在中医古籍中，哮与喘是两种不同的病证。如《医学正传》说：“哮以声响名，喘以气息言。”即指出喉间痰鸣，声如拽锯者谓哮，呼吸急促，不能以息者谓之喘。其实在临床上二者很难严格区分，因为喘甚则哮，哮必兼喘，故后世常哮喘并称。大抵哮证与西医支气管哮喘、喘息性气管炎相似，喘证则常见于肺气肿、心衰等疾病病程中。哮喘时发时止，缠绵不已，宿根难除。祝氏在辨证论治的基础上，抓住以下三个环节，提高了治疗效果。
一、以发止辨析虚实脾肾为本
经云：“诸气郁、皆属于肺；诸痿喘呕、皆属于上。”可知哮喘病机虽繁，证候虽多，但病位总不离乎肺脏。前人治喘分为虚实两型，一般新喘、体壮者属实证；久喘、体弱者属虚证。祝氏常根据本病的发作期与缓解期交替的特点进行虚实辨证，确立治法。
哮喘病在发作期不论病程新久，均宜按实证论治。因本病每由感寒而诱发，或引动内饮，或为郁火之体，内外合邪，痰气交阻，上逆气道而哮喘发作，治宜表里双解，内外兼治。外寒内饮者用小青龙汤或射干麻黄汤外散风寒、内蠲痰饮；外寒内热者（俗称寒包火）用麻杏石甘汤或定喘汤加减以宣泄肺热、化痰平喘。祝氏认为，麻黄为治疗肺实哮喘之良药，唯因其发越阳气，体虚之人服后易致心慌、躁烦，可伍用生石膏、白芍、五味子等药监制之，有时亦可用苏叶代之。
痰多常加炙苏子、化橘红，胸闷加厚朴、陈皮。
哮喘病的缓解期多属虚证，初病在肺，次则延及脾肾。脾为生痰之源，肾为元气之根，培补脾肾固本中冀杜其夙根。如肺卫不固，腠理不密，屡易外感者常用升陷汤或生脉散加减实卫固表，气阴双补；脾不健运，痰湿内生，纳差便溏者常用香砂六君子汤、参苓白术散以健脾化痰，培土生金；肾失摄纳，呼多吸少，肢冷浮肿者常用真武汤或桂附地黄汤、七味都气丸等温肾纳气、补益下元。鉴于本病多属沉疴痼疾，故常加补骨脂、胡桃肉、女贞子、菟丝子、紫河车、大蛤蚧等纳气定喘之药配成蜜丸以缓图竟功。
二、以治痰为平喘要法调畅气机
祝氏认为，肺脏所伏之痰浊水饮是哮喘病屡发屡止的潜在病理因素，此即《金匮要略》所谓“留饮”“伏饮”，后世称之为“窠囊之痰”。痰浊水饮久踞肺脏，每因感受寒邪、饮食劳倦或情志变动而诱发，搏击气道则出现痰涎涌盛、粘稠不爽、胸膈满闷、纳差便秘、苔腻脉滑等症。祝氏尝谓“治喘先治痰、治痰宜调气”，自拟五子定喘汤（苏子10克、莱菔子10克、白芥子3克、杏仁10克、葶苈子10克）加味治疗痰喘。本方以豁痰下气的三子养亲汤为基础，加杏仁宣肺平喘，葶苈子泻肺行水，一宣一泻，气机通畅则哮喘自平，但宜在无表邪情况下应用，若属风寒闭肺则非所宜。兼咳嗽加前胡、白前、紫菀、款冬花；食少加菖蒲、佩兰叶；胸闷加厚朴、陈皮；便秘加全瓜蒌、薤白。如治王某，女，34岁，售货员。因发作性哮喘4年就诊，每于入秋始咳喘发作，夜不能卧。变态反应科检查对多种致敏原过敏，确诊为支气管哮喘，服平喘西药效果不明显。此次发作3月有余，痰多白粘，大便不畅，舌质黯，苔白厚腻，脉弦细。辨为痰浊阻肺，气机不畅，予五子定喘汤加前胡、白前、紫菀、款冬花、桔梗、桑白皮、荆芥、防风等治之。服药7剂，哮喘控制，再服1月，诸证悉平，乃守原方加麻黄、连翘、赤小豆、炙杷叶配成蜜丸巩固疗效，1年后随访，哮喘未发。
哮喘因痰浊阻肺者固多，然因肺胃气逆或肝经郁火致病者亦不少。祝氏治喘时非常重视人身气机的调畅，除宣肺、肃肺之外，还常以降胃气、舒肝气为主治喘。如旋复代赭汤在《伤寒论》中本治呕吐、呃逆等胃肠疾患，而祝氏独用其治肺胃气逆之喘证，藉旋复花、代赭石有镇喘降气之功。又如他对因精神紧张或情志不遂诱发哮喘者，常用逍遥散加丹皮、黄芩、钩藤、地龙、杏仁、前胡、白前等平肝解痉、宣肺止咳，寓有调畅气机，气顺痰消的涵义，体现审证求因的精神。
三、以抗敏解痉为辨病用药辅以活血
典型的季节性哮喘与过敏因素关系密切，患者由于接触花粉、尘螨、药物等过敏源后，引起支气管平滑肌痉挛和管腔狭窄，导致哮喘发作，故又称为过敏性哮喘，此类病人大多见于儿童或青少年。祝氏在治疗时主张要辨病用药，常选验方过敏煎（银柴胡10克、炒防风10克、乌梅10克、五味子10克、生甘草6克）或者脱敏煎（香附10克、五灵脂10克、黑白丑各3克）以抗敏解痉、平喘止咳，尤其是脱敏煎对闻油烟等刺激性气体过敏者有较好效果。随证加钩藤、薄荷、蝉衣、地龙等解痉药。药理实验证实上述方药均有一定抗变态反应的作用。如治李某，男性，16岁，学生。自幼患哮喘，每年均发，白昼无恙，入夜则喉中痰鸣如水鸡声，痰粘不畅，口喝喜饮冷，舌红，脉细弦。辨证为肝肺风热，宣降失常，投以过敏煎合脱敏煎，加旋复花、黛蛤散以清肺平肝、抗敏解痉，服药5剂，喘定痰减。守方再加丹参15克、茜草10克，10剂后诸证告愈。
将原方加当归、川芎、紫菀、款冬花、女贞子、首乌藤，制成蜜丸常服，以冀巩固疗效预防再发。
部分哮喘病人经西医确诊为肺气肿、肺心病、肺间质纤维化或心功能不全，病程日久可见唇甲青紫、面色晦黯、舌质黯红或有瘀斑，属气虚血瘀之候，盖因肺主气，助心脏以行血脉，肺病日久，气虚无力以畅血行则致血脉瘀阻，考虑宜从活血化瘀治疗，常随证加当归、川芎、丹参三药，用川芎走上、当归行下、丹参活一身之血，或用桃红四物汤为主活血祛瘀治标，辅以益气补肺治本，这种气分病从血分论治的方法，值得效法。
