王氏自70年代始，对《内经》进行了全面整理与专题研究，主编了《黄帝内经专题研究》，编著《素问今释》、《运气学说的研究与考察》等书。认为《内经》是中医理论体系的源泉，只有追本求源，才能贯古通今，其主要研究思路和方法可归纳为以下各点。
一、通读原文把握总体
攻读《内经》原著，实为研究《内经》的首要一环。所谓攻读原著，就是要对《素问》、《灵枢》必须逐篇逐句攻而读之，只有这样，才能把握全貌，将一部《内经》了然胸中。只有经过通读原著，才能对《内经》的整个学术思想体系有全面的认识。否则，只能是管中窥豹，见其一斑而已。
兹将《内经》理论体系列表如下，以供参考。
从上表可知，《内经》理论体系内容甚广，它包括了脏象、病因病机、病证、诊法、治则、五运六气等六大学说。
二、独立思考提要钩玄
在通读《内经》的基础上还需提要钩玄，如只通读，往往茫然，所以要抓住每篇的重点、疑点、难点做读书笔记或卡片。
1．提要卡：对《内经》每一篇作出内容提要。如《素问·病能篇》提出三点：
①以胃脘痛等数种疾病的病因、病机、病态、诊断与治疗如何，提示人们临证观察分析病态的意义和方法；
②讨论了阳厥、酒风的病机及治疗方剂；
③论述了揆、度、奇、恒的涵义。
2．节录卡：对一篇中的某一段或几段重要内容进行节录分析。如《素问·生气通天论篇》：“凡阴阳之要，阳密乃固，……精气乃竭”一段，提示四点：
①阴阳平衡的重要性；
②阳气在阴阳平衡中的主导作用；
③阴阳失调的危害性；
④调和阴阳是治病的根本法则。
3．索引卡：对某些篇目名词作出索引，如“四维”相代《内经》多次出现，指出每篇含义。
4．目录卡：做出对《内经》有关内容分类目录，如全身望诊：
①望神志，列《灵枢·癫狂》、《素问·阴阳脉解篇》、《素问·调经论》等篇目；
②望色泽，列《灵枢·论疾诊尺》、《灵枢·水胀》、《灵枢·决气》等篇目；
③望形态，列《灵枢·论疾诊尺》、《灵枢·水胀》、《素问·平人气象论》等篇目。
分部望诊再分出审颜面、察目、察舌、望口唇、齿龈、耳鼻、望皮肤、爪甲、望排泄物、望络脉等内容，列出有关篇名，以便检索。
5．专题卡：对讨论《内经》某一个专题内容如三焦、病机十九条等写出文摘提要。
三、确立专题深入研究
研究《内经》应确立专题，要对有关内容进行归纳分析，把一个个问题系统化。如关于《内经》的养生长寿学说、医学气象问题、体质问题等，都需要进一步研究。例如体质问题，《内经》已多有论述，它不仅注意到个体的差异性，并对人体类型作了若干分类，这理论贯穿在生理、病理、诊断、治疗等各个方面，但论述零散，尚未形成为学说。研究这一问题，不仅出于诊断学的需要，而且对进一步深入研究人体具有开拓和启发的意义。
研究学术问题，不可轻易肯定或否定，抑或人云亦云，要独立思考，深入研究。如五运六气学说，在中医理论体系中占有重要地位，历来争议纷纭，直至今天仍存在严重分歧，其科学价值到底如何？是保留之，还是摒弃之？只有在认真研究《内经》运气篇章的基础上，广泛收集古今有关研究文献，弄清五运六气学说的来龙去脉、基本内容、历代医家的见解和运用情况，对这一学说的形成和发展现状有一个系统的了解，才能作出有意义的评价。
专题研究可多学科进行。《内经》中许多理论总是涉及内容非常广泛，除医学外，还涉及到天文学、气象学、声学、生态学、人类学、哲学、史学、文字学等多方面的知识。因此，联系其他学科进行多途径、多侧面的研究，也是重要途径之一。
四、联系实际学以致用
研究《内经》的目的，在于为医疗实践服务，因此，学以致用是最好的学习方法。如《内经》指出“治痿独取阳明”（《素问·痿论》）；治咳要重视“此皆聚于胃，关于肺”（《素问·咳论》）的病机；治水则当考虑到“其本在肾，其末在肺”及“肾者，胃之关也，关门不利，故聚水而从其类也”（《素问·水热穴论》），这些理论原则均需要我们在实践中加以理解。
对于学习方法，《素问·着至教篇》提出了五个字：诵、解、别、明、彰。诵，是诵读，只有诵读才能了解全貌，并对重要内容加以记忆；解，是理解，就是对其精神实质、难点、要点以加分析；别，是归类鉴别，对有关内容加以分门别类，比较鉴别；明，就是在诵、解、别的基础上，系统掌握医学理论，使之了然胸中；彰是发扬光大，使理论用到实践中去，以取得显著的成绩。如果能把这五个字做好，《内经》的东西就不难掌握到手。
