施氏主张辨证与辨病、辨型相结合；宏观辨证与微观辨证相结合；辨证与基础实验、现代诊察手段相结合的原则。
证，是疾病处于一定阶段时病因、病位、疾病性质和正邪力量对比等各种因素的综合反映。
辨证是运用中医理论，通过望、闻、问、切四诊，详尽地了解临床症状和体征，通过去粗取精，去伪存真，由表及里，由此及彼地综合分析，归纳总结而得出的结论。“辨证”是“论治”的前提，“论治”是“辨证”的目的。辨是为了治，是为了更好地、有效地治好病，辨出的证应力求准确。
在科学技术和现代医学飞速发展的今日，取之科技成果和现代医学成果为我所用，使中医的“辨证论治”更趋完善，也更能体现中医的整体观，使“治病求本”之“本”更能全面地被揭示。
施氏认为：辨病，是对局部病理状况的辨识；辨证，是对全身状况的辨识。两者的结合，使对疾病的认识和治疗更精确化，经常在辨证结合辨病的同时，还结合了辨该病的分型，即与辨型相结合。例如，在颈项强痛症中辨出颈椎病后，再根据症状的不同表现，分清该病种的分型，有颈型、神经根型、交感型、椎动脉型、脊髓型等，在此基础上，将其症状按中医的四诊八纲进行辨证，辨明中医的辨证分类，如椎动脉型颈椎病中有气血不足型、痰阻血瘀型、肝肾亏虚型等，而脊髓型颈椎病又有痉证和痿证之分。这样的结合辨证过程，使疾病从症、病、型、类逐个分辨清楚，对疾病的认识逐渐深化，治疗用药更有针对性，更能有的放矢，其疗效也更加显著。如分别用血府逐瘀汤加减方和地黄饮子加减方治疗脊髓型颈椎病痉证和痿证，其疗效与常规疗法相比，有显著的统计学差异。
施氏指出：辨证较之辨病更加精确，是因为辨证使得患病的机体由最适合于它的药物来治疗，使不良反应限制在最低限度，机体容易接受。“颈痛灵”治疗颈椎病的疗效是肯定的，但有的病人饮后即呕。且该药对病人所表现出来的千变万化的证候也非完全合适。临床上，我们能经常看到这样的实例。
对于宏观辨证与微观辨证的结合，辨证与基础实验、现代诊察手段相结合，施氏也是倍加推崇，并在临床上广泛地采用。就以诊治颈椎病为例，在颈椎病诊察过程中，他通过观察咽喉部的红肿炎症情况，从其色、肿的状态程度，了解其属虚属实及炎症程度，来判断颈椎间盘中炎症介质、降解酶等释放的量，检测其颈椎病病变的程度、预后，制定相应的治疗方案。在治疗椎间盘病变的病人中，较高频度地使用了安宫牛黄丸、牛黄醒消丸、七厘散、麝香保心丸、珠黄散等，是因为他在科学实验中发现了该类药可通过缓解椎间盘炎症、水肿而达到利咽消肿、活血化瘀、调髓通督的目的。临床使用后，疗效确实优于其他治疗药物。在椎间盘突出症治疗中，在辨明其分型和辨证类别后，对于核磁共振摄片显示有单节椎间盘突出或脱出，造成脊髓受压者，往往加入石见穿、京三棱、蓬莪术等药味以活血通髓，减轻脊髓受压征象；对多节椎间盘膨隆造成周围组织炎性变者，引入麝香、牛黄、水牛角、琥珀粉等药物调髓通窍，缓解炎症；对椎间盘突出合并有黄韧带肥厚、后纵韧带钙化的病例，加入威灵仙、昆布、海藻、川芎等药以活血软坚，延缓韧带钙化。
施氏“临证三辨，衷中参西”的思想已成为其学术思想中一个很具时代特色的标志性部分。
