整体医学是近代西方科学哲学从还原论向系统论回归的必然结果，是医学科学发展到一个崭新阶段的标志，而中医学则远在数千年前就将整体观念作为建构中医学术的理论基础，整体观念便成为中医学的基本特点。中医学将天人、形神、心神合为一体，建构了以五脏为中心的机能活动的系统理论，直接以人的活体作为研究对象，动态地研究人体的生理、病理过程，从人与自然、社会及体内各种机能活动的复杂关系去探索生命的本质和规律，从而形成了自己独特的理论体系。但中医学由于历史的原因，其科学形态还处在朴素阶段，其概念原则与理论尚缺乏严格科学意义上的分析、加工和整理，尚不能准确、精密地掌握理论的各个细节，因此，必须正确地认识和对待中医学理论体系，必须在继承的基础上不断地发展中医学理论。对科学技术来说，发展是永恒的主题。没有发展就会逐渐背离科学技术自身的特征和规律，在历史的发展过程中逐渐失去其科学性，中医学也是如此。
科学的进步实际上是理论的进步。科学的发展总是以理论发展为先导的。因此，中医学的发展必须以中医学理论的发展为前提。要把理论研究放在中医科学研究的首位，特别是重视基础理论研究。科学理论具有继承性和预见性，是传统和创新的统一。在中医理论研究中，继承前人的成果是为了预见未知，遵循传统是为了打破旧的传统而创造新的理论。
中医学理论研究包括文献研究、实验研究和临床研究三个方面。中医文献汇集着历代医家的辛勤探索和研究成果，是从事中医科学研究的基本素材，也是发展中医学的阶梯。因此，我们要重视文献研究，特别是专题文献研究，努力探骊索珠，继承前人的学术经验，并使之更加系统化，为实验研究和临床研究奠定基础。实验研究是指实验观察和模型实验观察而言。实验研究是证明和发展科学知识的有效手段，是产生新理论的基础和源泉。中医理论的实验研究必须在坚持中医特色的同时利用现代科学技术和现代化手段，赋予中医学理论以现代科学内涵，才能不断地发展中医学理论，在动物实验中应坚持整体性设计、动态观察、系统性分析的原则，把宏观综合与微观分析密切地结合起来。时刻追踪现代先进科学技术，注意从基因工程、细胞工程、酶工程、受体学说、免疫网络学说等方面去探索可能的结合点，根据中医理论从病因、病机、治则等多方面去研究和创造病证结合的动物模型，以促进中医理论实验研究的提高和发展。临床研究包括自然观察研究和试验观察研究两个方面，就中医理论来说，后者较前者更为重要。临床研究的任务在于：
①继承当代名老中医的学术经验，把经验转化为理论，丰富中医学理论；
②发现和研究临床实践中所遇到和提出的现有理论难以回答甚至与之相悖的现象和问题，并给予假定性的解释，不断地为实验研究提出新的课题；
③验证实验研究所取得的理论成果的真理性。实验研究的目的是为了创新，通过实验所获得的新的理论是否具有真理性，在于它是否能指导临床实践。实践是任何理论的真理性，从而也是评价其进步性的惟一的、最高的客观标准。因此，中医学理论研究必须坚持联系实际的原则，重视临床研究，即理论的应用研究。
迄今，中医学理论研究虽已取得了可喜的成果，有了长足的进步，但这些成绩与时代的要求还相去甚远。科学研究需要彻底依附于传统，但突破性的成功又在于与之决裂。面对现代生命科学的飞速发展，必须改变和更新自己的传统观念和习惯，既植根于传统之中，又敢于打破旧的传统而获得新知，加速发展中医学理论。
