在临床上非常多见，凡大便秘结不通，排便时间延长，或欲大便而艰涩不畅者均属便秘的范畴。董氏在传统治法的基础上更多有发挥，丰富了治疗方法，开拓了治疗思路。
一、脏腑相关，整体论治
董氏认为便秘虽属肠道病变，症状较单纯，但成因却很复杂，肠胃燥热、津液耗伤、情志失调、气机郁滞、劳倦内伤、年老体弱、气血不足等均可导致大肠功能失常，涉及到脾、肺、肝、肾等多个脏腑。《素问·灵兰秘典论》：“大肠者传导之官，变化出焉。”在生理状态下，饮食入胃，经过脾胃的运化，吸收精华之后，剩下的糟粕经过传导变化而为大便。大肠为六腑之一，泻而不藏，以通为顺，要保持其正常的传化，必须依赖津液的濡润和阳气的推动。胃腑津液充足，脾脏输液正常，可使津液下润肠道；肾主五液，司二便，肾阴不虚，则精血充足，津液不竭，大肠自能得其润养；肾阳不虚，则阳气运行，大肠气机通利而传导正常；肺与大肠相表里，肺气下降，则大肠腑气亦通，如果脏腑功能紊乱，肠道气机失调，津液不足，则发生传导失常而致便秘。肠道气机失调与津液不足之间常是相互影响的，气机不调，可使津液不能四布而肠道失养，津液不足，也可因津枯气滞使气机不通，故而董氏认为辨治便秘时，应根据便秘之成因，审因论治，涉及多个脏腑者，整体论治，或益胃生津，或滋补肾阴，或温养肾阳，或宣肺降气，或健脾助运，或疏肝理气，或补气养血等等。
二、肠腑自病，通降传导失司，法当通下
肠为六腑之一，六腑者泻而不藏，腑气以通为顺。便秘的主要病机是腑气不通，通降传导失司，故而通下法是治疗便秘的主要治法。应用通下之法，可以荡涤胃肠宿积，通腑逐瘀，调和脾胃，然通下法毕竟为攻邪之法，董氏强调要依据患者的年龄、体质及病情轻重程度，合理选择用药，不可滥用。宜针对邪实及缓急，或轻下，或和解攻下，或攻补兼施，酌情用药，中病即止，不必尽剂，以防伤伐正气。通下之法可分为峻下、缓下、清下、温下、润导等几种，应在明辨虚实寒热之后分别选用。若属实热者可采用峻下、清下的方法，常选用大黄、芒硝、芦荟、番泻叶等；而属虚寒者则宜采用缓下、温下的方法，常选火麻仁、郁李仁、蜂蜜、全瓜蒌、当归等药，又应依虚实的部位、性质、轻重程度分层次选择不同的药物。
三、津亏肠燥，法当润下而勿妄攻
热邪伤津，或素体火盛，肠胃干燥，脾又受约，不能为胃行其津液，津液不得四布，肠失濡润，故见大便干结，此时治法应以润肠通便为主，兼以泄热行气。若阴伤甚者，可加重养阴生津之力，此乃增水行舟之义，断不可妄用攻下，使津液更伤而肠越燥，大便更加难解。阴津内亏常常佐用沙参、生地、麦冬、芦根、石斛、天花粉等；肠燥便秘者，常用火麻仁、郁李仁等药。虽有时亦用大黄、芒硝、厚朴等攻下之品，但只是配用、暂用，而不是用作主药及长期地使用，以防徒伤阴津。
四、气滞不行，理气导滞通腑
患者素体肝旺，气失宣泄，滞而不行，肠中气机因之失畅，致使糟粕内停，便结不通，伴见腹胀满而痛；气不下行反而上逆，又见嗳气频作，胸胁痞满。滞则导之，运用理气疏肝之品，顺气行滞，通腑泄浊，常用柴胡、广郁金、青陈皮、木香、槟榔、枳壳（实）、莱菔子等。若兼见气滞化火者，可加用山栀、黄芩、龙胆草等药。
五、气血亏虚，传送无力，益气养血
劳倦过度，久病、产后体虚之人，气虚致大肠传送无力，血亏无以下润大肠，使大便燥结或软，虽有便意而临厕之时，努挣乏力，难以排出。气虚者，有肺气虚与脾气虚之分，肺气虚者，可兼见因肺虚卫外失固，腠理疏松而致的汗出短气，声音低怯，时有寒热，甚或易于感冒之症；而脾气虚弱之便秘可兼见食减纳呆，便后乏力，身倦懒言，面白神疲，舌淡嫩，苔白，脉弱无力等症，此时宜补脾益肺，助运通腑。董氏常用黄芪、太子参、白术、扁豆、山药等，但仍需配合火麻仁、郁李仁等药以辅助之。其中若属肺气郁闭，大肠腑气亦因之不通，则当宣肺开闭，用杏仁、桔梗等药。血虚者，多见于产后，大手术之后失血过多，或久病损耗，化源不足，血虚不荣、不润之肠燥便秘，大部分与气虚并见，可有面色㿠白不华，爪甲色淡，心悸怔忡等症，此时应养血润燥，常选用当归、肉苁蓉、何首乌、枸杞子等药性平和药物，通下之时，不会伤正。
六、肾司二便，培元补肾
肾主五液，职司二便，若肾阴不虚，则精血充足，津液不竭，大肠自然得其润养。房劳过度，久病及肾，阴精内耗，元阴告竭，肠失濡润，大便亦艰涩难行，可伴见腰酸膝软，耳鸣咽干，发落齿摇，梦遗滑脱，甚或出现低热颧红、盗汗等阴虚内热见症。董氏主张宜补精填髓，培元润导，常选用桑椹、桑寄生、女贞子、旱莲草、生熟地、阿胶、黑芝麻、何首乌、山萸肉等药。而肾阳充实，阳气运行，则大肠气机通利而传送正常。若肾之阳气虚衰，寒自内生，温煦无权，肠道亦传送无力，大便也会排出困难、艰涩，并伴见四肢不温、腰膝酸冷、小便清长、腹中冷痛、畏寒喜温等症。董氏主张温补元阳，通导大肠，常选用肉桂、肉苁蓉、杜仲、牛膝、当归、山萸肉、泽泻、枳壳等药。总之，下元阴阳的虚衰，是便秘发展到后期的严重阶段，所以应急以调补元阴、元阳，使阴阳合和，肠道传导复常，便秘则可自愈。
