祝氏根据《内经》“正气存内，邪不可干”的理论，认为慢性久病、重病在发病上以虚为本，治疗以扶正为主，尤为重视脾肾两脏对人体生理病理的重要作用。尝谓：“脾为后天之本，气血生化之源，血之统在脾；肾为先天之本，元阴元阳之宅，气之根在肾。脾肾两脏与其他脏腑之间相互滋生和影响，若脾肾有病，不但本脏受累，而且很容易影响到其他脏腑；反之，其他脏腑气血虚衰，也必累及脾肾。当慢性疾病发展至五脏受损，证情纷繁，治疗棘手之际，惟有培补脾肾一途，其他症状则迎刃而解。”这与清代医家吴谦“凡病久虚不愈，诸药不效者，惟有益胃补肾两途”的见解是一致的。如祝氏治疗气阴两虚型糖尿病，常常重用生黄芪、苍术健脾益气，敛脾精；重用生地、元参滋阴补肾，固肾精，立足于培补脾肾之本，则燥热消渴自除。
祝氏融会了李东垣、张景岳等研究脾肾学说的理论，在论述脾肾的生理病理时说：“内伤杂病因于脾肾虚损者至为多见，推其原因，有饮食不节，劳倦过度者；有忧思不解，精气暗耗者；有房劳酗酒，肾气受斫者；有外感不解，入里伤正者。常见病证有痰饮、咳喘、水肿、虚劳、消渴、泄泻、淋证、阳痿、崩漏、不孕等等，可知中医脾肾的生理功能与西医的消化、血液、泌尿、免疫、内分泌等系统均有关系，对这些系统的慢性疾病，均可在辨证的基础上施以培补脾肾治疗，达到扶正祛邪之目的。”如祝氏治疗干燥综合征，病人除有口眼干燥、唾液、泪液缺乏之外，常伴乏力、气短、食不甘味等脾虚见证，他认为属脾气虚弱，气不化津上承所致，故每以补中益气汤加沙参、生地、麦冬、五味子以益气生津则津液自生。又如治疗白细胞减少症，常根据肾主骨生髓的理论投以大剂量益肾填精药物治疗后，血象恢复正常。祝氏培补脾肾的方法可以概括为三个方面：
一、脾肾分治
1．补脾：视病情之不同，或以益气健脾为主（常用五味异功散、香砂六君子汤）；或以升阳举陷为主（常用补中益气汤、调中益气汤）；或以温阳健中为主（小建中汤、黄芪建中汤）；或以健脾燥湿为主（平胃散、防己黄芪汤）；或以调理升降为主（半夏泻心汤）。只要脾胃强壮，脏腑气血得以滋养，诸虚自愈。
2．补肾：肾脏有肾阴肾阳之分，肾阳蒸化肾阴成为肾气方得以发挥其功能。补肾阴常用六味地黄汤、杞菊地黄汤，补肾阳常用金匮肾气丸、右归饮。常用于补肾气的药物有川断、杜仲、桑寄生、狗脊、菟丝子、五味子、女贞子、补骨脂、益智仁、肉苁蓉等，此类补肾药不温不燥，不滋不腻，凡肾气虚者较为适宜。如胎漏，多为肾气不固，气血失养，故用寿胎丸（川断、桑寄生、菟丝子、阿胶）加黄芪、白术、黄精、当归补肾益气，填精养血。肾气得固，精气充盛则胎孕得以摄养。又如治不孕证，认为受孕的关键是肾气的旺盛。精血充沛，两精相搏，阴阳调和，合而成形，方能有子。故常用五子衍宗丸加女贞子、韭菜子、蛇床子、紫河车、川断、肉苁蓉、黄精等制成丸药久服。
二、脾肾合治
前人尝有“补脾不若补肾”、“补肾不若补脾”之争论。实际上脾虚日久未有不累及肾者；肾虚及上，未有不影响脾者，故补脾抑或补肾，应视病情而定，不可拘泥。若见脾肾俱虚则宜脾肾双补，但也有主次之分。如重症肌无力症，类似中医的痿证，常见四肢肌肉痿软无力，眼睑下垂，气短言微，不耐劳累，视歧头晕等脾肾俱虚之象，治以补脾为主，兼以补肾，常用补中益气汤加川断、桑寄生、菟丝子、金狗脊、功劳叶、千年健等治之。肾炎水肿发于下肢，小便不利，腰酸膝软，乏力纳差，治以补肾为主，兼以健脾利水，常用六味地黄汤合防己黄芪汤加车前草、旱莲草、川萆薢、石韦等治之。祝氏在运用脾肾双补时，常效仿薛己的朝夕同服之法，如治疗内伤虚损，常是朝服补中益气丸以升举阳气、强壮脾胃，夕服六味地黄丸或杞菊地黄丸以滋肾养血，固其根本。又如治疗妇女闭经，平素朝服女金丹调经养血，温肾益精，夕服八宝坤顺丸气血双补，健脾行气；至经期来潮之际则易与活血通经之汤药促其行经，往往收到良好效果。
三、脾肾互治
脾肾之间存在着先天生后天、后天养先天的关系。临床上胃病患者常有腰酸、腰痛、耳鸣、腿软的表现，肾病患者常有消化不良的症状，祝氏根据五行学说中补火暖土、培土制水的治则，从而悟出调理脾胃可以治疗肾病或补益肾气可以治疗胃病即脾肾互治的道理。曾治1例男性青年，患遗精、滑精近一年，甚则见色则遗，久药无效，殊感苦恼，阅其前服之方多为补肾涩精之品，询之脘闷少食、大便不爽，诊其舌苔白腻，脉滑。辨证为脾不健运，湿热下扰，精关不固而致，用香砂六君子汤加桔梗、枳壳、菖蒲、佩兰治疗而愈。
慢性肾衰尿毒症病人，多有泛恶呕吐、不思饮食、神疲倦怠等脾胃不和见证，故常用香砂六君子汤加减治疗，不仅能消除症状，血肌酐、尿素氮也有不同程度下降。消化性溃疡病人，病位虽在胃，但每兼腰痛畏冷、阳痿不举之象，祝氏从补肾着手用验方钟乳石方（钟乳石30克、肉桂3克、黄柏3克、蒲公英30克、生甘草6克）治疗。方中钟乳石、肉桂甘温补命门、壮元阳、暖脾胃；黄柏苦寒入肾坚阴；蒲公英、生甘草清热消炎，全方以补肾温阳为主，佐以苦寒之品，寒温并施，以达到补火暖土之目的。再如治疗慢性腹泻，病在胃肠，根蒂为脾肾阳虚，寒湿不化，祝氏常用肾着汤合四神丸温肾祛寒，酌加苏藿梗、白芷、薏苡仁、怀山药、芡实米健脾燥湿，亦属从肾治胃之法。
