董氏家学渊源，精研医籍，70年临床实践，理论臻于化境，再度升华。每日：“中医学乃实践科学，贵能愈疾，方药为治病工具，欲遣药以愈疾，全赖理论指导”。其主要学术论点概括为九诀，详述于下。
1．明理：景岳曰：“万事不外乎理，而医之于理为尤切。”董氏谓：医者首要明古人治病之理，必须精读参透中医经典，如《内经》、《伤寒》、《温病》等学说理论，掌握整体观念、脏象学说、阴阳传变、五行生克等，包括病理、脉理、方理、药理等整套医理。如热病有因外感内伤；外感热病又须辨伤寒与温邪，其感染途径不同，治则亦当应区别。伤寒须汗，温病则下不嫌早。另如腹泻或菌痢，多也发热，泄泻初起，每多伤食或感邪，伤食须消积导滞，泻止而热退；感邪则疏化邪热，其泻自和；菌痢初起，古有“痢无止法”之训，宜通逐为主，使菌毒排出体外，其痢渐清。都应明其病理，推理论病，因病施治，方药合辄效如桴鼓。
2．识病：识病乃是凭藉医家对医理、病机知识的理解与掌握。各种疾病都有其本质和发病机理，病情发展过程中亦有规律可循，临床面对纷繁复杂的证候，但需掌握疾病本质和发展规律，自能制定出正确的治疗方案，并测知预后。医者必须不断深化对疾病本质的认识，才能不断提高证治水平。
3．辨证：祖国医学最大特点是整体观念。藏象学说明示，人体各部之间保持密切而有机的联系，相互资生，相互制约。某部位发生病理变化，可以影响到其他器官，甚至全身；而全身的状况，又能影响局部病变。中医治病，运用四诊，望形察色，观舌看苔，切脉闻声，结合主诉，全面收集症状，按五脏所主，八纲分型，作出诊断和治则，此即祖国医学诊治疾病的辨证法。以幼儿不能自诉病苦，是谓“哑科”，又，3岁以内其脉气未充，四诊中更应突出望诊。进而言之，小儿稚阴稚阳，易虚易实。如面赤口渴、气粗烦扰、腹胀便结是属实证；而面白光不渴、虽实亦易转虚，传变迅捷，观察亟须周详，见微知著，方能判断正确，临诊不致偾事，此为儿科与内科辨证最大区别之要点。阴阳、表里、寒热、虚实八纲为病证大纲，董氏补充勿忘气血二纲，虽在阴阳中包含气血，然不如明白列出而醒目，初病在气，久病入血，疑难之病常由血分论治，活血养血，祛瘀生新而获效。
4．求因：任何疾病都有发病原因，病因不明，治多不当，故曰：“治病必求于本”。董氏熟谙《内经》，临证遵循：“从内之外者调其内；从外之内者治其外；从内之外而盛于外者，先调其内而后治其外；从外之内而盛于内者，先治其外而后调其内；中外不相及则治主病。”此条经文说明，任何疾病在治疗上均有规律可循，无论病情变化如何复杂，关键是探求病因属内属外，掌握标本先后以定治则步骤。如治一小儿高热4天，黄疸昏迷，尿三胆阳性，血胆红素、SGPT均明显升高，西医诊断为传染性肝炎、肝昏迷。董氏视其高热神昏，狂躁肢搐，肤目黄染，目睛了了，舌红绛，苔黄腻，脉象数实，小溲短赤，便秘5天，显系阳明经腑实热，亟予大剂白虎合大承气汤直折泻火，加紫雪丹辟瘟解毒，2剂后下宿粪大半盂，热势即退，神志顿清，目睛明了，续进清利而愈。此乃湿热邪毒炽盛于内为病本，黄疸高热狂躁是标，证按“从内之外者调其内”，以大剂泻实清里，釜底抽薪，遏其鸱张之势，急黄得退。有曰“从外之内盛于内者，先治其外而后治其内”，临床常见新生婴儿，即病腹泻，一日数次，虽连泻四五月却无脱水征象，中西药物罔效，后考虑泻在儿身，根在母乳（属脚气型泄泻），嘱令停哺母乳，其泻即止，倘再吸乳则又泻。可知病从外因起，影响内脏，外因致泻是病本，祛除外因，则泄泻自和，再予温扶中土，培补元气，调其内。其他数条自可隅反，不再赘述。
5．立法：“法”是古人已验之成规也。中医诊病通过四诊，从外到内，见证推理，以常衡变，作出诊断，从而确定基本疗法，即是“立法”。董氏曰，古有七方十剂，程（钟龄）氏立汗、吐、下、和、温、清、补、消八法。前人立法，为使我们后人触类旁通，斟酌而运用之，然“大匠诲人以规矩，不能使人巧”。临床勘证，全凭胆识，望形察色辨舌诊脉在于识；选药制方定量减味在于胆，必先有定识于平时，乃能有定见于俄顷。
6．选方：古方浩如烟海，前人制方，均为使后学能知法度。董氏教导：一方者，乃一定之法；法者，不定之方也。必须在自己临床实践中运用前人经验方药，观察疗效加以识别，予以检验，方能积累自身经验，精选方药，所谓“千方易得，一效难求”。选方并不是执一方治一病，世上没有一把钥匙可打开所有的锁。治病也是同理，并无“神仙一把抓”的灵丹妙方和特效药，必须明理、识病、辨证、求因，才能正确立法选方；尚需因人、因时、因地，灵活运用，方能曲尽中医之妙。如黄芩汤治太少合病，热邪下行肠间之自利，对秋天伏热成痢，辄能获效；败毒散乃治时行外风挟湿之痢疾，即喻氏所谓“逆流挽舟”法也。同为痢疾，病因病机不同，治法选方亦异也。
7．配伍：古方大多仅数味药组成，药分君臣佐使，均有法度准绳可循，通过配伍发挥药物综合作用，有加强（协同）和／或抑制（拮抗）作用，亦有监制个别药物之弊性。《伤寒论》诸方，配伍严谨，方简效宏，如“四逆汤”之附子合干姜，伍以甘草，增加其温里以救逆；“大承气汤”之大黄配芒硝，伍以枳朴，推荡实积。董氏师法于治疗小儿虫积，选用乌梅配川椒以伏虫，再加川连为末和饴糖为丸，缓攻杀虫，而以乌梅、川椒、川连合槟榔、使君子等煎汤，冲入大黄汁，则急攻杀虫，均是通过长期实践，自乌梅丸衍变，改组成显效简方，分缓急用之。教曰：组方不能芜杂，配伍不当，反令掣肘。
8．适量：药宜适量，若病重药轻，则药不及病，延误病机；病轻药重，则药过病所，诛伐无过，反能益疾。又同一药因其用量多少，而呈不同作用，如附子有强心镇痛作用，在“桂枝附子汤”中附子用量是3枚，乃发挥其镇痛作用，以治风湿烦疼。幼儿弱质，脏气清灵，随拨随转，峻烈之剂，未敢轻投，药石治病，用量宜轻，中病即止，毋犯胃气为诫。如婴儿巨结肠症，大便不能自通，初生嫩芽，若用苦寒攻下，大便虽通，则胃气先戕，况通而又秘。因思用元明粉6克，白蜜一匙，开水冲服，即能润下，药简量轻，效不伤正。
9．知变：疾之发生发展，有常有变。小儿阴阳两稚，病则易虚易实，易寒易热，传变多端，病变则法也当随之变。尝云：用古法以治今病，不能泥古不化，所谓“检谱对奕奕必败，拘方治病病必殆”。陆九芝云：“书本不载接方，以接方之无定也。然医则全在接方上见本领。”医者应严密观察，灵活应变，选方用药才能丝丝入扣，巧思妙用而中的。
以上九诀，为董氏数十年临床精撷之经验谆谆告诫后辈。昔钱仲阳氏曰“医之为艺诚难矣，而治小儿为尤难。”今作小儿医者，是必先精读苦研前辈珍留下卷帙浩繁的经典医籍，揣摩其中科学性所在，临证又须详慎细察，掌握九诀，明理识病，辨证求因，见微知著，方不致误人儿矣。设若“书不熟则理不明，理不明则识不清，临症游移，漫无定见，药证不合，难以奏效”。
