在古代文献中泻与痢的研究或分或合，分则言其区别，合则重其联系。痢疾早期可表现为泄泻，失治、误治后则又可转化为痢疾，故泻与痢本为同类。但泻浅而痢深，泻轻而痢重，为便于总结，将泻痢并论。
一、标本虚实论
《素问·标本病传论》：“知标本者，万举万应，不知标本，是谓妄行。”董氏认为泻分久暴，痢分急缓，并有：“无湿不成泄”、“无积不成痢”之说，但“邪之所凑，其气必虚”，脾胃虚弱乃共同发病之根本。泻痢诸证实无纯实，虚非纯虚，虚实夹杂，标本并见是本病的特点之一，故强调治病之初，先分标本，首辨虚实，此为辨证第一要义。《时病论》有言：“如初起者为实，日久者为虚，脉实有力者为实，脉虚无力者为虚。”本虚者常为脾气虚弱。致病之由，或为思虑劳倦，或为抑郁恼怒，肝木克犯，或为久病失养，或为肾阳虚衰，湿从内生，或从寒化，或从热化，下注肠间而成泻痢诸证。标实者，无外乎湿热、寒湿、食积、气滞、血瘀、痰凝之证，这些致病因素或病理产物，都可影响脾胃之升清降浊及大肠之传导，而内外合邪，诸疾作祟。董氏强调根据邪正盛衰，以确定标本治疗的先后次序。本虚标实之证，标本互为因果，宜权衡标本之缓急轻重，或先祛邪后补虚，或先扶正而后祛邪，或补泻兼施。一般应本着急则治其标，缓则治其本的原则。邪实而正虚不显者，先标后本，即先针对食、滞、湿、瘀等病邪，实热则清解，寒湿宜温化，血瘀应通络，食积用消导等法使邪祛而正安。然祛邪之品应用要掌握适度，中病即止，不可一味攻伐，以免徒伤正气，使虚者愈虚，病不能愈。若邪盛正衰，则标本同治，邪正兼顾，视病情可将补脾燥湿、温中清肠、化瘀导滞、抑肝调气诸法熔于一炉，细心调整，以平为期。邪尽正虚，本症显现之时，才可进补益之剂，但不可过早使用，以免关门留寇。慢性泻痢，病程较长，缠绵难愈，久病多虚，且以脾虚为本，日久及肾，肾阳亦衰，成脾肾两虚之候，气虚宜补，阳虚宜温，但不可骤补，只宜徐徐缓图，冀正气恢复，病可渐愈。然久病未必尽虚，亦常夹瘀，还可因感寒、伤热、停食、劳倦等诱因复发或加重，而致虚中夹实证，补虚之时，勿忘祛邪，常应佐以清热、化湿、消导、祛瘀之品兼顾其邪。
二、气血两调论
董氏在诊治泻痢过程中善用气血辨证，注重调理气血。《四圣心源》说：“气源于胃，血源于脾。”又加之经络及脾胃功能直接影响气血盛衰与调畅。叶天士有言：“初病在气，久必入血，以经脉主气，络脉主血也。”气分之病，病位较浅，未及络脉，可用调气法。调气法宗景岳之说，气热者凉之则调，气寒者温之则调，气虚者补之则调，气陷者举之则调，必使气和，乃为调气之法。
病入血分，病位较深，乃络脉之变，宜施和血活络之法，非气分药所能奏效。气病多为气虚与气滞，气虚常为脾气虚弱，宜治以健脾益气，助运化湿，升清降浊，泻痢遂止。气滞多为各种病邪如食积、湿阻、火郁、痰凝等阻滞肠间气机，气滞不行，则有腹痛、里急后重，宜针对不同病因分别施以消食导滞，化湿理气，清热解郁，活血化瘀等法。虽有白痢属气，赤痢属血之说，但不论痢色之赤白，脉之大小，皆通利之，是以无积不成痢也。“物积欲出，气滞而不予之出，故下坠里急”，“行气则后重自除”。病久不愈，气滞影响血行，气血凝滞，血败肉腐，内溃成疡，脂络受伤，化为脓血，可出现下痢赤白，兼见腹部刺痛，固定不移等症。白多用气药，赤多用血药，刘河间有“行血则便脓自愈”之说。若瘀血不去，使气机更加不畅，气滞血瘀互为因果，交相为病，且瘀血内留，脾胃运化受碍，气虚更甚，瘀血愈聚。若气虚及阳，虚寒内生，则瘀滞更重。董氏在治疗泻痢时非常注重调理气血药物的运用，然在治疗瘀血证时，并非单纯只用活血化瘀药，尚有健脾益气活血法（气帅血行）、温阳散寒化瘀法（血得温则行）、疏肝理气活血法（气行则血行）等诸种，无论采用直接或间接的方法，总以使其瘀血消散为目的。
三、温清并用论
“寒者温之，热者清之”是为常法，然在本类疾病的应用上，颇有机巧。他认为泻痢诸证常表现为本虚标实、寒热错杂之象，且多为上热下寒。下寒之证多有腹部畏寒喜温，遇凉或饮冷加重，得温烫则舒，甚则有肢冷便溏，腰膝酸痛，肠鸣腹胀等表现；上中焦又多热邪偏盛，出现口干而苦，渴欲饮冷，嘈杂泛酸，躁扰失眠，舌红苔黄等症。泻痢初期，虽多清利机会，但只可暂施而不可久用，这是因为多是先有积热，后又感凉而得。若专事温阳，则火热循经上扰，出现牙龈肿痛，目赤耳鸣，口唇糜烂，溃疡等症。而若专力清化，冒用苦寒，则又会使大便溏泄不禁，肢冷神怯。所以温清并用之法应用最多，并根据寒热之轻重，恰当地选择温清两类药物，平调阴阳，勿使太过与不及，病可渐渐向愈。若热邪偏于上焦者，董氏常用山栀、黄芩、银花、连翘等；偏于中焦者，则常用马尾连（或黄连）、生石膏、知母等。然清为驱邪之法，对阴虚而火旺者，不宜清泄，而只应滋阴降火。在温补脾肾同时，还常配小茴香、乌药、荔枝核等散寒行气，一药多功。
四、燥润相济论
董氏认为泻痢之由均与湿邪有关，所以燥湿、化湿、利湿为常用之法，其中尤以燥湿法应用最多，包括苦寒燥湿之黄连、黄芩、黄柏、苦参、秦皮，苦温燥湿之苍术、草果、厚朴等。然淡渗利湿之车前子（草）、通草、木通及芳香化湿之藿香、佩兰等药，久用均有伤阴之虞。但治湿之剂，燥法又不可少，故只能掌握好用量，并注意配伍。久泻久痢必伤其阴，或阴津素亏，则当养阴生津，药用沙参、麦冬、芦根、石斛、天花粉等，然甘凉濡润之品，性多寒而腻，过用则寒中碍运，水湿复聚，泻痢不止，故应两法相合，一燥一润，法度合宜，燥润相济。
五、通涩结合论
董氏认为气机贵乎调畅顺达，滞则成病。泻痢早期初得之时，元气未虚，而夹滞者，必推荡之，此即与喻昌之“新感而实者，可以通因通用”之说暗合。通下法多用于里急后重为主的痢而少用于泄（除非为食积中阻的伤食泻）。
通过泻滞通腑，使脓血积滞随便祛除，恢复肠胃之正常通降功能。对年高体弱，或素体虚羸者，须慎用或少用，中病即止，以防元气虚陷。久泻久痢后期，纯虚无邪或少邪，中气不固，滑脱不收者，急当固涩收敛，防水谷精微不断地脱失，此即“久病而虚者，可以塞因塞用。”然而大部分病例，为实中夹虚，虚中夹滞，虚实混杂，故而通涩结合，但使用时机、用量比例都有法度。
叶桂曾高度概括为“泻痢大法不过通塞二义”，足见通涩的重要意义。通法尚有广义的概念，消食、导滞、化湿、祛瘀等皆为通法，不可拘于单纯泻下大便。他又按固涩药的药性功用进行分类归纳，如温中止涩的肉豆蔻、炮姜炭；清肠止涩的秦皮、地榆；酸收固涩的诃子肉、乌梅；酸温固涩之五味子、石榴皮；酸寒固涩之五倍子、金樱子；健脾止涩的莲子肉、芡实；涩肠固脱的罂粟壳、椿根皮等几大类，可根据不同病情需要分别选用。
