疾病的有效方法，无论是病毒感染还是细菌感染均可以应用。常见的如肺炎、败血症、流脑、乙脑、流行性出血热、钩体病等，无一不是以清热泻火解毒为主要治法的。
通下法是以通导大便为手段，使机体内的邪热与里实排泄于体外的一种治法。通下法在温病的治疗中虽有一定的适应范围，但是它在治疗中占有重要的地位。明代温病学家吴又可非常重视下法的运用，指出“疫邪首尾以通行为治”。清代柳宝诒也说“温热病热结胃腑，得攻下而解者，十居六七”。王氏遵循前人的古训，结合自己多年的研究体会和临床经验提出“通下法是驱逐病邪外达的一个重要方法，不仅可攻下肠腑燥结的粪便，而且具有导泄肠腑郁热、邪毒，驱除肠腑垢浊结滞，疏理肠腑气血运行等作用。因此，临床运用通下法不必拘泥于肠腑燥屎之说，凡郁热、湿滞搏结肠腑者均可使用”。并且认为传统所说的阳明腑实可下之证，其病位虽以肠腑为主，但实际上病变已涉及全身，不仅实热壅盛，而且阴液损伤亦很严重。及时运用通下法，不仅可有效地导泄内壅之实热，而且对消除里热所致的全身病变，保存津液均具有十分重要的意义。
温病的治疗在重视祛邪的同时，也从不忽视正气的调养和顾护。王氏指出“温病以祛邪为第一要义，并不意味着祛邪是温病治疗的惟一方法，扶正亦是不可缺少的”。因为温病的整个过程就是邪和正相互消长的过程，二者密切相关不可分割，祛除病邪就是为了安正，邪不去则正难复；当然，随着病变的发展正虚逐渐明显而出现正虚邪实的局面时，则治疗就非单纯祛邪所能胜任，而必须祛邪扶正同时并进，至于后期邪退正虚之际，则扶正便自然成为主要治法而居于治疗的主导地位了。
王氏还认为温病治疗在强调祛邪、注意扶正的同时，注意脏腑气血机能状态的调整疏理亦是治疗中不可忽视的一环。温病的整个发展过程虽以邪正相争为基本变化，但具体病机则又表现出脏腑、气血的机能障碍，如热邪壅肺的肺气闭郁、热结肠腑的腑气壅滞、热闭心包的机窍堵闭、热入厥阴的肝风内动、热入血分的迫血妄行等，都是在病邪的作用下所导致的脏腑机能障碍或气血运行失常。因此，治疗时必须根据其具体的病机参以调整机能、疏理障碍的方药，如宣通气机、调和血脉、开窍熄风等，只有这样才能及时有效地祛除温邪，控制病情，达到治愈的目的。
二、注重辨证与辨病的有机结合
辨证施治是中医学的精髓，是指导临床诊治的基本思想和原则。温病突出辨证论治原则的运用，就是要求治疗过程从立法制方到具体方药的组合运用，都必须以辨证为前提，根据辨证的结果确立治法方药，也即是要在正确运用“卫气营血”和“三焦”理论进行辨证的基础上，针对温病的不同病因、病变过程中的各种证候，确立相适应的治疗方法，选择合适的治疗方剂，然后再根据具体病情的兼夹和变化情况进行药物的加减配合。王氏认为：辨证施治理论是中医学在漫长的发展过程中逐步形成并随着自身的发展而不断地充实和深化的，长期以来一直有效地指导着临床实践，所以按“卫气营血”和“三焦”体系辨证施治，仍是目前治疗温病的一个基本原则。但毋庸讳言，辨证施治的理论内容和具体方法必须随着对疾病本质认识的深入而不断发展，临床一成不变地沿袭传统的治疗思路和治疗方药，已不能适应客观实际对不断提高临床疗效的要求。王氏结合多年的临床实践体会提出，要提高温病的治疗效果，必须在治法方药上进行发展和充实，而且在治疗思路上要有新的开拓和提高。
首先，要结合现代医学的理论和现代科技手段对传统温病学的辨证论治进行开拓性的研究，从而使人们对温病治法方药的认识更加深入和全面。王氏认为这种研究主要包括两方面的内容，一为对治法方药的作用原理进行研究，从而揭示其本质。例如，对于清法的研究，大量的实验结果表明，清热方药对致病病邪有着明显的祛除作用，表现在对致病的细菌和病毒具有不同程度的杀灭和抑制作用，能抗病原体的毒素，加速毒素从体内的廓清。同时清热方药能够显著提高机体的抗病能力，表现在能够增强机体抗感染的免疫功能，调节垂体－肾上腺皮质功能等，这些结果说明清法的祛邪作用是通过对病邪的直接祛除和提高机体正气的抗邪能力而实现的，也明确了清法与西医抗生素疗法的本质差异。二为对立法制方规律进行研究，进而明确各种治法方药的运用要点。例如，对于清营凉血法的研究，温病学的理论和实践证明，温病的营血分证其病变实质，不仅有显著的营血热毒炽盛征象，而且还有瘀血的停滞和阴血的耗伤等病理因素，因此在运用清营凉血时，除了主以凉营血、解热毒外，还须注意活血化瘀和滋养阴血诸法的配合。其次，在固有温病治法方药的基础上，还须结合现代临床经验和科研成果，补充一些疗效确切的方药，则是充实温病治法方药内容的一个重要方面。近年来清热解毒方药（如蒲公英、板蓝根、半枝莲、千里光、穿心莲等）、活血化瘀扶正固本方药在温病治疗上的广泛运用便充分体现了这一点。
在突出辨证施治的前提下，结合现代西医学认识运用方药进行辨病治疗，重视辨证与辨病的有机结合。王氏提出，要使辨证施治能够卓有成效地结合辨病治疗，必须掌握如下几个环节：其一，辨证施治过程中必须结合现代医学认识，运用现代诊断技术以明确病因诊断，并在此基础上选用经过实践验证对某种病原体确有疗效的方药。温病的病因是温邪，各种温邪虽具有不同的性质、致病特点和形成条件，但其实质仍为病原微生物，所以在其治疗过程中针对特异的病原体选用对其有明显作用的药物确能提高疗效。如温病初起运用辛凉解表的银翘散时，可根据具体情况补充一些清热解毒的药物，如蒲公英、板蓝根等，可增强其消灭病原微生物的作用。
其二，在明确病原的基础上，还要根据现代医学的认识了解其病理变化和发展规律，因为这样可以在治疗上针对不同疾病的病理变化特点进行配合用药。如临床治疗肺炎，除了选用对肺炎病原体具有独特作用的一些药物，如鱼腥草、金荞麦、虎杖、半枝莲等外，还常配合应用一些对肺炎肺叶实变的病理损伤具有较好改善作用的活血化瘀药物，如桃仁、赤芍之类，这类药物能增加肺部血流量，改善病灶的微循环，抑制炎性物质的渗出，促进“实变”的吸收，因而对于争取疾病的早期治愈具有十分重要的意义。又如治疗乙脑，传统温病学根据其发病季节和临床特点，归属于暑温范围，其一般过程是：初期阶段治疗以清气解毒为主，而后根据其传变情况进行随证施治，只有当邪热内陷厥阴肝经和心包，出现闭窍动风的昏迷抽搐时治疗才可用开窍、熄风等方法。近年来王氏为了提高本病的临床疗效，有效地控制乙脑过程中痉厥证候的产生，在治疗上进行了早期应用熄风法的尝试，取得了较好的效果。这种治疗思路主要是针对乙脑发展过程最终必有动风抽搐之变的发展规律，早期投以凉肝熄风之剂，从而有效地阻断其动风抽搐的发生。
其三，在辨证施治与辨病治疗相结合的过程中还须注意处理好局部与整体的关系。某一局部的病变往往是全身疾病表现的一部分，全身性病变又多由局部病变引起，而整体机能状况的盛衰又对局部病变有着直接的影响。一般说辨证施治较多地侧重于病人整体的状况及全身表现的观察与分析，并在此基础上立法制方进行整体调治，而辨病治疗除了针对不同疾病的特异病原体进行选药外，还常注重局部病理损伤的改善和修复。如对于急性病毒性肝炎的治疗，辨证施治多立足于对病变的整体观察，判断证候性质的湿、热偏重，阴液、阳气的损伤程度，病变性质的属虚属实而进行整体的论治；辨病治疗则侧重于选择能够有效灭活肝炎病毒和减轻肝细胞破坏，保护肝组织的药物。
三、讲究治法运用的灵活变化
温病病情的多变性和复杂性决定了在治疗方法的运用上必须随机应变、灵活化裁。温病学家叶天士和吴鞠通根据温病过程的病机变化和证候特点，分别提出了“卫气营血”和“三焦”证候的不同治法，均充分体现了随证施治灵活变化的精神。王氏指出：“运用温病治法在掌握运用原则的基础上，还要注意灵活变化，以适应不同病情和病情不断变化的需要。”温病的治疗是建立在对证候的辨别、分析研究的基础上，每种治法方药均有其特定的适应范围。由于病证性质既有相对稳定的表现，又有不断发展演变的变化性，所以在治疗过程中既要针对特异的病变阶段和证候确立相应的治疗大法，如邪在卫分当治以解表法，邪入气分则治以清气法；同时其治法方药又要随着证候的演变而变化，如温病初起主以辛凉，但若温病初起兼有寒邪束表者，亦可暂投辛温，表寒得解方可转手寒凉。邪入气分者，主以清气泄热，其中热势蒸腾，散漫于气分者，则应辛寒清气，透热外达；若里热内郁，燔炽于气分者，则当苦寒泻火，直折郁热。即使某些温病在治疗上已总结出特效方药而自始至终均可运用，临床亦须根据病程不同阶段证候的具体变化而进行方药上的加减配合。只有法不离证，证随法变，法证相符才能达到有效治疗的目的。
温病的发展过程既有一般的演变规律，也有特殊的变化，故温病灵活运用治法方药，还为了适应温病发展过程中特殊变化治疗的需要。王氏认为温病过程特殊变化的形成，主要与患者素禀体质、旧病宿疾、感邪特性以及失治、误治等因素有关；在证候上则常表现为实中有虚、新病宿疾兼夹、病变涉及多个脏器等。针对上述特殊变化的常见治法有如下几种：
1．邪正合治：年老、病后和素禀体虚之人，感受温邪后常常形成实中带虚的虚实夹杂局面，在治疗时则不能单纯祛邪，而应在祛邪的同时配合扶正之品，以防更伤正气。如素体阴虚而又感受风热病邪者，治以疏散风热之剂配合滋阴之品滋阴解表，既可防汗出而更伤其阴，又可益阴以增汗源。
2．“先安未受邪之地”：是温病治疗中治未病思想的体现，素禀某一脏腑特别虚弱的患者，感邪后病邪极易向其虚弱之处传变，为了防止病邪乘虚内陷而导致病情的恶化，治疗时就须在病邪尚未乘虚传入之际于祛邪的同时适当佐以一些补虚之品，培补虚损的脏腑，增强其抗御病邪的能力。如素禀肾水不足者，在病变过程中，阳明邪热每易乘虚深入下焦肝肾，治疗时，除清泄阳明邪热外，还可适当加入咸寒之品滋养肾阴，以防患于未然。当然，这种预护其虚的治疗方法，必须建立于正确把握病变的发展趋势、证候演变特点的基础之上，用药也必须注意分寸，既要达到预护其虚的目的，又要防止因补虚而产生的恋邪之弊。
3．多证同治：在温病过程中经常可以见到几个不同性质的证候同时存在的复杂局面，这种复杂的局面常表现出病位的多脏腑性。一般典型的证候病位多以某一脏腑为主，病理因素较为单一；而复杂证候病位则可涉及多个脏腑，病理因素也较为复杂，这是温病变化多端，病证错杂的显著表现，主要因邪势较重充斥弥漫，波及多个脏腑和病邪作用机体产生多个继发性病理因素所致。所以在治疗时就非一方一法所能胜任，而必须根据病变的部位和证候的性质多法并举，全面兼顾。如常见的痰热阻肺肠腑热结证，其病位在肺和肠两处，病理因素有痰热和里实热结两端，且二者相互影响，互为因果，故治疗必须清下合用，以宣白承气汤既清肺化痰又泄热攻下。
4．兼顾旧病宿疾：不少温病患者素有旧病宿疾，常见的有瘀血、痰浊等，一旦感受温邪发为温病后极易形成新感宿疾并病的局面，在一般情况下应根据“先病为本，后病为标”，“急则治其标，缓则治其本”的原则，以治疗温病为先。如胸膈素有伏痰之人，一旦感受温邪，极易与固有的痰浊为伍而形成痰热搏结胸脘之证，甚或产生痰热闭窍的严重变证；又如素有瘀血内停之人感受温邪后，亦极易与宿瘀为伍形成瘀热相结之证，结于上可导致瘀热阻塞心窍，结于下可形成下焦蓄血之证，对上述病证的治疗应在着重祛除温病邪热，同时根据不同的兼证配合化痰或祛瘀之品。
四、重视方药的特殊功效
吴又可在《温疫论》中曾经指出：“万物各有所制，……能知以物制气，一病只用一药之到病已，不烦君臣佐使品味加减之劳矣。”吴氏在这里依据万物相互资生、制约的关系，推论出“以物制气”的治疗方法，其实质就是要求人们重视寻找具有特殊功能的治疗药物。虽然，由于温邪种类不一，患者体质也存在差异，在当时的情况下，要达到一病只用一药，药到病已的治疗水平，是不可能的。但是，今天看来，吴氏的推论，对拓展临床治疗思路，提高温病临床治疗效果，促进新药研制水平的提高等，均具有极高的临床指导意义。岳美中先生曾说过：“较妥当之论治，当是专方专药与辨证论治相结合……，专病专证专方专药与辨证论治相结合，才是较有成效与可靠的措施。”当今世界的药物研究，由化学合成药物为主逐渐转向寻找天然药物，由广谱常效类药物的研究，转向具有特殊治疗作用的特效药物研究，中医药界切不可错过这个难得的机遇。从目前临床和实验研究的情况看，特效药物的研究已取得了可喜的成绩，例如，青蒿素的发现及相关药物的研制成功，就极大的提高了恶性疟疾的临床治疗效果。又如，在病毒性肝炎的治疗方面，研究人员发现，茜草、水红花子、蝉衣等可以明显的改善患者的免疫损伤，清除免疫复合物的沉积，提高细胞免疫功能；丹参、蒲黄、桃仁等能阻止细胞的纤维化等等。因此，在温病的治疗过程中，在辨证施治的前提下，通过结合辨病，探寻和运用具有特殊效能的药物，必将进一步提高温病的中医药治疗水平和临床治疗效果。
