董氏于调治儿科病症每于脾胃生化升降着手，常谓小儿体禀稚阴稚阳而又生机蓬勃，营阴精微常呈不足，其生长发育全仗脾胃营养供给。强调小儿先天强者不可恃，若脾胃失调，仍易多病；先天弱者毋庸过忧，适当调摄脾胃，使后天化源充分，亦能转弱为强。就病机言，小儿患病多自外感或伤食，每见损及脾胃，诊治时必先察脾胃之厚薄，处方遣药亦须刻刻顾护胃气，一见不足，及时救护，强调“百病以胃气为本”，推崇仲圣、钱乙之方，认为白虎汤之配粳米、小柴胡汤之配姜枣、补肺阿胶散之伍糯米、泻白散之佐粳米，均含有护胃和中之意。他在“小儿用药六字诀”一文中，“轻”字居于首位，告诫医者用药勿使过剂，毋犯胃气，贵在清灵，贵在平和。
然调补脾胃方面，又忌呆补、蛮补，应掌握通补润燥之配合，在益气滋阴时每佐以通利助运之品。常用参苓白术散，认为补养脾阴的山药、苡仁、扁豆等均属谷物类，气味甘淡，深合脾胃本性；而在养胃法中，每以石斛、花粉、扁豆、谷芽与陈皮、枳壳、佛手、香橼等润燥相伍、相得益彰。
董氏深谙东垣之《脾胃论》“脾胃既虚，不能升浮……清气不升，浊阴不降”，十分重视脾胃升降枢机作用。治小儿泄泻除辨寒热虚实外，亦应注意清浊相干，升降失调，喜用葛根、扁豆衣、扁豆花、荷叶等药参入方中，取其轻灵升清、宣发清阳、便泄自和；更有顽固便秘之因脾胃气机升降失调者，用通润之剂中反佐一味升麻，旋转气机，升发清气，浊阴自降而达结开便通。
对痰咳久延，包括迁移性肺炎、肺脓疡等重症，肺脾两虚，痰浊内生，久久不愈，则采用培土生金以杜痰，即杜痰之源，擅用星附六君汤之培土生金法，健脾荣肺，复其清肃之令而咳痰均和。宿哮缠绵之因肺脾阳虚，寒饮内伏，辄选苓桂术甘汤通阳健脾，为崇土利饮法，尚可合二陈、三子，成为一首治咳喘防复发的根治之剂，均是董氏对脾胃学说的融汇而延伸发展。
曾治一11月龄患先天性溶血性贫血、黄疸之危重儿，经常高热达40℃（肛表），咳嗽频作，面黄如蜡。本病系溶血危象，红细胞异常，每易破坏呈高热身疼，随时有衰死竭亡之虑。董氏审患儿病本乃先天不足，元气大虚，脾之统血失职，病因阴血大耗，为里虚感邪之重症。治疗本病当从脾胃考虑，脾胃乃气血生化之源，然“有形之血难以速生，无形之气所当急固”，亟须补气健脾复其统摄之权，选用东垣麻黄人参芍药汤加味治疗，退热止咳，常能转安。考本方出自东垣《脾胃论》，主治“脾胃虚弱，气促憔悴”而又表有大寒，里邪耗血，成为后世治疗虚人外感之名方，旨在健脾胃益中气以顾病本。应用全方，充分考虑到患儿元气大虚，阴血亏耗的本质，以及卫弱易感外寒之标象，参芪甘草补气益脾，托邪外出，配麻桂以解表邪，归芍养血和营，麦冬五味清热养肺，元气振，阴血生，外邪解而气血滋生，从而救治了危重症。
