丹溪为滋阴学家，数百年来已成定论。然而丹溪并非唯滋阴论者，除上述外，他对气与调气之法有一定研究和成果，其论气的主导思想来源于理学和李东垣的气学观，兹论析如下：
一、统摄天地万物和人体惟一是“气”
丹溪的医学哲学思想明显导源于理学，而理学中极其重要的内容——论气，有“太虚邪气”之说，曰：“太虚无形，气之本体，其聚其散，变化之客形尔。”（《正蒙·太和篇》）又曰：“凡可状，皆有也，凡有，皆象也，凡象，皆气也。”（《正蒙·乾象篇》）认为气是充斥宇宙万物之实体，由于气的存亡聚散，而有万物之生死变化，强调人与物皆禀天地之气而生，无气则无生命万物。丹溪承理学论气之说而运用于医学，曰：“天地自相依附……大气常举之也，夫自清浊肇分，天以气运于外而摄，地以形居于中而浮于水者，是气也，即天之谓也，自天无极者观之，故曰大气。”（《格致余论·天气属金说》）他进一步又阐述：“天地以一元之气化生万物，根于中者曰神机，根于外者曰气血，万物同此一气。”（《格致余论·夏月伏阴在内论》）他认为天地之沉浮运行，皆由大气所统领提挈，而天地之气，又能化生生命万物，乃至人身气血，如曰：“人受天地之气以生，天之阳气为气，地之阴气为血。”（《格致余论·阳有余阴不足论》）着重说明人之气血分别源于天地之气。丹溪从气的认识，导出他的著名论点，即阴常不足，阳常有余。又曰：“天，大也，为阳，而运行于地之外，地居于天之中，为阴。”（《格致余论·阳有余阴不足论》）认为天属阳而大，地属阴而小，天大包于外，地小含于内，故阳有余而阴不足。
二、人体之平衡惟赖气之升降
天地运行赖大气的维系，人体平衡赖气机的升降，丹溪谓：“夫周流于人之一身以为生者，气也，阳往则阴来，阴往则阳来，一升一降，无有穷已。”（《局方发挥》）明确指出人身阴阳气血之往复出入，津液水火之升降平衡，无不由气来完成，并具体指出：“气为阳，宜降，血为阴，宜升，一升一降，无有偏胜，是为平人。”（《局方发挥》）气（阳）血（阴）在升降运动中必须保持不偏不胜，相对平衡，才能使人体健康无病。可见丹溪并非片面强调养阴论，而是强调气血阴阳平衡这一观点，在临床用药中也时时受到气血阴阳平衡的指导。丹溪谓：“气血虚，皆以味补之，味阴也，气阳也，补阴精以求其本也，故补之以味，若甘草、白术、地黄、泽泻、五味子、天门冬之类，皆味之厚也。”（《格致余论·茹淡论》）治气血之虚药，有甘草、白术之补气者，有地黄、天冬养阴血者，兼有五味子之敛，泽泻之渗，虽名之“补阴精以求其本”，实则气血兼补，以期阴阳升降之平衡。进一步，丹溪又明确指出，气和阴的相互依存关系，气虚可导致阴虚，阴虚亦会造成气脱，如丹溪谓“气不上升，则在下之阴甚弱”（《格致余论·春宣论》），指出气虚可导致阴弱；又谓“阳气暴绝，当是阴气先亏，阴先亏，则阳气无所依附，遂致暴绝”（《局方发挥》），指出气脱之证，多见阴竭于下。由此可见，丹溪关于气的论述是相当完整全面的，从气的重要意义及其在人体中的作用，到强调阴阳、气血、津液、水火，必须在气机升降中维持平衡，再到指明气与阴的依存关系，直到调补气血平衡的用药法则，这一整套的以气为契机的关于自然、生理、病理、治疗和预防的论述，形成丹溪全面、正确的医学学术体系。
三、脾胃之气为人身正气之本
丹溪四十而弃儒习医，他初读子和之书，对汗吐下三法攻邪疗疾之论钦佩不已，以为“医之法尽矣”，但是在实践中遇到许多病证，依子和之法治之未能得效，因此困惑不解，遂游遍江南，“决意于得名师以为之依归”，几经拜求，方得入罗知悌之门，侍诊之初，“观罗先生治一病僧，……每日以牛肉、猪肚、甘肥等，煮糜烂与之，凡经半月余，且时以慰愉言劳之……察其形稍苏，与桃红承气，一日三帖下之，皆是血块痰积方止，次日，只与熟菜、稀粥将息，又半月其遂如故。”此案丹溪至晚年不忘，并记录在《格致余论》中，可见影响至深。分析此案，病僧之痰似因气郁而致血结、瘀血成积聚之证。论病证当用攻瘀消积之剂，但因正气衰不耐攻伐，亟须食糜养正，正复方可攻瘀，邪去六七，不可再攻，扶正而邪自去。丹溪原思“惟务攻击”之时闻此高论，茅塞顿开，因“大悟攻击之法，必其人克实，禀质本壮，乃可行也，否则邪去而正气伤，小病必重，重病必死”（《格致余论·张子和攻击注论》）。认为人身之气，首重脾胃之气，丹溪引《内经》“饮食入胃”一节后，强调“是脾具坤静之德而有乾健之运，故能使心肺之阳降，肾肝之阴升，而成天地交之泰，是为无病之人”（《格致余论·鼓胀论》）。又谓“胃为水谷之海，多血多气，清和则能运”（《局方发挥》）。人身之阴阳气血，脏腑之斡旋升降，全赖脾胃之滋养与运化，特别指出阴精与胃气密切相关。丹溪谓：“人之阴气，依胃为养，胃土伤损，则木气侮之矣，此土败木贼也……，言胃弱者阴弱也，虚之甚也。”（《格致余论·呃逆论》）这里进一步提出，补阴精必先补胃气，胃气得以滋养疏通，方可达到养阴之功。丹溪并着重分析饮食养正的具体方法，如“粳米，甘而淡者，土之德也，物之属阴而最补者也……或虑过多，因致胃损，故以菜助其克，足取其疏通而易化。”（《格致余论·茹淡论》）胃气的强弱通滞，不仅影响到脏腑、气血、阴阳，甚至胃气的能复与否，是生死的关键，如丹溪谓：“伤败之胃气无复完全之望，去死近矣。”（《格致余论·大病不守禁忌论》）并举两例痰疟重症为戒，一、宪金詹公，与劫药后，疟病迁延半载，丹溪诊之以为“惟胃气未完，又添寒汗未适，遂以白术粥和丸，与二斤，令其遇饥时且未食，取一、二百丸与热汤下，只与白粥调养，尽此药，当大汗而安，已而果然”（《格致余论·疟论》）。二、丹溪之族叔，患疟，又患痢，“自恃强健能食，恣口大嚼，遇渴又多啖水果，如此者月余，后虽欲求治，不可着手矣，淹淹又月余而死”（《格致余论·大病不守禁忌论》）。此二例，一生于胃气之复，一亡于胃气之败，胃气之可贵，岂不发人深省！
四、六郁皆因于气机失调
丹溪擅治郁，立气、血、痰、火、湿、食六郁之论，创六郁之方——越鞠丸，为后世名方之一。
细读丹溪之书，郁虽为六，其源则一，认为气郁、血郁、痰郁、火郁、食郁、湿郁，皆因于气机之失常。丹溪谓：“今之冷气、滞气、逆气、上气，皆是肺受火邪，气得上炎之化，有升无降，熏蒸清道，甚而至于上焦不纳，中焦不化，下焦不渗，辗转传变，为呕、为吐、为膈、为噎、为痰、为饮、为反胃、为吞酸。”（《局方发挥》）丹溪又补充阐明气郁、血瘀、痰积、火热等的病因病机，他谓：“夫气之初病也，其端甚微，或因些少饮食不谨，或外冒风雨，或内感七情，或食味过厚，偏助阳气，积成膈热，或资禀充实，表密无汗，或性急易怒，火炎上以致津液不行，清浊相干……如此蔓延，自气成积，自积成痰，此为痰，为饮，为吞酸之由也，良工未遇，谬药又行，又夹瘀血，遂成窠囊，此为痞、为痛、为呕吐、为噎膈反胃之次第也。”（《局方发挥》）由外感六淫，内伤七情，饮食不节而致气机失常，遂致火热上炎，津液不行，痰湿积滞，瘀血成症，造成种种疾病，此即所谓“百病皆生于气”之由。
综观前论，丹溪主气学说，既导源于理学，又继承了《内》、《难》及仲景、河间、东垣、子和诸先哲之学术，集前人之大成，且变化运用于临床实践。
