《素问·生气通天论》说：“阳气者，若天与日，失其所则折寿而不彰，故天运当以日光明。”从男女交合，到生命的形成，到机体的成长，到精神意识的觉悟谋虑，到脏腑功能的发挥，到四肢百骸的运动，到五官的言、行、视、听，到气、血、津、精的化、贮、布、用，到水谷精微的吸收，糟粕的排泄，凡人体生命活动的进行，无一不是阳气作用的具体表现。人身阳气根植于肾精，发源于命门，循三焦运行全身，阴无阳不化，精无阳不成，血无阳不生。赵献可喻之为“走马灯”中之火，张景岳视之为人身之“大宝”，确为人体生命活动之原动力。倘若真阳竭绝，则生机顿息。因此，陈氏在研治内伤杂病时，特别重视肾命，尤其长于补火益元。他指出：当今内伤杂病中，阳虚者过半，造成这种病理倾向的原因有三，一是生活，二是医药，三是疾病本身。世人不懂得“夫精者，生之本也”的重要性，不知节欲保精，积精全神，而是“以酒为浆，以妄为常，醉以入房，以欲竭其精，以耗散其真”，而令真阳亏损，此养生不慎所致也。自明清以降，热病之说昌行，本有羽翼伤寒之功，孰料临证运用，多偏执一端，滥用苦寒，致令虚寒病患者，又历雪上加霜之不幸，久而伤及真阳，此医误药误所致也。杂病多虚实相兼，矛盾交织，病程较长，五脏之伤，穷必及肾，无论所衰在何脏何腑或何种基础物质，日久必累及肾阴肾阳。阴亏者阳无由生，阳亏者阴无从化，阴阳互根，其盈虚总是紧密联系的，此杂病病理特点所致也。正是由于上述三个方面的影响，使得临床所见，阳痿早泄、宫冷不孕、肢体不温、二便清冷、筋骨痿软、心胸痛闷、腹胀纳呆、喘咳无力、气短自汗、痛经闭经、白虚胖、关节冷痛等与阳虚关系密切的病症比比皆是。人知阴精难成易亏，不知真阳易耗难生，补阴精者多，壮元阳者少，因而更使得阳虚患者与日俱增。
阳气虚衰，人体气血津液必然气化不及，布运迟缓，甚至潴留停积，而生痰水瘀浊之变，成为内伤杂病的重要成因，也是内伤杂病的重要病机。要想对这类病症进行有效治疗，就必须从根本上纠正这一病理机制。其最精当、最强而有力的纠正措施，不是行气利水，不是破瘀荡浊，也不是宣肺涤痰，而是益火培元。命火旺则三焦元真充沛，气血流转，阴凝自散；元阳盛则脏腑强健，形骸坚劲，化育无穷，生机勃然。不化痰而痰自化，不蠲饮而饮自蠲，不行气而气自行，不散瘀而瘀自散。益火培元可以重新激活和最大限度地调动机体的排污去废和自我修复能力。
陈氏认为：只要医家正确运用本法，病家持之以恒，前述多种病症都能从根本上得到好转，甚至彻底康复。
体现益火培元法的医方甚多，如内补丸、右归丸、右归饮、金匮肾气丸、参附汤、四逆汤、真武汤等等。陈氏对上述各方均研究深刻，运用熟练，而尤以对真武汤的运用最为精妙。化裁40余种，治病50余证，半数以上是他个人的创造性发挥。如以此方为中心结构，加减化裁，治疗慢性气管炎、慢性肠炎、前列腺肥大、肥胖、阳虚感冒、遗精滑精……都是前人所不曾道及的（其具体内容参见“方剂学成就举隅”一文）。陈氏在运用补火益元诸方时，补火特别重视和擅长对附子的运用。他指出：附子大辛大热，性质悍烈，作用迅猛，补火益元，力最雄峻。用救肢冷脉微、冷汗淋漓的亡阳虚脱之变，其功最着，其效最捷。它如腹泻腹胀、水肿、眩晕、肢体冷痛诸证，但属阳虚湿滞所致者，用之亦效如桴鼓。陈氏运用本品，常与姜同伍，欲其温而散者用生姜，欲其温而燥者用干姜。制附子用量10～50克，均要求较其它药物先煎，每10克约先煎20分钟，先煎时间随药量变化而增减。益元特别重视和擅长对人参的运用。他说：人参大补元气，安五脏、益精神、兴肾阳，力大而性驯，效佳而又安全。用治短气喘促，大汗脉微之元气将脱重证，确有起死回生之功。它如纳呆口淡、自汗、怔忡、惊悸、健忘、失眠、阳痿、阴冷、神疲倦怠等证，动用本品亦有显著疗效。陈氏运用本品，救脱常与附子同伍，一暖命门，一补元气，相得益彰，其力倍增。益元则多同紫河车、鹿角胶相配，取其精生于气，气化于精。陈氏临证数十年来，运用补火益元法拯危起困，不可胜数。
