温病的病因学说是温病学理论中的一个重要问题，温病之所以有别于其它疾病，就是因为有其特异的致病因素。探讨温病的病因学说，对于揭示温病的发生发展、病理演变和诊治规律具有重要的意义。王氏对温病的病因学说进行了深入全面地探析，对其实质精神和实践意义提出了深刻而精辟的见解。
温病的病因学说是建立在“六淫”致病理论的基础上，风、寒、暑、湿、燥、火“六淫”的原始意义是代表了自然界中异常的可以致病的气候。前人在与温病作斗争的长期实践中，逐步认识到，自然界的气候变化可以对人体发生影响，与温病的发生有着密切的关系。基于这一认识，便提出了“外感不外六淫”的病因学说。由于温病具有“热象偏重”的特点，因而又进一步提出了“六淫化热成温”的理论。此后有人根据温病具有传染、流行的特点，提出了“疫气”、“疫疠之气”、“时邪”等病因学说。所有这些都是依据“天人相应”的观点，对临床进行观察而得出的结论。随着病因理论的发展，对病邪实质认识的深入，人们体会到温病的病因虽然与自然界气候的变化有密切的关系，但二者并不等同，“六淫”的概念逐渐从单纯的气候因素演变为代表了自然界的多种致病因素，“六淫”是以六种病邪特性对所有外感致病因素所作的性质归类，并以此命名病邪。“六淫”的确定，除了参考当时的季节、气候状况外，更主要的是根据疾病的临床特点，即“从证测因”。温邪即是“六淫”中具有温热性质的一类病邪，“六淫”中除了“寒”以外，都可以具有温热之性而成为温邪。
王氏认为上述病因学说并未能全面而深刻地揭示出病因本质。虽然认识到温病病因与自然界的气候因素有较大差异，提出了病因是对临床表现的概括，但并没有阐发病因的实质所在；虽然认识到病因的外部特性即各种病因的致病特点，但未就其客观实体进行剖析；虽然认识到“六淫”与气候变化有一定的关系，但并未明确二者内在的具有规律性的联系。因而进一步探求温病病因的本质属性，明确其与自然界气候因素的内在关系，则是温病学研究的一个重要课题。他深入研究了前人对温病病因学说的认识，并在此基础上结合现代微生物学理论和大量的临床观察，提出温邪的本质是以病原微生物为基本物质，以季节气候因素为重要条件，以其临床致病特点为研究对象，以揭示病理演变、指导辨证施治为研究目的。只有把几者有机地结合起来理解，才能准确地掌握温病病因的本质。他认为现代微生物学中的病毒、细菌、原虫等病原微生物是导致温病的直接原因，温病的发生主要取决于感染病原微生物的数量和病原体的致病毒力以及其致病属性。四季的气候变化和不同的地理环境对病原微生物在外界的生长繁殖和人体的抗病能力有着重要的影响，一方面季节气候因素是病原体生长繁殖和传播的重要条件，如痢疾、伤寒、乙脑、霍乱、疟疾等传染病的病原体，易生成于夏秋气温较高的季节，并多借助蚊蝇等传播；流感、流脑、流行性出血热、猩红热等传染病的病原体则易生长传播于冬春季节；另一方面四时的气候变化对人体某些系统的防御功能有一定的作用，如冬春季节气候寒冷，容易破坏呼吸道粘膜的内环境，增加粘膜对致病微生物的易感性，夏秋季节气候炎热，消化液分泌减少，杀灭病原体的功能下降，而致肠道传染病易于发生。可见气候因素是通过影响病原体的生长繁殖和机体反应性而发挥其致病作用的。
在提出温病病因的物质基础，明确气候因素在病因学说中所起作用的同时，王氏进一步揭示了温病病因学说的实践意义和实用价值。认为温病的病因学说，是前人根据四时温病的不同特点联系季节的气候变化而作出的理论概括，是建立在临床证候的观察、分析基础上的，因此，其临床意义已远远不限于阐述温病发生的原因，而更重要的是指导临床辨证施治，温病的病因学说是在实践中产生，又用以指导临床实践，可以认为是辨证施治体系中的一个重要组成部分。其临床意义包括以下几个方面：
一、揭示发病特点不同
温邪所导致的温病不仅临床表现不同，而且其发病也各具特点，发病季节、邪犯途径、起病缓急、演变趋势等都各不相同。如风热病邪导致的风温，好发于冬春季节，病邪先犯上焦肺卫，起病急骤，传变较快，变化较多，易发生逆传心包的危重证候；而温热病邪引起的湿温，多发于夏秋气候炎热、雨水较多的时节，病邪好犯中焦脾胃，起病较缓，传变较慢，病变往往在气分持续较长的时间。掌握了病因学说就可以对这些不同的特点从理论上予以分析，从而揭示其本质。
二、区分证候类型
病因学说的意义不仅是解释不同温病的致病原因，更主要的是区分证候类型。“六淫”温邪致病不但有明显的季节性以及病位的差异，而且还相应地有着特定的临床表现，因此在辨证上就有风热证、暑热证、燥热证等之分，这些不同的证候类型主要见于四时温病的发病初期，是中医临床辨病的主要依据。可见，按病因学说来区别不同的证候类型，实质就是四时温病辨病的基本内容。
三、指导立法制方
在病因学说指导下来“辨证求因”，区分证候类型，不仅是为了辨别四时温病，而且也是治疗上立法制方根据所在，即“审因论治”。正因为风热、暑热、湿热、燥热等温邪致病各有特定的证候表现，所以在治疗上也相应地有疏散风热、清涤暑热、透化湿热、凉润燥热等治法和代表方。因此，温病的病因学说既是辨证上“辨证求因”，区分证候的理论依据，又是治疗上“审因论治”立法制方的指导原则。
综上可见，王氏对温病病因实质的认识，既升华了传统中医学的理论知识，又融入了现代医学的知识，是对温病病因理论的充实和发展，标志着其研究成果在传统理论的基础上进一步深化和提高，达到了一个新的水平。他对温病病因学说实际意义的论述从发病和辨证施治的角度出发，把握了温病病因学说的精髓，充分揭示出了病因学说的理论研究和临床运用价值。
他融古贯今，中西医理论相互有机结合的研究方法，显示其渊博的理论知识和宽广而活泼的研究思路，为研究和发展中医学理论开辟了新的途径。
