辨病与辨证相结合，专方与专病相结合，是中医学对于疾病诊断和治疗的传统认识，也是刘氏多年来学习《伤寒论》的体会。他认为《伤寒论》不仅为诊疗外感疾病提出了辨证纲领和治疗方法，同时也给中医临床各科提供了辨证和治疗的一般规律，是辨证与辨病相结合的典范。
刘氏灵活运用《伤寒论》理论，或以纲挈病，或以病分证使辨证更为准确，治疗更为恰当。以太阳病为例，太阳病是病邪作用于体表的阳性证，治疗法则当发汗，但应视不同情况而分为不同“证”来治，如见发热、汗出、恶风、脉缓者，是桂枝汤证，则用桂枝汤治疗；若见发热，无汗，身体疼痛恶风而喘，脉紧者，是麻黄汤证，则要用麻黄汤治疗；若见项背强急，无汗，恶风者，是葛根汤证，则用葛根汤治疗；若见恶寒、发热、身疼痛，不汗出而烦躁者，是大青龙汤证，则要用大青龙汤治疗。如果不仔细辨证，用得其反，不但无益，反而有害。
《伤寒论》以“六经”为提纲来分析人体在病因作用后阴阳的消长胜复、正邪盛衰，从而判断疾病的性质、传变、转归等，以之作为辨证依据；同时也可以根据经络理论来认识疾病，以之作为辨病的理论基础。《伤寒论》一书在以六经辨病的同时，对每一种病又都与阴阳表里寒热虚实八纲辨证密切结合起来，因此六经辨病与八纲辨证相结合也就成为《伤寒论》中辨病与辨证相结合的主要形式。
关于辨病，《伤寒论》中其辨病方法较多，主要有：一是六淫辨病，即根据邪的性质辨病，如中风、伤寒、伤湿、温病等，二是根据不同疾病的特点以“太阳病”“阳明病”“少阳病”“太阴病”“少阴病”“厥阴病”的提纲来辨病。三是根据特有病象征辨病，如“喘家”、“汗家”等。
辨病与辨证是从人体不同侧面的现象来认识疾病的本质，都应通过对各种临床现象的对比、分析、辨别、判断才能抓住本质，故尔刘氏强调辨病与辨证应有机地结合，才能准确地辨别现象与本质。如治疗儿科哮喘病，即是局部辨病与中医整体辨证的结合。中医认为哮喘的病位，新喘在肺，久喘在肾；治则为“发作时治肺，平时治肾”。应根据望闻问切判断寒热，确定病性，通过温阳宣肺降气，扶正补虚，理气祛痰等手段，可有效地提高机体内激素水平，提高β受体兴奋性，则疗效可有较大提高。再如痢疾，中医认为有新痢、久痢之区别，有湿热痢和寒湿痢的不同，故选方用药就截然不同，如太阳病下痢，在太阳病伴证中见有下利不止，表未解，用葛根芩连汤；而热痢下重，脓血夹杂，要用白头翁汤；若下痢不止伴脏气虚，要用桃花汤。在同一病下可有不同的辨证结果，治疗也随之各异，体现了中医辨证的灵活性和多样性，是中医精髓之所在。
当然，在千变万化的临床中，刘氏对辨证与辨病二者的结合做到心中有数，从舍自如，对于有的病往往在临床上已无明显的诊断指征，如一些原因不明的腹泻，大便镜检与培养为阴性，而中医辨证有明显的脾胃虚弱或脾肾阳虚，故可分别采用参苓白术散或附子理中汤加减，常可振奋胃肠系统的功能而止泻。对于一些原因不明的低热，则按中医辨证，根据季节、地区、个人体质而区别为暑湿、气虚、阴虚等，分别采用芳香清暑化湿、甘温除热、滋阴清热等法，常可获奇效。
临床上还有一种情况，即病仍存在，证已不明显，如小儿下焦湿热型肾盂肾炎，在采用清利下焦湿热方法治疗后，下焦湿热证的症状尿急、尿频、尿灼感已消失，患儿体温恢复正常，而尿液化验却仍有脓球，细菌培养阳性者，说明肾盂肾炎未愈，此时若认为症状消失而病愈停药，则使疾病迁延，造成不良后果。故在临床用药时要坚持辨病与辨证的结合，才能彻底治愈疾病，并采取相应措施，消除复发。
在病、证、方、药结合方面，刘氏主张以《伤寒论》六经为纲辨证治疗小儿病，体现了刘氏辨证论治的思想。六经各有其主证，证各有其主方，方各有其主药，如：“太阳病，桂枝证，医仅下剂遂不止，葛根黄芩黄连汤主之。”这既体现了明确的原则性，又包含着高度的灵活性。在《金匮要略》中有“黄疸病之主以茵陈、砭石剂”，胸痹证之主以瓜蒌、薤白剂等，治疟用小柴胡汤、常山、草果等，从而为专病、专方、专药结合奠定了基础。
《伤寒论》主方严谨，选方精炼，组方周密，药随证变，服法细微，示人以法。刘氏非常崇敬仲景辨证之法，施治之方，在临床时常常告诫我们，治疗某一疾病，必须视其证候先立法，然后确立主方，在一主方中必有一主药为首，随证加减。多年来刘氏把《伤寒论》方用于儿科疾病，由于掌握得当，疗效是肯定的。譬如：用麻杏石甘汤治疗小儿肺炎，用小青龙汤治疗小儿哮喘；用苓桂术甘汤加减治疗小儿痰饮；用麻黄连翘赤小豆汤加减治疗小儿急性肾炎；用附子理中汤治疗小儿脾肾阳虚的腹泻；用炙甘草汤治疗小儿心悸证；用金匮肾气丸（桂附地黄丸）治疗小儿消渴证等都取得了很好的疗效。
