明代医家张景岳说：“药不执方，合宜而用，此方之不必有；方以立法，法以制宜，此方之不可无也……得其宜者可以为法也，失其宜者可以为鉴也，……必善于知方者，斯可以执方，也可以不执方。”此言对立法、组方、用药的原则可谓切中肯綮。祝氏认为，法随证立，方从法出，方剂的组成是有其原则的，而方剂的运用又要灵活多变，必须符合辨证的要求。他临证喜用古代名方随证加减治疗诸病，但反对那种胶柱鼓瑟、原方照抄式的“有方无药”，或组方时无君臣佐使之分，头痛医头，脚痛医脚式的“有药无方”。他甚为推崇仲景所创经方，认为选药精当，配伍严谨，久经实践检验，若辨证准确，运用得宜，每可获捷效。他通过对经方的认真分析研究，结合自己的临床经验，提出了桂枝汤、桂枝加芍药汤、小建中汤、黄芪建中汤、小柴胡汤、大柴胡汤等古方的今用适应证及其随证加减方法，附以治验病例，从而扩大了这些古方的适应范围。例如认为桂枝汤及其类方是健脾胃、扶正气、调阴阳的强壮剂，不但可用于虚人感冒，对属于脾胃虚寒的溃疡病、慢性胃炎、慢性腹膜炎以及手术后伤口久不愈合、下肢慢性溃疡、神经官能症等病，均可根据辨证选用这些方剂加味治疗。
祝氏组方用药十分重视药物的配伍，尝谓：“临证如临阵，用药如用兵。良将行兵布阵，必对手下兵士素质优劣了如指掌，方能一战而胜；良医组方，亦应熟谙药性，精通配伍，灵活化裁，则药之必果。”早在习医之初，他就发现施今墨先生的处方往往双药并书。经留心收集整理，汇编成《施今墨药对》一书，尽得施氏药物配伍之真谛。经多年研究、探索，在药物配伍方面积累了丰富的经验。他认为，组方的关键是配伍；药物之间的配伍并非是杂乱的拼凑，而是根据病情需要。每味药物单独使用，仅仅是体现单一的治疗作用；合理配伍之后，药物之间可起到协同作用或拮抗作用，甚至发挥出多种治疗功效。祝氏常以枳实配白术攻补兼施治痞满，桔梗配枳壳升降同投治气结，黄连配桂枝寒热并用治上热下寒，川楝子配泽兰叶气血两调治胁痛；他还根据中药药理知识合理用药，如白头翁治手颤，石韦治化疗后血象低下，黄芩、夏枯草、桑寄生、牛膝降血压等。
或谓“医家不传之秘在药物用量上”，祝氏用药很讲究用量。如他常用圣愈汤加味治疗妇女月经过多或闭经，前者当归、川芎均用5克，恐其活血太过；后者则当归、川芎各用10克，加强其养血通经之功。又如治疗重症糖尿病、蛋白尿时，黄芪的用量常为30克，最多有用至60～90克者，以黄芪能紧腠理，固尿糖、尿蛋白之渗漏，非大量不足以建功。治疗痰饮咳喘，细辛、白芥子仅用1～3克，虑其辛燥走窜，伤阴耗气。这些都是祝氏在长期的临床实践中积累起来的用药经验。
