蔡氏晚年，声誉遍及泉州各县、市及海外、港、台、菲律宾，来诊者大都是疑难杂证。因此他在注重脾胃学说的基础上，着重肾和命门的研究。他认识到肾与命门的关系，进一步探清命门原气在生命活动中的作用。他大量搜集历代有关肾和命门的文献及有关现代学者的著作，探讨了命门学说，曾于1981年概要地写出一篇《命门学说的探讨》，后来经过理论上不断探讨及临床上不断实践，使他的思路更为完整了。他拟编写一本《命门学说的理论与临床运用》以阐明命门学说的涵义、理论体系及临床运用。现将蔡氏对命门学说的学术思想概述如下：
一、对命门位置的看法
命门的位置在什么地方？历代医家争论甚多。蔡氏认为张志聪《侣山堂类辨》根据《内经》以论督脉，指出：“督脉之从上而下者，起于太阳之命门，上额交巅，络脑出项，循脊抵腰，下膂入肾，是起于阳者，出于上之命门，而入于下之命门也。太阳与督脉乃阴中之生阳，本于先天之水火，为性命始生之门，故上下出入之处，皆名命门。”提出了上命门与下命门之说。上命门即《灵枢·根结篇》所说：“太阳根于至阴结于命门，命门者，目也”的位置。张志聪解释说：“太阳为水火生命之源，目窍乃经气所出之门也。”其实以经络循行部位来看，督脉之别络与太阳起於目内眦，上额交巅，上入络脑。“挟脊抵腰中，入循膂络肾”。说明目不仅是经行出入之门户，而且是命门与督脉及脑的生理功能上的联系，因此，称为“上命门”。
至于“下命门”呢？《素问·刺禁论》有“七节之旁，中有小心”之说，一般注家均释“小心”为命门。张景岳《类经》云：“人之脊骨共有二十一节，自上而下，当十四节之间，自下而上是为第七节，其两旁者皆命门穴。其中则命门外俞也。……故曰七节之旁，中有小心。”正因为下命门属于两肾之间，中医认为肾与命门的关系是不可分割的。所以张景岳又说：“肾两者坎外之偶，命门一者，坎中之奇，一以统两，两以合一。”是命门总乎两肾，而两肾皆属于命门。赵养葵《医贯》更说：“命门即在两肾各一寸五分之间，当一身之中……是真君真主，乃一身之太极，无形可见，两肾之中，是安其宅也。”这样，我们可以认识从上命门之目、脑，下命门之两肾之间联系在一起，即是整个命门的位置，类似于近年来不少学者认为命门是下丘脑——垂体——肾上腺系统。因此把上下命门联系在一起，即是整个命门系统的位置。
二、对肾间动气——原气的认识
蔡氏认为肾间动气——原气，是命门学说的核心部分。自《难经》首创以来，后世医家有所补充、发展，丰富其内容，使其成为完整的理论，兹探讨如下：
1．生命的原动力：《难经·六十六难》说：“脐下肾间动气者，人之生命也，十二经之本也，故名曰原。”指出肾间动气是生命的原动力，此动气又名原气，是先天本源之气。它是人类从胚胎形成人体时即已产生，而随着机体的发展，生命的活动就更显出它的重要性。因此，《难经·八难》说：“此五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之源，一名守邪之神。”
2．原气的特性：孙一奎说：“原气者，即太阳之本体也，名动气。气者，盖动则生，亦阳之动也，此太极之用所以行也。两肾静物也，静则化，亦阴之精也，此太极之体所以立也。动静之间，阳变阴合，而生水火木金土也，其斯命门之谓欤？”（《医旨绪余》）指出原气有两个特性，一是能动性，一是物质性。前者是说原气处于永恒的自发地运动状态之中，其运动的内部机制在聚散离合，屈伸往来的运动中化生各种生理现象，即所谓“动则生”，故原气其有能动性。后者是说，原气具有顽强的物质性，它表示独立于人的意识活动之外客观存在，而寄于两肾之间。这里有两层意思：其一是它的物质性；其二是客观存在性。原气的能动性与物质性相结合，即“体用结合，动静无间，阳变阴合”。气聚成物，物散转气，聚散不止，导致机体生生不息。所以原气是人体生命的活动，水木金火土也即五脏，五脏之气也即是原气所产生的。
3．原气的产生：《难经·三十六难》说：“命门者，谓精神之所舍，原气之所系也。”言原气产生于命门，而命门是维持原气不断产生的地方。其中包括着原精与原神。原精者，精血也；原神者，神机也。原气生原神，原精化原气，气旺则神旺，气衰则神疲。所以维持原气的化生，是命门的主要生理功能。
4．原气与阳气：原气既产生于命门，而命门则为阳气出入的根本。原气为先天本源之气，而阳气则为原气活动时发挥效应之气，故原气为生气之源，而阳气为生气之用，亦称为原阳真阳。张景岳在《大宝论》说：“阳气者，若天与日，失其所则折寿而不彰，故天运当以日光明。此言天之运也。人之命，元元根本，总在太阳无两也……由此言之，可见天之大宝只此一丸红日，人之大宝，只此一息真阳。”此根本即命门。张又云：“不观人之初生，生由脐带，脐接丹田，是谓气海，即命门也。所谓命门者，先天之生我者，由此而受，后天之我生者，由此而载也。夫生之门即死之户，所以之盛衰安危，皆系于此者，以其为生气之源，而气强则强，气衰则病，此虽至阴之地，而实元阳之宅。”
5．原气之输布：《难经·六十六难》云：“三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历于五脏六腑。”“三焦之所行，气之所留止也。”就指出原气通过三焦而输布于全身。所谓三气即下焦、中焦、上焦之气。张山雷认为是上、中、下三部脉气。而李时珍《本草纲目》更明确指出：“三焦相火之用，分布命门原气，主升降出入。游行天地之间，总领五脏、六腑、营卫、经络、内外、上下、左右之气，号曰中清之腑，上主纳，中主化，下主出。”说明命门原气，通过三焦气化对周身脏腑组织发生的动力作用。
然而三焦如何联系上下命门呢？宋代陈言《三因方》说：“三焦者，有脂膜如手大，正与膀胱相对，有二白脉自中出夹脊而上贯于脑。”陈氏所指三焦的实质，其部位及其与脑的联系，正是两肾之间的下命门。而脑又为督脉所属，督脉从上而下，起于太阳之上命门，上额络脑。这样通过三焦和督脉，就把上命门和下命门联系起来，构成整个命门系统。
三、对命门生理病理的看法
命门的生理功能，包含着真阳（真火之阳）和真阴（真水元阴）。所谓真阳，即生命的根本动力。所谓真阴，即生命的根本物质。所以命门的功能，是动力和物质的有机结合，组成了生命的原本。
真阳属火，即命门之火。朱丹溪《格致余论》强调：天非此火，不能生物；人非此火，不能有生。说明命门之火在生命活动中的重要作用。但命门之火的实质是什么？吴谦《医宗金鉴·四诊心法要诀》云：“命门之少火，即肾间动气。”余东扶《今古医案按》谓：“肾间动气即命门相火。”周学海《脉简补义》谓：“命门为相火之本，肾间动气是也。”这些都说明，命门之火，即肾间动气，发挥气的效应而表现在生理上的机能活动，这就是命门之火的实质。
真阴属水，即命门真水。水乃有形物质。物质属阴，故命门真水即有形之物质，亦即藏“肾间动气”的物质基础。李时珍《本草纲目》云：“肾脂，襄生两肾中间，似脂非脂，似肉非肉，乃人身之命门。”同时还指出命门的形态“颇似胡桃”，说明了肾脂是一种“非脂非肉”的特殊组织，形似胡桃肉，附着于肾，即藏“肾间动气”之物，亦就是命门真阴的实质。
由于真阳属火，真阴属水，构成命门的整体功能，所以张景岳说：“命门者，为水火之府，为阴阳之宅。”以真水为体，以命火为用，体为阴即物质，用为阳即动力。故命门本身兼有水火，也就是具有滋养、温煦全身脏腑经络的重大作用。
命门的病理变化，也就是真阳和真阴的盛衰。故张景岳说：“凡寿夭、生育，及勇怯，精血病治之基，无不由此元阳足与不足，以为消长盈缩之主。”（《命门余义》）指出命门功能盛衰与生命的关系，而命门的病候，则多为不足的虚证。具体如张景岳左、右归方所列的症状为其代表，列举如下：
左归丸：治肾水（即命门中之真阴真水）不足。营卫失养或虚热往来，自汗盗汗，或神不守舍，血不归源，或遗淋不禁，或气虚昏晕，或眼花耳聋，或口燥舌干，或腰酸腿软，一切精髓内亏，津液枯涸等症。
右归丸：治命门火衰（即命门中之真阳真火）。脾胃虚寒，呕恶膨胀，翻胃噎嗝，膝酸多病，虚淋寒疝，便溏泄泻，肢节酸痛，水邪浮肿，眼见邪祟，阳衰无子等症。
上述二类证候，是真阳或真阴虚损的证候，也即是命门的证候。蔡氏认为必须举一反三，详细推敲，以运用于临床。
四、命门学说的临床应用
蔡氏根据命门学说的基本思想，运用于临床，始终遵循著《类经》述及：“善补阳者，必阴中求阳，则阳得阴助而生化无穷；善补阴者，必于阳中求阴，则阴得阳升而泉源不竭”的宗旨，强调调理阴阳平衡。提出补阳必须养阴，滋阴配合扶阳的学术观点，在治疗一些慢性病，疑难杂病及抢救危重病人时，取得较好疗效。他特别强调命门之用在火。因此虚损病人，有一部分与命门虚衰有密切关系。治疗上，温补命门十分重要。他常用鹿角、海狗肾等血肉有情之品，以补元阳、生精血。又如命门火衰，下元虚冷之证，又每用巴戟天、葫芦巴、附子、仙茅、仙灵脾、肉苁蓉、肉桂之类以温阳散寒，“益火之源”。其次用平补阴阳气血之品，如蛤蚧、紫河车、冬虫夏草、胡桃肉、菟丝子等，对肺脾肾三脏之病变，尤为适宜。同时在补命门真阴之际，每选用熟地、生地、淮山、甘杞、山萸、五味之类，以为佐使，相辅相成，以达阴平阳秘之目的。蔡氏晚年治疗一些慢性病，疑难病和危重病时，依据命门学说的理论，创立了丰富的临床经验。如支气管哮喘、病毒性脑炎、再生障碍性贫血、老年性痴呆症及脊髓空洞症等。
如对哮喘病的治疗。现代医学认为是发作性的肺部过敏性疾病。蔡氏认为发病根本原因在于人体正气虚弱，特别是命门不足，才致外邪侵入。因此，在命门学说的基础上创造了“咳喘丸”，治疗咳喘病之恢复期，疗效显著，治愈率提高，复发率降低，实为毕生之经验。本方中应用蛤蚧、胡桃肉、补骨脂、紫河车、五味、人参、黄芪、紫石英、巴戟等药以温补命门，调和阴阳，再用益气健脾、补肺化痰等药，使咳喘之顽疾，得以控制直至痊愈。
如再生障碍性贫血，是由于骨髓显著减少，造血功能衰竭引起一组综合病症，属中医“虚劳”、“虚损”及“血症”范畴。历来医家对本病认识大多根据“心主血、肝藏血、脾统血”的理论，侧重于心肝脾的理论来治疗。但蔡氏根据现代医学认为骨髓是造血组织这一原理，进一步从肾主骨、生髓、藏精，血为精所化的理论出发，认识到骨髓和造血机能的旺盛与否和命门虚损有关。故常以温补命门为主，调整阴阳盛衰。蔡氏常用温补命门之火，佐以滋阴壮阳，如仙灵脾、仙茅、鹿茸、巴戟、肉苁蓉、补骨脂、女贞子、菟丝子等再配龟板、当归、黄芪、人参、熟地、桑椹等益气补血，扶正固本，使阳气阴血，相互生长而归于平衡，因此疗效颇隹。
又如老年性痴呆症，多由脑动脉粥样性硬化后，脑内血供、气供减少，引起脑细胞衰亡，甚至脑萎缩。蔡氏依据肾藏精，精生髓，髓通于脑的理论，认为命门火衰，肾阳衰弱，温煦生化不足，导致精髓亏损，不能上奉于脑，脑用失能，引起痴呆，正如喻嘉言指出：“老年人惟恐无火，无火则运化难而易衰，有火则精神健而难衰。有火者老年人性命之根。”同时命门为水火之宅，命门火衰，最易阳损及阴，而致阴阳俱虚。因此蔡氏强调调补阴阳，兼益气化瘀之法，以地黄饮子加丹参、赤芍等类治之，每能奏效。
总之，蔡氏的学术思想，概括为三个时期。早年以丁氏学派为依据，突出温病、时病的治疗；中年注重脾胃学说，以内伤疾病为主；晚年发掘肾与命门学说的理论，指导临床，取得显著疗效，这是蔡氏一生学术精华，可供借鉴。
