周氏学术思想渊源于《内经》，他认为古代著名医家，莫不咸遵《内经》为圭臬，今之医者也应奉之为准绳。因此，他毕生致力于《内经》研究，深谙《内经》旨意。他曾指出，尽管《内经》博大精深，涉猎广泛，但自始至终，贯穿一条主线，这就是统领全局的整体观、系统观和辩证观的哲学思想。这一基本观点，使中医学形成了一套完整而独特的理论体系。同时也形成了中医在认识疾病和处理疾病时的独特的思维方法：即从宏观的、联系的、动态的角度去观察人体生理和病理，用整体调节的方法去协调阴阳，以达恢复机体平衡，治疗疾病的目的。因此，整体系统观和辩证恒动观是《内经》学术思想的精髓和核心，也是中医学术独有的、区别于其他任何医学的理论特色。
周氏历来主张，作为中医，不论是从事临床、科研，还是教学和理论研究，都应该时时处处突出这一特点，才能在中医事业上有所建树，取得成绩。他本人更是身体力行。如早在70年代后期，他在论述藏象学说时指出：“藏象学说把人体看成是最复杂的自动控制系统，对各个脏腑的认识，不受脏腑实体即形态学的束缚，而是以功能系统为单位，着重研究他们之间的联系，并用五行归类和生克制化的理论，阐明机体内脏与外界环境的统一性和机体整体统一性，以及机体各系统自控调节的复杂关系。”又从阴阳对立统一的辩证观点出发，分析生命活动的实质，认为：“人体的生命现象和所进行的功能活动，无不包含阴阳对立的两个方面，而这相互对立的阴阳双方，又都无时无刻不处在‘阴静阳躁’，‘阳化气，阴成形’的相反相成的矛盾统一运动规律之中，从而促进了人体的生长发育，产生了气化的能动作用，推动了人体的生命活动。此说明藏象学说体现了祖国医学在生理上的系统观、整体观和方法上的辩证思维理论特点。”对于病机学说的研究，周氏同样强调要突出整体观和系统观。如他主编出版的《决生死秘要》一书，就是力求突出中医诊治急症从整体观念出发这一理论特点。他在序言中说：“中医诊断疾病，决断生死，不论望色、辨神、察舌、切脉、审证，都要着眼于整体，了解全身的变化情况，如精神的得失，四肢的寒温，色泽的荣枯，舌色的死活及脉象的虚实等。而且还须结合自然变化，昼夜变化，四时气候变化以及年、月、日、时变化等对疾病的影响，以窥测病机，决断生死预后。”他又进一步解释说：“这些诊断依据，是患者在整体平衡失调的疾病状态下不断表现出来的动态信息群，医者站在宏观角度上，将这些信息群作为一个整体来认识，进行望、闻、问、切，归纳分析，这本身就是一个复杂的、系统分析的过程，这样分析所得出的结果必然是人体整体功能失调和高度概括。而这些活动的、不断变化的信息群，却往往是现代医学在诊断疾病时所不够重视甚至忽视之处，但它却正体现了中医理论的独特和科学之处。”在临床实践中，由于他深谙《内经》旨趣，所以能在治疗疾病时高屋建瓴，统观全局，注重对整体病变的纠正。他的“综合运用，整体调节”的遣方用药总原则，就是在《内经》治则思想指导下创立的。从而使他在处理诸多疑难重症时往往得心应手，左右逢源，收到意想不到的效果。
除了临床、科研，周氏还长期从事《内经》教学，已近40年。他的许多重要学术精华
也往往在教学中得到体现。他认为中医课堂教学同样要突出中医特色。而要突出特色，没有良好的教材是不可能的。所以他认为《内经》教材改革势在必行。教材改革涉及方面很多，但只要紧紧把握突出中医特点这一中心，就不会走向歧途。正如他在《突出特色、发挥所长、为发展中医事业而努力》一文中指出：“《内经》一书中熔铸了我们祖先的惊人智慧和伟大创造，内容涉猎广泛，丰富多彩，它不单纯是研究人体生命的一门科学，其中渗透了古代哲学的内容，而且也综合运用了当时与人体有关的各门自然科学知识，包括天文、历算、地理、气象、生物、物理等。所以，可以把《内经》看作是以医学为主体的，综合性很强的论文汇集。这就构成了它本身独具特色的学术思想和理论体系。因此，改革《内经》教材要善于揭示它的特色。”为此，他提出教改中必须重视的三个方面：
①突出《内经》综合性特点。他说：“《内经》一书所具有的各科知识领域之间相互渗透的综合性特点，体现了中医认识问题的方法是从系统联系的整体观出发，重视各学科之间的相互联系，相互渗透，这是祖国医学理论的特点，应该继承和发扬。现在看来，这也符合现时代的要求。当今世界教育改革，科技革命新的发展趋向，亦是由知识分化逐渐走向一体化、综合化。以往是各学科知识越分越细，而现在是越来越走向综合，打破了学科界限，学科之间相互渗透，相互结合。
科学发展，逐渐由分析时代走向系统时代。《内经》一书所具有的综合性、整体性学术特点，实际上是符合世界科技发展新趋势的。所以，在《内经》教材改革时，无论是在选文、分类和按语分析方面，都要突出《内经》综合性特点。”
②突出哲理性特点。周氏指出：“任何科学都是理论与方法的结合，一定的理论总是由一定的方法达到的，独特的理论必定含有独特的方法。祖国医学正是医疗实践知识与哲学方法相结合而建立起来的独具特色的理论体系。在《内经》一书中有相当多的篇幅深刻地阐发了当时哲学领域的一些重大问题。并且在整本书中处处都渗透了系统观、整体观和辩证观的哲学思维方法。”接着他又进一步分析道：“系统整体的方法，就是分类与联系的方法，强调研究问题，要从整体着眼。整体观念是系统观的中心和出发点。辩证的方法，是把阴阳二分法作为一种认识工具，辩证地、动态地认识分析问题的方法。两种方法的综合，正体现了古代哲学体系的唯物观和辩证观的实质。因此，对《内经》每章所摘取的经文、注释和按语等，就要考虑能够反映祖国医学这一独具特色的哲理性特点，给以充分发挥。”
③实践性特点。周氏一贯认为，经验与哲学，是《内经》理论形成的两大渊源，哲学的合理性与经验的有效性构成《内经》一书的科学价值。所以他认为改革《内经》教材，也必须突出其实践性的特点。他曾提出：“所选摘分类的经文，应以能指导临床实践为衡量标准，对于那些限于目前种种原因而对其实践意义尚未揭示和认识的经文，可以作为某些专门学者整理研究的课题。而作为教材，则不应兼收并蓄。
选文如此，注释、按语与综述更应如此。切忌由概念到概念，言而无物，空泛乏味，使学生觉得中医是‘玄学’。尤其是摘选和分析病因、病机、诊断、治疗等与临床密切相关的内容时，更需紧密联系临床，突出实践意义，始能让学生透彻理解《内经》实质。”在《内经》授课时，同样注重时时处处突出中医的整体性、哲理性和实践性特点。他认为：“只有牢牢掌握这一总的原则，才能启发和诱导学生从更广阔、深远的角度去领会《内经》的深刻含义。”理论联系实际也是周氏授课的一大特点。长期的临床，能够使他对那些高深古奥的经文，讲解得生动自然，有条不紊，有理有据，切合实际，容易掌握。无怪被同学们誉为“把枯燥的经文讲活了”。
周氏虽然强调“发展中医，必须保持中医特色，发挥所长，推陈致新”。但并不是说中医的发展可以离开现代科学的轨道，而是说中医的发展必须承袭其自身的理论特点和长处，同时亦要与现代科学的成就相联系，使之逐渐转移到中医现代化道路上来。这是历史发展的必然规律。中医、西医两种医学体系共同存在，互相结合与渗透，这反映了时代的特点。西医是建筑在近代科学的基础上，中医是建筑在长期医疗实践的基础上，又接受了古代辩证唯物主义思想影响，两者各有所长，亦各有其不足，我们的态度，应该是用彼之长，补己不足，以促进中医理论的发展。
周氏认为：“在现代科学发展的时代，中医传统‘宏观辨证’的方法，应与建立在现代科学基础上的‘微观辨证’的方法有机结合，互相补充，这对发展中医很有必要。但必须明确，中医运用微观辨证，同中医运用传统宏观辨证一样，都必须突出中医特色，以中医整体系统的方法为指导，运用中医理、法、方、药来辨证施治，不能走西医诊断，中医治疗的道路。目前有一种倾向，好像中医一谈微观辨证，就是背离了中医理论，失去中医特点，其实这种顾虑是没有道理的。消除这种误解，应从思想上明确两个概念。首先应正确理解中医所谓的‘宏观’，其确彻含义，是对疾病的认识，不是孤立地、片面地只看局部病变，只重视实验室的微观指标，而是应重视局部病变同整体的关系，着重从宏观方面来动态地观察和分析机体在致病因素作用下所引起的整体性病理反应；在治疗上注重调节机体阴阳，使之恢复相对平衡的关系。也就是通过对机体平衡失调的整体调节，恢复体内自控性，使机体自稳系统达到最佳状态。可知中医的‘宏观理论’不能单纯理解为‘宏观辨证’，而是包含了比宏观辨证更广博更深刻的内在含义，体现了中医观察人体，研究生命实质的一种认识观和方法观。”“其次，要明确‘证’是处于一定阶段时的病因、病位、病变性质和邪正力量对比等各种因素的整体反应。这个整体反应，既然有肉眼可见的宏观变化，也必然存在肉眼所看不见的微观变化。因此宏观变化和微观变化都可作为机体整体反应的组成部分，二者关系是相互补充而决不是相互取代。微观辨证是在传统宏观辨证基础上的进一步发展和深化，是传统辨证在更深入的层次上，对机体整体病理反应的微观认识，因此，同样体现了中医的整体观和辨证观思想。
两种辨证的结合，就可使我们获得更加广泛、更加深入的信息群，这是对以往四诊的深化和补充，也是对中医整体观念的深化和补充。这必将使传统辨证更完整，更准确，因而也更加本质地阐明‘证’的实质。”周氏在临床上既重视宏观辨证，又不忽视微观辨证。如他在分析各类“肝病”的病理机制时说：“肝病患者尽管病程不同，证型各异，但在微观辨证方面，常有共同的病理基础，如肝细胞不同程度的变性与坏死，肝纤维组织的增生，肝微循环的障碍等。这些微观病理变化，可以贯穿于肝脏病变的始终，它们有的可以同时反应于宏观表现之中，有的却未能及时得到反应。辨证时，只有既重视宏观证候表现，又不忽略微观病理变化，才能准确把握病机，抓住共性，区别个性，采取更有针对性的治疗措施。”周氏这一见解，为临床采取综合措施治疗各种肝病提供了理论依据。
另外，周氏还指出“微观辨证”对中医判断临床疗效也提出更为明确的客观指标。他说：“以往中医没有实验室指标参照，对疾病疗效的认识只能根据症状改善或消除来判定。现在有了微观指标，对疗效标准的认识就更加客观全面。”综上所述，可以看出周氏对发展中医的认识，既强调必须保持中医特色，承袭其自身的特点和长处，又重视同现代的科学成就相联系，使之逐渐转移到中医现代化的道路上来。
