中医诊治疾病的特点，主要是辨证论治，秘方、验方应在辨证论治的基础上加以应用。因此，陈氏十分强调掌握辨证论治方法。他说，从具体运用上看，各科有各科的辨证特点，但彼此之间又有共通之处，因此，掌握各科的辨证特点是前提，抓住共通之处是关键。一般来说，无论任何疾病都有阴、阳、表、里、寒、热、虚、实八纲之辨，由于这是一切疾病辨证的总纲，所以都要落实到“证”上。
一、明辨病因，审因论治
《医学传心录》云：“百病之生，各有其因，因有所感，则显其症。症者病之本，因者病之标。”中医认识病因具有特殊性，是以“审证求因”（因发知受）的方法获得的，即是以病证的临床表现为依据，通过分析疾病的症状、体征来推求病因，为治疗用药提供依据。实质上它是一种将内因、外因统一起来，具有整体观思想的辨证求因的认识病因方法。
审证求因，又称为病因辨证，是中医辨证论治的重要环节，充分体现了中医整体、恒动的特点，具有很高的实用性和科学性。追踪病史，察明始发病因具有重要意义，在辨证论治环节中不容忽视，对疾病的正确诊治，特别是对疑难怪病的辨治有很大帮助。《三因方》指出：“凡治病，先须识因。不知其因，病源无目。”陈氏反复告诫弟子：病因清则病源明，这是治病求本的关键，然后立法处方，使病与方皆相应，才有疗效可言。反之，若病因不明，治疗漫无目的，遣方用药又岂能中的。
陈氏临证时非常重视这一问题，注重病史的追踪，详细了解致病的始发原因，特别是对一些疑难病和痼疾，每每从追踪病史入手，找到治疗的关键，切中肯綮，一矢中的。
二、详察标本，治分缓急
一般而论，标根于本，标是现象，本是实质，只要病本解除，标病则随之而解。但标本是一个相对的概念，如病因与症状，先病与后病，病在内与病在外，正气与邪气等都有标本的关系存在。治病分标本，是中医的一大特点，《素问·标本病传论》曰：“知标本者，万举万当；不知标本，是谓妄行。”陈氏法尊仲景，尤其对仲景“汗下先后，缓急有序，标本分治”法则，非常重视，他常说：病人有标本，犹草木之有根苗，标者末，本者根源也。辨明标本既可分析病证的主次先后、轻重缓急，又可据以确定治疗的步骤，因而是十分重要的。若不明此理，常易治疗失当，轻则不愈，甚则使病情加剧或恶化。中医所言标本包含甚广，如以邪正言，正气为本，邪气为标，祛邪为治标，扶正为治本；以疾病言，病因为本，见症为标，对症处理为治标，审因论治为治本；以病之久暂言，旧病为本，新病为标，治新病为治标，旧病为治本；以证候言，急者为标，缓者为本，急则治其标，缓则治其本。陈氏临证，亦如其言，标本缓急，法度谨严。
例如：治疗慢支炎、肺气肿、肺心病，陈氏认为，从生理而言，“肺为气之统，肾为气之根；肺主出气，肾主纳气”（《医原》），呼吸关系肺、肾两脏。从病理而言，咳喘之证“实喘者有邪，邪气实也；虚喘者无邪，元气虚也”（《景岳全书》），实喘责之于肺，虚喘责之于肾。因此治疗上，发作时重在治标，治标重在肺；平时治本，治本重在肾。若咳喘甚，痰涎多，则根据患者脉证，辨证论治，重在治标。寒证常选用小青龙汤、苓甘五味姜辛汤、射干麻黄汤等；热证常选用麻杏石甘汤、清金化痰汤、清气化痰丸等；痰涎盛者，多用瓜贝二陈汤、枳桔二陈汤等；不偏寒热者，常选止嗽散加减应用。待痰涎少、咳喘平，标症控制后，则选用自拟新定蛤蚧散（百合、枸杞、蛤蚧、川贝母、胡桃肉等）炼蜜丸或做散剂嘱病人长服，调补肺肾、重点治本。陈氏缓急有序，标本论治，层次清晰，用此法治愈了不少老慢支、肺气肿等咳喘病人。
又如：治疗泌尿系疾患，如尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎等，在急性发作期重在治标以控制症状，常选用自拟新加二妙散。标症一除，则以六味、八味、左归、右归等培补肾气，固其根本，巩固疗效，以防复发。
陈氏认为，急性肾盂肾炎初起多属实证，慢性肾盂肾炎急性发作则多属虚中夹实证，而非急性发作者则多为虚证。有明显的小便频数，量少涩痛，为湿热蕴结膀胱所致，属标急证实，此时以祛邪为主，新加二妙散是陈氏最常选用的有效方；若兼见血尿者，常加用大小蓟、白茅根、丹皮；腰痛酸软者，加杜仲、续断、桑寄生；尿道有刺痛，加生熟蒲黄、滑石等。标症消失，重在补虚固本，根据不同病情，酌情选用，属肝肾阴虚者，选用六味地黄丸、左归饮；气阴不足者，选用生脉饮、大补元煎；属肾阳不足者，可选用金匮肾气丸、右归饮等。攻补要把握好时机，标急之证，邪气未除，早用补涩，难免有留邪之弊而使病程迁延；标症已除，过用清剂，又会徒伤正气。
因此，临证之际，当密切注意病机变化，随其虚实而灵活掌握，方能获愈。
三、经带病证，治有新意
陈氏常说：虽然各科有各科的辨证特点，但彼此之间又有共通之处。他不但长于内科杂病，对于妇科病证亦别有会心，常常不落窠臼，独辟蹊径。
1．降气引血，治疗倒经月经来潮前一、二天，或正值经行时，出现有规律的吐血或衄血，每伴随月经周期发作，常可导致月经减少或不行，似乎月经倒行逆上，称为“经行吐衄”，或称“倒经”、“逆经”。陈氏认为：产生倒经的主要原因是血热气逆。气为血帅，血随气行，气热则血热而妄行，气逆则血逆而上溢，有升无降，倒行于上。故治疗时，当以顺降为主，“顺气调经，经自准也”（《万病回春》）。
陈氏常于清热调经方中加善能降气之苏子，使气降则血降，气顺则经调。
“气为血帅，血为气母”，气赖血以载，血赖气以行。倒经一证，盖由气火上扬，逼血上溢而成“错经妄行于口鼻者，是火载血上，气之乱也”（《万病回春》）。陈氏以降气为先，气降则血降，再配以调经引血下行之品，“复其下行为顺之常”；血热者，配以清热凉血；肝郁者，结合疏肝解郁；阴虚者，滋阴润燥，一般二、三剂药多能取效。
2．健脾止带，巧愈头痛陈氏治疗妇人头昏痛，常要询问其带下情况，陈氏谓：带下量多，常是导致妇人头昏头痛的主要原因，多为脾虚湿气下流所致。陈氏常将其通俗地比喻为“泄气之皮球”，气漏于下，头昏头痛于上。治其带下，头昏痛自愈。
导致妇女带下之原因众多，脾虚、肾虚、湿热之邪均能致病，故临床上又有白带、黄带、赤白带等之分。临证又尤以白带为多见，缪仲淳在《女科经论》中指出：“白带多是脾虚，肝气郁则脾受伤，脾伤则湿土之气下陷，是脾精不守，不能输为荣血，而下白滑之物。……盖以白带多属气虚，故健脾补气要法也。”缪氏之语实为经验之谈，不但指出白带的病理机制，而且也阐明了妇人带下头痛的机理。头为诸阳之会，精明之府，脑髓之海。皆赖以气血濡养，《灵枢·口问》曰：“上气不足，脑为之不满，耳为之苦鸣，头为之苦倾，目为之眩。”《灵枢·海论》亦曰：“髓海不足，则脑转耳鸣，胫酸眩冒，目无所见，懈怠安卧。”脾（胃）为后天之本，气血生化之源，脾运正常，则气血化生，精微上注，则头脑清灵，元神旺盛。若脾气受损，运化失职，水谷精微之物不能上输以生气血，濡养头目，反聚为湿，流注下焦，伤及任脉，而为带下，即头昏痛带下并见之理。陈氏洞晓其理，故常以完带汤、参苓白术散、四君子汤等为主方。兼见肾气不足者，加用鹿角片（或鹿角霜）、杜仲、川续断、菟丝子等物；兼见湿热下注黄带明显者，合用二妙散、忍冬藤、红藤；白带量多者加白鸡冠花、乌贼骨、生龙骨等；兼见赤白带者，加入茜草根、黑荆芥、益母草。此即陈氏不治头痛头痛自愈，抓纲析机，辨证论治的高明之处。
3．清热除湿，遏止崩漏
妇女崩漏，最为大病，二者常相互转化，血崩日久，气血大衰，可变成漏；久漏不止，病势日进，亦能成崩。“崩漏之疾，本乎一证，轻者谓之漏下，甚者谓之崩中”（《济生方》）。引起崩漏的原因，过去医籍中记载以血热、血瘀、脾虚、肾虚为多，古有塞流、澄源、复旧之三大法。塞流者，是“急则治其标”法，旨在止血；澄源、复旧者，是“缓则治其本”法，澄源意在祛除病因，复旧旨在固本。陈氏临床几十年，又聆闻家秘，受教于先师，得先师指点，对崩中之大证，尤有卓见，对于将近更年期之妇女，体质肥胖壮实之阳崩证，为湿热作祟，用清玉止崩汤一方，屡有效验。
妇人年近经绝之时，血海已虚，血属阴类，虚则易于生热，加上素体肥胖，脾湿常重，乘虚下流，与热相合，逼血下行，而成崩中不止之候。这种病情，若用通套诸法，实难获效。故清玉止崩汤乃针对病机而设，经长期运用，收效颇佳。由于离经之血难以尽去，与湿热相合，瘀阻胞宫，故方中应用生地、丹皮、归尾、川芎、赤芍清热凉血，祛瘀生新；黄连、黄芩清热燥湿，坚阴止血；茯苓、半夏、陈皮、苍术、香附、甘草燥湿化痰，和胃理气；柴胡、升麻升提清气；且柴胡与半夏、黄芩、甘草相伍，寓小柴胡汤之义，有调整枢机之用。故诸药相配为方，具有清热凉血，祛瘀生新，燥湿坚阴，调和升降，理气化湿之功，以收不止血而血崩自止之效。
4．更年诸证，解郁为先
妇女更年期，发生在绝经前后卵巢功能衰退之时，一般在50岁左右常出现经行紊乱，头晕耳鸣，心悸失眠，烦躁易怒，烘热汗出，五心烦热，无端惊恐，忧郁猜疑，或浮肿便溏，腰酸骨楚，倦怠乏力等，这些证候往往三三两两、轻重不一的综合出现。有的可延续二、三年之久。陈氏对此病认识独特，他认为本病之本在肾，而标在肝，肝肾乙癸同源，又常相互影响，所以肝肾同治亦即标本同治，但更年期出现在老年阶段，老年人肾衰原是正常生理现象，故肾虽为本而治疗重点仍应在肝。从临床突出表现看，情志异常，情绪不稳定，自觉症状多，变异大来看，其病理机制仍以肝气郁结为主，故陈氏治疗此类病人，常以解郁为先，越鞠丸、逍遥散为其首选方剂，标急一除，然后以六味、杞菊、八味、二至、二仙等培肾固本。
更年期综合征，证候表现繁杂，变异性大，常随患者情绪而变动。陈氏抓住其证候特点，主张先以疏导为主，肝气郁结，则诸症蜂起，肝气疏达，则诸症缓解。标急之症控制后，然后可用培补肾气、燮理阴阳之品固其根本。若不注意解郁为先，徒用补益，常常欲速则不达。
四、辨证论治，结合专药
辨证论治的精髓在于审证析机，治病求本。强调立法组方，务要根据具体病情，因时因人因证制宜，针对病机，灵活善变，不可机械死板；审时度势，贵在法活机圆，病有动变，随证求治，总以切中病机为要。
陈氏将局部病变与整体情况结合起来论治，亦即以辨病为核心的辨证论治。在辨证中结合专药论治，是陈氏这一学术思想的具体体现。以辨证论治针对全身整体情况，以专药针对局部病变，既照顾到病变局部的突出矛盾，又照顾到疾病过程中不同阶段的主要矛盾，疗效显著，重复性强。
如治疗骨质增生。骨质增生是中老年人的一种常见的骨关节病证，又称为骨刺，是骨质退行性变所致，属于中医学骨痹证范畴。至今西医对本病尚无有效疗法，中医常用针灸、按摩、药物外敷和内服等，虽有一定疗效，但有的亦不够理想。陈氏据其临床表现和传统中医理论认为，本病主要关系着肝、肾两脏，“骨为干，脉为营，筋为刚，肉为墙”（《灵枢·经脉》），骨为肾所主，骨端为节，节与节相交称关。筋附于骨节，即关节结构的组织，如滑膜、韧带等为肝所主。
肾主骨生髓，肾气衰，故发生骨枯髓减；肝主筋，又为罢极之本，肝气衰则疲乏无力，甚至筋不能动。人体随着年龄增长和机体衰老，气血不足，“五脏皆衰，筋骨懈堕”，故骨、筋均发生退行性改变，导致骨质增生。所以，本病当以滋补肝肾，强筋壮骨，温通经络，活血化瘀，消症散结为法。然而一般方法疗效并不显著，陈氏通过多年临证体验，以辨证论治，结合专药治疗。
专药首选地牯牛。地牯牛为蛟蜻科昆虫蛟蜻蛉的幼虫。因其背有刺，能倒行，又名倒行狗子；性好睡，亦称为睡虫。幼虫常居于岩穴、屋檐下、干燥的砂地上，穴如营盆状，幼虫潜伏于穴底，待小昆虫堕入穴中，即行捕食。堕入之昆虫，以蚁为多，故又有蚁狮之称。地牯牛，辛咸，性温，有毒。功能消症散结，善“治症块、疟母”，“退竹木刺及铁砂入肉”（《四川中药志》）。陈氏取类比象将其运用于骨刺治疗，疗效显著，能消溶骨刺，改善骨关节病变。捉活地牯牛放入酒中醉死，入药，为必用之品。同时根据患者整体情况辨证论治，常同时配伍熟地、川续断、杜仲、枸杞、怀牛膝、桑寄生等，以滋补肝肾，强筋壮骨；加用海马补肾助阳，消症散结，与地牯牛合用，加强消溶骨刺，化瘀散结的功效，改善骨质病变；以鸡血藤、红花、川芎、当归、土鳖等活血化瘀，通行经络，改善病变部位的血液循环；配伍自然铜，入血行血，有散瘀止痛的功效；以细辛、秦艽、伸筋草、丝瓜络等祛风除湿，舒筋活络。以酒为溶媒，温通经络，直达病所，更胜一筹。
又如：以灯盏细辛为专药治疗高血压脑溢血、脑血栓形成、脑栓塞等后遗瘫痪症。灯盏细辛，又名地顶草、灯盏花，主产于云南，辛、微温，民间常将其研末蒸蛋服用，治疗小儿麻痹后遗症及脑炎后遗症瘫痪，功能活血舒筋，蠲痹通络，陈氏选用其为专药，并将之结合于辨证论治中，用于中风后遗症，有显著疗效。
再如：以牛马藤为专药，结合辨证论治，治疗帕金森氏病和舞蹈病。牛马藤又名油麻藤、藜豆藤，分布于四川、云南、贵州等地，四川主产于邛崃火井。甘温，无毒，具有行血补血，通经活络之功，一般将其用于风湿疼痛，四肢麻木，贫血，月经不调等证。陈氏考证牛马藤含有左旋多巴成分，对震颤麻痹等不随意运动，具有活血通络，息风止痉之功，因此独辟蹊径将其用治帕金森氏病和舞蹈病，疗效肯定。
