陈氏在临床辨证过程中，善于运用阴阳五行学说指导临床实践，认为阴阳是一对矛盾对立而又统一的关系，二者相互资生、相互因果、相互依存、相互为根。他运用阴阳五行学说指导临床，特别注重以下几个方面：在诊断与判断疾病方面：人身即阴阳气血水火，也可以阴阳二字概之，如果阴阳任何一方偏胜，必然会影响到对方而出现病理现象。即《内经》中“阴胜则阳病，阳胜则阴病”，“阳胜则热，阴胜则寒”。所以人体全赖阴阳以生，保持相对平衡，是维持人体健康的必要条件。如果出现偏胜，非热即寒，非寒即热，若阴竭阳脱，就会导致“阴阳离绝”，是死亡的根本原因所在。
在辨证方面：认为阴阳二字可用来代表疾病的性质，即从临床所表现的证候群中，可以辨别出阴阳的属性和寒热虚实。尝云：阳证者，临床表现为高热，面赤，烦躁，渴喜凉饮，大便秘结，溲如浓茶，舌苔黄燥，脉洪数等，属实证热证。阴证者，临床常见畏寒，肢冷，甚者手足厥逆，面色白，身出冷汗，渴喜热饮，利下清谷，小便清长，舌质淡，舌苔薄白，脉沉细，属虚证寒证。
所以临床辨证，审别阴阳是重要一环。
在分析病因病机方面：人之一身，赖阴阳气血维持平衡，若阳气充盈，则神有所归，阴气充裕，则精血有所藏。血属阴，气属阳，血亏则阴虚于内，而为虚损之证；气盛则阳亢于上，而为实热之疾。久病阴亏液竭，阴不护阳，阳不内守，虚阳外越，致使阴阳偏离，气血交脱，实属危候。
此即用阴阳学说来探求病因，分析病机，判断疾病转归的重要理论。
在论治方面：亦强调审别阴阳，以辨明疾病的性质，病变的部位，体质的强弱，邪正的盛衰来观察、分析、归纳，以指导施治，达到补偏救弊治愈疾病的目的。阳热实证，治以阴寒药为主；阴寒虚证，以补虚散寒为先。阴不足者，阳无所制，则阳必亢，须补其阴，此当壮水之主以制阳光；阳不足者，阴无所制，则阴必盛，此当益火之源以消阴翳。此即和阴阳之偏盛，调气血之盛衰的论治方法。
在用药方面：药有寒热温凉之性，病有阴阳气血偏盛之别，阴病宜用阳药，阳病宜用阴药。
所谓药用之阴阳，即酸苦涌泄为阴，有泄热通下之功，辛甘发散为阳，有发散温补之能。对虚证的治疗，亦遵《内经》“形不足者，温之以气；精不足者，补之以味”之旨，若有阳脱者，宜阳药中佐以阴药，以阴引阳；阴脱者，宜阴药中佐以阳药，以阳引阴，此即“从阴引阳，从阳引阴”之法，使阴阳各有所归，以达到疾病获愈的目的。
关于五行学说：和阴阳学说一样，是一种认识和分析疾病的思想方法。陈氏在临证时，运用五行学说与脏腑之间生克乘侮的理论来辨证探源，审因论治。如肝属木，若肝病而失疏泄，气滞于内，郁而生热生火，木火炽盛，乘胃则胃脘痛而呃逆，乘脾则运化无权是为泄泻，治当扶土抑木，使肝木得疏，脾土得旺则诸证皆平。又如，心属火，临床多指心火或命门之火。命门火即为肾阳，若肾阳虚，则命门火衰，畏寒、四肢厥冷、鸡鸣泄泻、完谷不化。此乃火不生土之证，治当温肾以健脾。因此五行学说在临床上的应用，是用以解释人体内脏的相互联系及生理、病理变化，分析在病理情况下所反映出来的临床特征，作为判断疾病和确定治疗方法的依据之一，同时也是指导临床实践的基础理论。
