早在30年代，施今墨先生就倡导中医、西医要互相学习，融会贯通。他认为中医要改革，不能固步自封。他说：“中医改进之方法，舍借用西学之生理、病理以互相佐证，实无他途。”他还强调要用科学方法阐明中医理论，如说：“中国医学，古奥玄深，寿世保民，已具有数千年悠久之历史。诊断治疗之法则，善用之者，往往得心应手，获效如神，绳之以今日实验医学，则知其意义亦复近似……宜亟以科学方法阐明之，讲通之，整理而辑述之。若者可用，用之；若者可弃，弃之。是非得失，详慎审定，庶几医学日进。”在施先生主张中西医融会贯通思想影响下，祝氏在医疗工作中一贯坚持中西医结合的方针。他指出：“中医与西医，各有所长，也各有所短，中西医结合研究工作的目的，就是取其长而补其短，从而创造出有特色的医药学派。”他认为探寻中西医结合的途径主要有三条：
1．西医诊断、中医辨证：由于中西医理论体系的不同，故两者的病名、诊断、治疗等也不相同，但可以通过辨证与辨病相结合的方式统一于病人身上。辨证与辨病相结合，绝不是按照西医的诊断，抛弃中医理论应用中药，而是立足于中医整体观念和辨证论治的特点，借助于西医现代仪器的诊断手段，对某些仅凭中医直观感觉难以确切辨证的疾病，可以明确疾病的性质和病位，加强立方用药的针对性，扩大中医的辨证依据和丰富辨证内容，能更好地发挥中医治疗之优势。参照西医化验检查进行辨证论治，为判定中医疗效增加一些客观指标，打破传统中医视症状和体征消除为治愈的认识，可以提高中医治疗的水平。遵循中医辨证论治的原则遣方用药，在取得疗效的基础上进行药理实验研究，明确其治疗机制后再付诸临床，指导实践，可使古方得到新用，开辟用药新途径，使中医理论进一步完善。祝氏认为，许多疾病，如单纯用西药治疗，疗效不理想；如单纯中医辨证论治，有些治疗机制难以阐明。中医要发展，就必须在不脱离中医理论的前提下，将现代科学技术中可用的成果和西医的某些检测方法，有选择地吸收过来为我所用，这是中西医结合的重要方法之一。
2．中西药合用：即在一个病人身上同时应用中西两种药物或应用中西药的混合制剂（如速效伤风胶囊、消渴丸等），目前在中西医结合的治疗中较为普遍。祝氏认为，中西药合用之后只要能相互协同、增强药效，或是相互拮抗，去其副作用者皆宜提倡。如他治疗重症糖尿病，常用中药加胰岛素或口服降糖西药；治疗妇女闭经，以补肾活血通经中药配合西医激素的人工周期疗法；治疗癌肿病人放、化疗的毒副作用，以扶正固本中药减轻消化道反应和提高血象等，均比单用中药或单用西药效果为佳。但对某些中西药合用可能会降低疗效或产生副作用者则持审慎态度。因此，深入研究中西药如何正确地、科学地配伍，是今后重点研究的课题。
3．中西医理论结合：中西医要达到真正的融会贯通，必须实现理论上的结合，这是一项非常艰巨和长期的工作。中西医理论结合既包括用科学方法对中医阴阳五行、脏腑经络、气血、病因、病机、舌诊、脉象等内容的深入研究，也包括中医自身在理论和临床研究中对西医知识充分的吸收和使用。我国的中西医结合工作者，经过30多年的努力，在这方面取得了可喜的进展。如从内分泌和分子生物学的角度探讨和阐明阴阳学说，以血液流变学和微循环方法揭示血瘀证的本质，通里攻下法治疗急腹症，针刺麻醉的发现等等，充分表明中西医理论上的结合是完全可能实现的。
辨证论治是中医学的精髓。祝氏经常强调要加强理论学习，提高辨证水平。他尝云：“掌握好辨证论治，是继承和发扬祖国医学的关键。有些学中医的人临床脱离辨证，一味去追求特效方药或热衷于抄录偏方、验方，不肯在辨证上下苦功，以患者症状去碰所学之方，一旦遇到与所谓特效方药不对号的情况或自己没有经历过的病证，就心中无底，束手无策。或开大方，漫天撒网，以冀一获；或临时拼凑一方，不遵法度，支离杂乱，其结果只能使病人横夭莫救。”祝氏认为，疾病发生发展的根本原因就是人体机能的太过与不及——阴阳失调。太过，就会发生实证、热证；不及，就会发生虚证、寒证。中医治病就是调节这种太过与不及的情况，使之趋于平衡，即《内经》所说：“谨察阴阳所在而调之，以平为期。”中医的辨证论治就是寻求病因、病机、治疗等规律的过程。病人的体质、致病因素、病情轻重、病程长短均不会完全相同，这些不同的矛盾要用不同的方法才能解决，运用中医理论来指导辨证论治，就能达到这个目的。所谓“特效方”、“特效药”，可能对某种病的某个类型的某个阶段有效，而不是对这种病的所有类型、所有阶段都有效。如有人治疗肝病引起的转氨酶升高，不分虚实寒热，一概用五味子降酶；碰到冠心病心绞痛，不管标本缓急，辄用活血化瘀治疗；对西医诊为炎症的疾病，盲目投以大量苦寒的清热解毒药，脱离辨证，生搬硬套，很难达到预期疗效。祝氏并不否认偏方、验方的治疗效果，但他常是在辨证的前提下来运用，譬之好箭配良弓，相得益彰。
中医辨证论治是有规律可循的。西医诊断的病名，可以根据其不同阶段所出现的不同症状，辨别出不同的中医证候类型，每个类型确立相应的治则方药，然后再根据病人个体因素进行加减化裁，这就是辨证论治的规律。中医治疗外感热病常用六经辨证、卫气营血辨证或三焦辨证，都是前人经过多次实践所总结出来的辨证论治规律。祝氏说：“运用辨证论治的方法，不仅可以‘同病异治’或‘异病同治’，而且可以治疗某些疑难病或罕见病。”他曾治1例西医确诊为肺泡蛋白沉着症的男性病人，这种疾病在国内外均属罕见。哪些药物能消除肺泡中沉着之蛋白质？祝氏根据病人咳嗽痰粘、气短不足以息，动辄气喘，唇甲青紫，舌胖有齿痕、脉细弦滑的表现，辨证为大气下陷、痰浊不化、瘀血阻络，采用张锡纯所制升陷汤（生黄芪、桔梗、柴胡、升麻、知母）加入化痰活血等药，并配合西医超声雾化吸入疗法，治疗月余，病人症状明显改善，复查肺功能显著好转，体现了辨证论治的优越性。
