脑为脏腑中的奇恒之府。奇恒者异于平常也。《素问·五脏别论》曰：“脑、髓、骨、脉、胆、女子胞，此六者，地气之所生也，皆藏于阴而象于地，故藏而后不泻，合曰奇恒之腑。”脑髓的生成是随着男女交合，二五之精，妙合而凝，形成胚胎。故《内经》云：“精成而脑髓生。”《圣济经》亦说：“阳施阴化，胚胎既融，必为有形之始者焉，命门是也。”李时珍也说：“命门……上贯脑。”《圣济经》补充之为：“命门既肇，然后生心、生肺、生肝、生脾、生肾，肾生骨髓。”孙东宿则云：“脑者，髓之海，肾窍贯通脑。”综上可知，胚胎一成，便生脑髓，相继生脏腑，外而皮肤肢体百骸。脑髓形成之初，脑髓左右不分，形体不辨，便是无极，故《性理精义》说：“无极之真，二五之精，妙合而凝，……二气交感，化生万物。”所以能生万物，内含精灵之气，是为无极真机。
真机者，负阴而抱阳，阳变阴和，则精变为气，气聚成形，形气交感，则形化而脑髓分为左右。左右者，阴阳之道路也；上下者，阴阳之升降也；阴阳者，太极也。故《性理精义》说：“太极本无极也。”因此，脑髓分为左右半球也是一太极，进应万事万物之变。故《性理精义》说：“万物统体一太极也。”太极动而生阳，动极而静，静而生阴，一动一静，互为其根，阴柔阳刚，阴舒阳缩，催化脑髓化生出“乃发细络如细腺”（《性原广嗣》）。此细络细脉是神机之元。神机者，“神经”也。
载于《太平经》，今移为解剖名词。张景岳说：“神之与机互相依伏，故神有所主，机有所从；神有所决，机有所断，神为机之主，机为神之使。”所以，《黄庭内景经》释之为“脑神”，《酉阳杂俎》释为“脑神曰觉元。”可见，脑神是神机之源，觉元是神机之用，觉元升降出入的路径曰神经。经者，径也、通也。而脑神之机与机体内外、上下信息之所以川流不息地传递，是因“肾窍贯脊通脑”。但由于脑神功用不同，《内镜》将头与脑髓分为“头有九宫，……泥丸乃一身之祖窍，万神汇集之都也。”可见，九宫中的泥丸宫是人体生命之枢。脑髓一生，则内涵“多精质之体”（《性原广嗣》）。并在太极作用下，化生出160亿个脑神经细胞，从而形成了人体的中枢器官——脑髓。
脑髓生理功能脑位于体之首，寄居于头，颅骨腔内为真宅，脑髓外层有募原护之。故经云：“头者，精明之府也。”李说：“脑者，髓之海，诸髓皆属于脑，故上至脑，下至骨骶，皆精髓升降之道也。”《华洋藏象约编》亦说：“夫居元首之内，贯腰脊之中，统领官骸，联络关节，为魂魄之穴宅，性命之枢机脑髓是也。”诸神之所象，为神机之源，统摄五神，故有神明之心的称呼。脑之元神的神机之所以能使脏腑经络、肢体百骸的生理活动若一，必须有脑髓的阴阳相互磨砺，“脑散细微动觉之气”。又同脑的元神之机作用，并能使之“脑散细微动觉之气”。此气能连接人体内外各种生理活动统一。这种生理活动联络渠道除经络之路而外，脊髓、任督二脉起传导之功，上下互接，内外相感，形神相应，以协调阴阳平衡，营卫和谐，以达安内攘外的作用。
脑分九宫，九宫皆有神，泥丸宫之神是高级中枢之神，即脑之元神，是统御五神之主。五神者，神、魂、魄、意、志是也。脑之元神与五神交会之物质是散动觉之气，精、津是载体，脊髓、任督二脉是信息传导之路。因此，神受此气，则百脉有主，动而有序，此为“脉舍神”也；魂受此气，而发知觉，能升、能受，能除秽也；魄受此气，而生运动，能降，治内也。《丹铅续录》说：“魂能知来，魄能藏住。”志受此气，则机体内外气化功能有统，生理机能活动有常，智慧乃成。故程子说：“夫志，气之帅也。”意受此气，则神发为之，主构思、意向、专一，意动而阴阳通，则人生矣。
《思问录》说：“由神动意，意动而阴阳之感通，则人物以生。”概而言之，“夫脑者，一身之宗，百神之会，道合太玄，故曰泥丸”（《修真十书》）。泥丸者，百节皆有神，故陈绍勋说：“头脑为神、魂、魄、意、志会聚之所”。因此，神统五脏精华之血，六腑清阳之气，皆上奉于脑，温养诸窍，而生精神、感觉、意识、思维、记忆、运动以及喜、怒、忧、思、悲、恐、惊、哀、乐、爱、憎、视、听、嗅、味、语言等。
脑与脏腑的生理互为一体五脏六腑生理功能，是以脑之元神统发五脏之神使然。即魂受元神之气，则魂动于肝，而肝之疏泄、藏血、调血机能得以舒达，其少阳升发之气，释放于胆，泌泄胆汁，以行通降。而肝之解毒、防御之能得以内通外达，此为“肝藏魂”，肝胆互为表理的内涵。
魄受脑神之气，则魄行于肺，而肺主诸气之能得以宣发，而行肃降，开达治理调节之功，通调水道，布水津，推行营卫，外润肌腠，主司皮毛，内以主施大肠传导之力，升清除秽也。进而维持神清体健之态矣。此谓“肺藏魄”，肺与大肠相表里的原委也。
神受元神之气，则神荡于心，内施心阳，阳动则心气内鼓，其开合得以张缩。故心动有节，心跳有律，使周身血液循环有序，以送清气，换带浊气，布水津，营运精微，进濡机体，则小肠气化能够济泌别汁，以共生命活动之需。此乃“心藏神”，心与小肠相表里之理也。
意受元神之气，则意发于脾，中气乃能斡旋中焦。土为中焦之主，脾胃所属，元气乃宗意动神行，则元气激冲于脾胃，脾胃必然得升，运化必转；胃得脾升之力，必降于下，以行腐熟化生水谷之能，游溢精液，内灌五脏六腑，外润肌腠，筋骨，四肢百骸。盖脾之湿，胃之燥得以相济，万物能化，进奉生命之所需。此为“脾藏意”，脾胃相为表里，互生互化之机也。
志受元神之气，则志统真元，气化释放有序，肾能封藏，精气内隐，动而出伎巧，有作强之力。男子天壬、女子天癸得助，始有生育之功，肾气受志之统，气化之气必施发于膀胱，使津液之清者内藏；浊者，化为尿液排出体外，以维持人体生理之洁也。
脑与命门是人体生化、生命之轴。李时珍说：“命门之体，非脂非肉，白膜裹之，在七节之旁，两肾之间，二丝着脊，下通两肾，上通心肺，贯属于脑，为生命之原，相火之主，精气之府，人物皆有之，生人生物皆由此出。”可见，脑气乃元神之气，皆由肾、命所供。此为“肾藏志”，“志，气之帅也”，肾与膀胱相表里的机理是也。
脑统七窍五官之使脑髓元神之机为七窍之司，五官是灵机之窗，故脑又称为“清窍”、“清空”、“窍络”等名。窍者，为神气出入之所；络是传导、反射之路；脑髓是接收之器，更是传出指挥之官。正如赵台鼎说：“脑为上田地神所居之宫，人能握元神棲于本宫，则真气自升，真息自定，所谓一窍开则百窍开，大关通而百关尽通也。”七窍生理作用，是展示脑神生理功能向外之能。故《灵枢·大惑论》说：“五脏六腑之精气，皆上注于目而为之精，精之窠为眼，骨之精为瞳子，筋之精为黑眼，血之精为络，其窠气之精为白眼，肌肉之精为约束，裹撷筋骨血气之精而与脉并为系，上属于脑，后出于项中。”可见，目与脑连，是脑向外反应的视物之器，接纳分辨色泽、大小、厚薄之官。目之能视物，审黑白，别长短，乃视神之功也。目之动，上视下视，左视右视，是为脑元神之使也。盖耳之听声聆音；鼻之嗅香闻臭，辨别气味；舌之酸、苦、甘、辛、咸、淡之味，皆为脑之元神之能也。故王惠源说：“耳目口鼻之所导入，最近于脑，必以脑先受其象而觉之，而寄之，而存之。”王清任亦云：“两耳通脑，所听之声归于脑——两目即脑汁所生，两目系如线，长于脑，所见之物归于脑，……鼻通于脑，所闻香臭归于脑。”此处肯定了七窍、五官为脑所主宰，神使之然也。人之前后二阴为泄浊之窍；廉泉为津窍以敷津施液；鬼门为汗窍，排泄汗液；茎为精窍，乃男女交接施布精液之道也。此皆归属脑之元神所司。古人有云：“天有七星，地有七宝，人有七窍权归脑。”脑为身之首，头为精明之府，脑是元神之府，“神依形则生”。人之外形即由经络、皮、肌、肉、筋、骨、腠理、募原、爪、毛、发、四肢相互联接而成。邵子曰：“形统于首。”《黄庭经》云：“百节皆有神，神名最多，莫能枚举。”《东医宝鉴》说：“神为一身之主”，“头为天谷以藏神”，“神者，一身之元神。”《内镜》说：“脑散动觉之气，厥用在筋，第脑距身远，不及引筋以达百肢。复得颈节脊髓，连脑为一，因遍及焉。脑之皮分内外层。内柔外坚，既以保身气，又以肇始诸筋，筋自脑出者六偶，独一偶逾颈全胸，……又从膂髓出筋十二偶，各有细络旁分，无肤不及。其以皮肤接处，稍变似肤，始缘以导气入肤，充病周身，无弗达矣。筋之体，瓤其里，皮其表，类于脑，以脑与周身联系之要约。”综观上述所载，人之经脉十二，络脉十五，经别十二，络筋十二，奇经八脉，孙络各具阴阳，以配表里。因此，阳经络脑，阴经亦在其中。故经络一气贯通，运行血脉，以相出入，通利水道，持阴阳之衡，皆脑神维之。
而“筋骨、脂膜、肌肉、皮毛、毫毛十者，人之所藉以为形者也”。“骨为本、筋束骨、膜裹筋，骨也者，以为梁栓也”。其动作是脑神所为。脂固膜，肉卫脂，肌泽肉，肤统肌，皮荣肤，毛护皮，毫辅毛，以成形体，即为“墙垣也”。皮毛之呼吸，腠理开张则汗泄，肌肉之松弛、收缩，皆为脑神使然。正如孙思邈所说：“头者，身之元首，人神之所法，气口精明，三百六十五络，皆上归于头。”关尹子也说：“因神有意。”即为此证矣。
总之，脑髓为藏象组成部分之一，为奇恒、元神之府，神机之源，在生理上以督脉、经络、脊髓为传导、反射之路。脑神之气与五脏之神气，六腑、皮、肌、筋、脉、五官之神气相互对接，进而产生了各种生理活动，使之若一，以协调阴阳气血。阴阳平衡，气得血以濡之，血得气以煦之，方能完成生生化化之功，适应自然对人体的影响，进达内外环境的统一，充分发挥人类的智慧、潜能。
