杨氏临证，素以配方严谨，穴少精当，运巧制宜著称。不主张用大方多穴。他说：只要治疗方向对头，穴位虽少，病情总有起色，“少则得，多则失”，况且针灸治病是“以巧拨千斤”。因此，一穴能治者不宜二穴，两穴能治者不宜三穴，每次最多不过五、六穴。他十分赞同明代李梃“百病一针为率，多则四针，满身针者可恶”的观点。
在选穴组方方面，杨氏一般按“本经有病本经求”、“病随经所在，穴随经而取”、“主辅佐使”的原则来确定。即病在何经选取与病相应的适当腧穴，按主穴、辅穴、佐使穴组合成方。主穴乃针对主证起主治作用而设，输穴是指辅助主穴加强疗效而选，佐使穴是治疗兼证而用。如阳明热盛下牙痛，宜清泻阳明热邪，选合谷为主穴，颊车为辅穴，若兼有头痛加头维为佐使，以此相配。穴位虽少，但力专效宏，恰中病机，疾病可愈。若目的不明，乱施针艾，“头痛针头，足痛针足”，则病难瘥矣。
擅用特定穴是杨氏选穴配方的一大特点。如治疗急性热病或肢端麻木症，常选各经井穴刺血，具泻热、通络之效；胃肠病则多用下合穴、俞募穴，俾气机通利，升降有司；久病则每用原穴主补益脏腑元真之气。值得提及的是，杨氏临证，尤喜用交经八穴和天星十二穴。常以足三里、内庭、曲池、合谷、委中、承山、太冲、昆仑、环跳、阴陵泉、通里、列缺、内关、公孙、外关、后溪、申脉、照海、临泣等穴，互相配伍应用，遍治临床各科疾病。杨氏尝谓：以上十九穴，是针灸临床常用的重要腧穴。其中天星十二穴，分布于人体七条大经之上，能通十二经脉，可理脏腑虚实，即所谓“三百六十穴，不出十二诀”。而交经八穴，是属正经而通奇经，能调阴阳、和气血、平脏腑、理寒热，穴力宏深，经历代医家长期实践检验，证明其疗效确实，大有推广应用之必要。
喜用担截配穴法，是杨氏组方配穴的又一大特点。“担截”一词，首见于金代著名针灸家马丹阳《天星十二穴治杂病歌》中“合担用法担，合截用法截”，其中“担截”二字颇令后之学者费解。杨氏认为：担截法不是指的补泻手法，而是一种上下单双配穴法，寓穴数奇偶的变化于配穴之中。正如杨继洲在《拦江赋》中所说：“担截之中数几何？有担有截起沉疴”。杨氏认为临床应用约有三种法则，即马丹阳天星十二穴配穴法、交经八穴配穴法和本经配穴法。也就是说取肢体两侧的同名穴称为担刺法，一侧穴称为截刺法，取上肢者称为上担上截，取下肢者称为下担下截。亦可在经脉两端取穴为担刺法，中间取穴为截刺法。一般而言，病在脐上者，用上担下截法；病在脐下者，用下担上截法。现将杨氏常用的几种担截配穴法举例如下。
1．牙痛取双侧合谷为担刺法，取一侧合谷为截刺法；胃脘痛取双侧足三里为担刺法，取一侧足三里为截刺法。
2．心胸胃病取上肢双侧内关，配下肢一侧公孙；小儿急惊风取上肢双侧合谷，配下肢一侧太冲，此为上担下截配穴法。
3．失眠症取上肢一侧神门，配下肢双侧三阴交；胸胁痛取上肢一侧支沟，配下肢双侧阳陵泉，此为上截下担配穴法。
4．上下担截配穴法，即上下取穴为担，中间取穴为截。如取百会、涌泉为担，中间取中脘一穴为截；又如脐周疼痛取承浆、气海为担，取神阙一穴为截；气喘取天突、气海为担，取膻中一穴为截。
5．经脉两端取穴为担刺法，中间取穴为截刺法。如上肢病取肩髃、合谷两穴为担，取曲池一穴为截；下肢病取环跳、丘墟两穴为担，取阳陵泉一穴为截；唇疔取商阳、迎香两穴为担，取曲池一穴为截；偏头痛取瞳子髎、足窍阴两穴为担，取风池一穴为截；腰脊痛取人中，长强两穴为担，取命门一穴为截。其余各经各穴均以此类推。
此外，杨氏还十分重视在同名的两条经脉上各取一穴，组成“穴对”以应用于临床。所谓“同名经”，即手足太阴、手足厥阴、手足少阴、手足阳明、手足少阳、手足太阳等十二条经脉，这六对同名经在人体头面躯干上部交接联系，构成经络系统上下联系的一种途径。同名经配穴法乃根据同名经同气相求的关系。如治高血压、眩晕等症，常取两厥阴经的内关、太冲；肩背痛取两太阳经的后溪、委中；胸胁痛取两少阳经的支沟、阳陵泉；咽喉痛、牙齿痛取两阳明经的合谷、内庭；腹痛取两阳明经的足三里、曲池；癫狂病取两太阴经的少商、隐白；心肾不交的失眠取两少阴经的神门、太溪等。这些穴对，精巧玲珑，圆机活法，力专效宏，既有精深的理论基础，又有重要的实用价值。
