在长期的教学、临床、科研工作中，陈氏对《伤寒论》的研究造诣较深。其学术思想一面秉承邓绍先先生治伤寒首在明理和重在六经气化之说；一面坚持论六经气化不能离形言气，讲伤寒务要理用结合，认为任何理论都必须落实到临床应用上才有意义。为了明伤寒之理，他精究经旨，穷源溯流，疏发论中本义，揭示六经实质；在经方的应用中，倡导经方有正用、借用、变用，尤其强调要师古不泥，灵活应用。
一、穷源溯流，疏发本义
陈氏认为，要研究《伤寒论》，首先必须明确它的研究对象——伤寒的本义。他认为《伤寒论》源于《内经》，却高于《内经》。仲景在继承中扬长弃短，引申其义，重在发展。正如《医宗金鉴》云：“《伤寒论》后汉张机所著，发明《内经》奥旨者也，并不引古医经一语，皆出心裁，理无不赅，法无不备。”伤寒一词，古今含义各别。考《内经》中，对伤寒一词大致有两方面涵义：一是指感受寒邪引起发热的疾病。如《素问·热论》云：“人之伤于寒也，则为病热。”“今夫热病者，皆伤寒之类也。”后世称此为“即病之伤寒”。一是指冬时感寒，不即时发病，由于寒邪影响闭藏之令，郁遏阳气，日久蕴酿成热，暗耗阴液，使机体先已失调，及至春令阳气升发之时，伏热随之由里达表，或为新感引发，则为温病；或至夏日，随阳气向外发泄，更易病暑。此即“冬伤于寒，春必病温”（《素问·阴阳应象大论》），“凡病伤寒而成温者，先夏至日者为病温，后夏至日者为病暑”（《素问·热论》）之义。后世称此为“不即病之伤寒”。《内经》中虽然也有感受风、暑、燥、湿和疫疠之邪为病，但它们并不属于上述两种伤寒的范围。仲景沿用其伤寒概念，加以引申和扩展，使伤寒为多种外感疾病的总称。因此，《伤寒论》在太阳病篇中有中风、伤寒、温病、风湿；在《金匮要略》（与《伤寒论》原为一书）中有痉、湿、暍等辨治内容，可见“伤寒”之义包括的范围既广，变化也大，即后世所称的“广义伤寒”。唐·孙思邈在《千金要方》中引《小品》之说，谓“伤寒雅士之词，云天行温疫，是田舍间号耳”。王焘《外台秘要》除仍主伤寒为“天行”之说外，还提出“凡外邪之伤人，尽呼为伤寒”等等诸说，皆认为《伤寒论》是引申扩展的广义伤寒。陈氏因此得出结论，认为《伤寒论》是根据《难经》“伤寒有五”之说立论的。
此外，仲景以伤寒名书，也表明他研究外感疾病是以风寒之邪立论，一方面引伸出风寒之邪伤阳，法重辛温之理，克服《内经·热论》中，“但有表里之实热，并无表里之虚寒……，但有可汗可泄之法，并无可温可补之例”（《伤寒论翼》），纠正其偏；另一方面，详于寒略于温者，除与当时特定的历史环境有密切关系外，还有举一反三，由博返约，执简驭繁之义。例如：论中只有第6条阐述了温病初起的不同特点和误治变证，其后论中似乎未明言阐释温病之理法方药，但认真研究《伤寒论》后，才知晓仲景举风寒为纲，确属匠心独运。因为风寒之邪为患有其特殊性和代表性，它既可以从寒伤阳，或停水停湿，又可化热入里，或化燥化火，因而暑、热、燥、火之邪为患在其病理变化过程中与之有共通之处。例如：暑邪易伤津耗气，这一病理与之风寒化热入里，热炽气分津伤之候基本相同。事实上《伤寒论》在详细阐述风寒致病的整个过程中，已寓六淫致病的病理于其中，虽然六淫致病来历不同，在病理上却表现出殊途同归。因此，尽管论中仲景没有明言温病的治法，但实际上已将之寓于六经辨证论治之中。质言之。风寒化热入里的各种辨治方法，亦可用于温病，两者是相通的。如论中的栀子豉汤、麻杏石甘汤、葛根芩连汤、黄芩汤、白虎汤、竹叶石膏汤、三承气汤、黄连阿胶汤……等，都是治疗温病的常用方。
同理，伤寒与杂病的关系亦与之相似。伤寒的传变是以六经为规律，杂病的传变是以五行乘侮为规律。伤寒之变证（指不循一般规律的传变，难以用六经称其名者），其变传入具体脏腑之后，则与杂病相通，其表现的病理机制以及治疗方法，均是相通的，亦表现为殊途同归，故有“伤寒钳百病”之说，明乎于此，则不难理解伤寒方可以治疗杂病的原由。
因此，陈氏甚赞“明一气之病，则能明六气之病；明六气之病，则能明六气杂合之病”之说。
明确研究对象，弄清《伤寒论》的本义，才能揭示《伤寒论》的真谛。
二、探赜索隐，揭示六经
陈氏对《伤寒论》三阴三阳进行了细致的探讨，他认为六经是辨证纲领，对之必须深入研究，借以弄清六经源流及实质，才能窥见原书旨意，在应用中才能把握六经辨治规律，得心应手。
“六经”一词，肇始于《内经》，如《素问·阴阳应象大论》云：“六经为川，肠胃为海。”《灵枢·刺节真邪》云：“六经调者，谓之不病，虽病谓之自已也。”皆指经脉，人体十二经脉，合手足言之，则为三阴三阳。仲景《伤寒论》中并无“六经”字样，最先使用“六经”二字统括伤寒和热病的是晋人皇甫谧，以后宋·朱肱、金·成无己等在他们研究《伤寒论》的著作中相继使用了“六经”一词，是指太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴而言。
仲景三阴三阳理论本源于《内经》。考《内经》中运用三阴三阳之理，大约有如下四方面：一为热病之三阴三阳，见于《素问·热论》；一为经络之三阴三阳，多见于《灵枢·经脉》；一为气化之三阴三阳，见于《内经》“七篇大论”；一为论述三阴三阳离合、开合枢关系，见于《素问·阴阳离合论》、《素问·阴阳别论》。仲景《伤寒论》六经的理论，实际上是吸收综合了《内经》有关三阴三阳理论体系的精华，并以临床实用为目的，进行了改造、发展、提高而自成一体。
仲景六经理论，吸收了《灵枢·经脉》分经论治理论的合理部分，发展了《内经》标、本、中气学说和开、合、枢等阴阳离合理论，吸收了《素问·热论》有关外感热病的阶段性及由表入里的传变规律等理论，摒弃了传变周而复始、固定不移的说法，由原来简单的热、实证和汗、泄二法，发展为寓八纲八法和具体的方药针灸治疗赅备的全面系统的六经体系，发展充实了六经理论。
因此，《伤寒论》的六经是继承《内经》三阴三阳理论，以经络、脏腑及其气化为基础建立的。
《伤寒论》的六经，其实质正是概括了人体脏腑、经络以及阴阳气血等多层次、多方面内容在内的特殊综合概念。它既概括了脏腑、经络、气血等的正常生理机能活动，又反映了它们的病理变化；并根据人体抗病力的强弱、病因病性、病势进退缓急等因素，将外感疾病发生与演变过程中所表现的各种证候进行分析、综合、归纳，从而确定病变的部位、证候特点、损及何脏何腑、寒热趋向、邪正消长以及立法处方等问题。因此，六经辨证既包括疾病病位所在的经络脏腑，又概括了阴阳表里寒热虚实等不同的疾病性质，以及由病位、病性决定的治疗大纲大法，使六经理论自成体系，而成为具有普遍指导意义的辨证纲领和论治准则。因此，无论外感还是杂病，都可按照六经证治方法，察其症状、体征，审定病位、病性，确定治法方药。仲景之后的各种辨证论治方法都是在六经证治的基础上发展起来的。
