焦氏十分重视中医科研，对中医科研有着浓厚的兴趣。焦氏认为中医传统科研方法，在不同历史时期有着不同的内容。因为历史在不断地向前发展，科学技术在不断地进步，传统科研方法也应随着历史的发展而赋予新内容。既然是科研，就要向未知领域进行探索，以便不断地发现新事实，获得新知识，阐明新规律，创立新理论。但是中医是一门特殊的传统医学，中医的科研思路，必须坚持以“继承传统，博采众长，突出特色，创新发扬”为指导思想。
从中医药学的发展史来看，古代的研究方法，一方面是继承前人的理论和成果，另一方面又吸收当代的先进思想和先进的科技成就，而且还善于吸收外来文化和少数民族文化，用以丰富和发展自己。汉代张仲景著《伤寒杂病论》，是一部高成就、高水平的学术著作，对中医药学的发展起到了承前启后的作用，可说是张氏毕生科研的结晶。其成就之广、水平之高已为后世医家所公认，在此不予赘述。张仲景的科研思想和方法，可概括为“勤求古训”（纵向继承）、“博采众方”（横向吸收）、立足临床（实用出发）、力辟时弊（扬去糟粕），所以达到了创新发扬的目的。仲景的科研思想和方法，对于现在仍有可借鉴之处。设仲景于今日，亦必将坚持这样的思想方法，在保持传统和发扬创新上亦必谱写新篇章。
焦氏认为，当代的中医科研，可从以下几个方面考虑。
一、坚持中医药学理论为基点，加强基本理论的研究
祖国医药学是具有系统理论体系的传统医药学，它与经验医术不同。中医药学理论几千年一直指导着临床实践，无数实践证明中医药学理论对临床医疗指导的有效性，从而表明其科学性。所以，在进行中医药科研时，无论采用何种方式或运用现代科技手段，都不能脱离或背离中医药理论这个基本点，这就是突出中医药特色。譬如对某一种疾病进行临床研究，可以（也应该）采用现代医学的诊察方法，也可以参考其治疗思路，但在运用中药治疗时，绝不能背离辨证论治而中药西用，否则就不能叫中医科研，而是搞的废医存药研究，方向就不对了。
中医药学的基本理论很多，诸如阴阳、五行、脏象、经络、气、血、营、卫、津液……，药学中的四气、五味、升降浮沉、归经、十八反、十九畏、相须相使……等等，都有进一步深入研究的必要，特别是运用现代科技手段和西医诊察手段进行研究，探求其物质基础和作用机理，使其进一步科学化、现代化。因此，有必要广泛联系和组织多学科的科技人员（包括软科学的科学工作者），共同从多方面入手，逐项地开展多学科研究，然后进行综合分析，以便在中医药理论研究上取得重大突破，为新医学新药学的早日形成提供理论基础。
二、立足于临床，开展多学科研究
中医药科研的目的，最终在于提高临床疗效。所以，加强临床诊治的研究，又是中医药科研的重要环节。特别是对急性病、危重病、难治病的研究，寻找辨证论治的规律，对于提高中医的诊治水平具有积极作用。对此，焦氏提出可以从几个方面着手。
1．中药的研究：关于中药研究，除上述中药理论研究，以便进一步阐发中药药效机理，把中药的治疗作用从知其然变为知其所以然以外，同时要对中药的质量控制、真伪劣鉴别、剂型改革、采收炮制等，都要作为重点进行多学科的现代研究，从而提高中药的用药质量，并开发新药源，建立新理论，促进中药学的发展，为临床提供更好质量的药物。
2．复方的研究：中医治病是以复方为其治疗措施，而历代有许多名方流传至今，现为临床所习用。方剂的组织和药物的配伍虽有传统的原则可循，但现代的机理尚有待研究阐明。在这方面虽然有一些可喜的成果报导，但为数甚少。因此，对方剂的深入研究，无疑对提高临床疗效是有积极意义的。
3．四诊的研究：四诊是中医传统的诊断方法，无数实践证明是行之有效的。但是，传统四诊不易掌握，而且也存在有很大的主观性和随意性，其根本原因在于缺乏客观的量化指标。因此，也应组织多学科的力量，采用现代手段，对四诊进行深入研究，使四诊客观化。同时通过研究，创造出新仪器，补充新内容，逐渐从四诊向五诊、六诊而发展，从而提高中医的诊断水平，为辨证论治提供可靠的客观依据。
4．辨证论治研究：辨证论治是中医临床治疗学的精髓，是体现中医医疗特色的关键。辨证论治的全过程，包括理、法、方、药四个方面，都是取得临床疗效的重要环节。辨证论治水平的高低，决定了临床疗效的优劣。为了提高临床治疗效果，必须提高辨证论治的水平。因此，必须对辨证论治中的每一个环节进行深入研究，然后经过归纳总结，探索辨证论治的思维模式和规律。同时要对病、证、症进行各种实验研究，阐述三者之间关系和物质基础。关于这方面，应该以“证”的研究为主，探讨“证”的实质。
5．治则的研究：治则是中医的治疗大法，诸如同病异治，异病同治，微者逆之，甚者从之，劳者温之，留者攻之，燥者濡之，形不足者温之以气，精不足者补之以味，等等，都具有浓郁的中医特色，应结合具体病种，进行现代研究，以发现治疗学上的新事实，探索新内容，创立新理论。
6．疾病的研究：密切结合临床，开展中医病的研究。如对中风（出血性和缺血性脑血管病、脑栓塞、脑血管痉挛等）、胃病（萎缩性胃炎、溃疡病、胆结石、胆囊炎、胰腺炎等）、腰腹痛（泌尿系结石、肠疾患、妇女月经病、附件炎等）、痹证（急慢性风湿性关节炎、类风湿性关节炎、坐骨神经痛等）、胸痹心痛（冠心病、心肌炎、风心病、肺炎等）、厥证（休克、昏迷、卒倒、晕厥、DIC等）、痰证（癫痫、抽搐、良性囊肿、甲状腺瘤等）以及哮喘、癌肿等疾病的研究，探索其辨证论治的规律，以提高治疗效果。同时总结出新技术、新方法，阐明新规律，建立新理论。
7．针灸的研究：针灸疗法是中医治疗疾病的重要手段之一，是中医学的重要组成部分。深入对针灸的研究，也应该采用多学科共同进行，但必须按照中医理论体系去探讨其实质，如研究经络实质、俞穴特性、针麻原理、子午流注原理、灵龟八法原理……等等，以冀从理论上、技术上找到突破口。
三、中医药古籍和医史文献整理研究
中医药古籍汗牛充栋，又学术流派众多，对某一问题既有各抒己见，又有互相补充，有必要对各种古籍进行整理研究。在整理研究时方法应该多样，除了运用训诂进行点校、批注外，也须按问题立项，逐项进行整理归纳，正本清源，找出规律，从而发现新问题、新线索、新知识、新理论，为临床研究、实验研究和多学科研究提供新思路。
总之，焦氏指出，通过上述研究，促进中医药学逐渐实现现代化。故而在思想方法上，应继承与发扬并举，传统手段与现代手段并用，中医与西医结合，这样的研究既保持了中医特色，又丰富和充实了中医药学的内容。因此，不要认为“传统的科研方法”就是落后保守的方法，因而与现代科研方法对立起来，对此应该有正确的态度。
