《金匮要略校注》系卫生部和国家中医药管理局下达的科研项目，校注中医古籍的目的在于保持和恢复原书原貌，因此选择底本和校本是搞好校注工作的关键，而选择底本又是关键的关键。
《金匮要略》汉代张仲景著成问世后，虽经北宋林亿等人校定，但原版已佚。目前国内所流行的版本主要有明代赵开美本和明代吴勉学《古今医统正脉全书》本等。何任主编《金匮要略校注》时，想方设法，从全国各地收集了多种《金匮要略》版本，如中国科学院图书馆的明代无名氏仿宋本、上海中医学院图书馆的明嘉靖年间的俞桥氏本等等。经过认真比较，最后确定北京大学图书馆发现的国内孤本、珍本元仿宋本作为《金匮要略校注》的底本。其理由是：
其一、根据目前掌握的资料，元仿宋本是《金匮要略》最早的一种版本，与其它版本相比更接近张仲景原书原貌。
其二、元仿宋本不仅时间早，而且质量也比较高。清末杨守敬称该本为“稀有之籍”。例如：《金匮·惊悸吐衄篇》中有“师曰：尺脉浮，目睛晕黄，衄未止；晕黄去，目睛慧了，知衄今止”的条文。“尺脉浮”三字，其它版本均作“夫脉浮”，从医理上讲以“尺脉浮”为妥。由此可见，元仿宋本比其它版本更为可信。
当然，校注《金匮要略》并非就是选择底本。底本再好，也会不同程度地存在一些问题，这就需要通过认真的校勘、训诂来加以校正。例如《金匮·痰饮咳嗽病篇》木防己汤方下，石膏用量为“如鸡子大12枚”，折合量约500～1000克，如此剂量，令人费解。在与《外台秘要》校对时发现石膏用量作“鸡子大三枚”与临床实际用量相近，当从无疑，这些问题均在校勘中说明。
总之，何任主编的《金匮要略校注》，一方面使国内《金匮要略》孤本、珍本得以保留下来，流传推广，让海内同仁共睹。另一方面，通过认真的校勘，析疑正误，吸收了其它版本的长处，校注成一本较高质量的《金匮要略》版本，对继承和发扬《金匮要略》是有作用的。
