裘氏认为，一个临床医生最重要的是要掌握两条：一是识病，二是遣药。但无论识病或遣药，都离不开正确的思维的指导。历代名医所提出的“医者意也”一语，实际上就是临床思维的很好运用。唐孙思邈在《千金翼方》中说：“医者意也，善于用意，即为良医。”遗憾的是，很长时期来有人将此理解为随意诊病而斥之唯心的东西。裘氏则通过旁征博引，缜密思考，并结合自己的实践体验，把“医者意也”作为医生临床思维的基本要素，也是促进中医学术发展的创造性思维形式。
一、对“医者意也”含义的误解
据考“医者意也”一语，最早似出于《后汉书·郭玉传》“医之为言意也。”《旧唐书·许胤宗传》也载：“医者意也，在人思虑。”强调行医治病，贵在思考。此语原无可异议，但由于后世某些江湖术士的行为，使人产生了误解。据清代医家毛对山的著作中载：“古人用药，每取形质相类，性气相从以达病所，亦有纯以意运，如驽牙速产，杵糠下噎，月季调经，扇能止汗，蛇性上窜而引药，蝉膜外脱而退翳，所谓医者意也，殆即此类。”早在宋代文学家欧阳修和苏东坡也曾对江湖庸医视为儿戏，极尽鞭挞和揶揄：“以才人之笔烧灰饮学者，当疗昏惰；推之，饮伯夷之盥水，即可救贪；食比干之饭，即可愈佞；舐樊哙之盾，亦可治怯；嗅西子之珥，亦可愈恶疾乎？”如果把“医者意也”理解为医生治病可以不循法度，只凭臆测臆断随心所欲而施为的话，理所当然地应受到东坡先生的讪笑和后世医家的批判。
二、还“医者意也”一辞的本来面貌
为了澄清“医者意也”一辞的本意，裘氏作了详尽的考订。其实，汉代名医郭玉说得很清楚：“医之为言意也，腠理至微，随气用巧，针石之间，毫芒即乖。”医学的道理至精至微，医生在临证施治时应慎重和细致，切不可轻率马虎，如果稍有不谨，就会“毫芒即乖”。许胤宗说：“医特意耳，思虑精则得之。”意乃指精湛的思虑而言。《素问·金匮真言论》也说：“谨察五脏六腑，一逆一从，阴阳表里，雌雄之纪，藏之心意，合于心精。”意思是说诊察疾病必须谨慎细致地观察人体脏腑阴阳的偏胜、逆从情况，专心致意，用心思考，才能作出精密的判断。《续医说·吴恩序》中的一段话更能说明问题：“医者理也，理者意也……理言治，意言识，得理与意，料理于未见，曰医。”医者意也，就是用意以求理，医理难穷，则用意有加，所以只有“思虑精则得之”。
裘氏通过探本溯源，阐释了“医者意也”的本义，并不是意味着医生在诊病时可以随便臆想臆断，恰恰要求医生在获取大量临床资料基础上，认真分析现象与本质、一般与特殊，通过殚精竭虑的思考，从而对疾病作出判断的过程。这个“意”，实质上就是今天我们所称的科学思维，是认识疾病，立方遣药，推进中医学术发展的一种不可缺少的思维方式。
三、进与病谋，退与心谋
既然“医者意也”是一种科学的思维形式，那么如何应用于辨证施治呢？裘氏欣赏吴鞠通提出的“进与病谋，退与心谋”，为我们提供了良好的示范。
所谓“进与病谋”，就是反复进行临床实践，潜心体察和研究。医学是一门应用科学，医生必须投身临床，广泛接触各种疾病，深入观察疾病的演变规律，并在防治疾病的实践中积累感性的知识。所谓“退与心谋”，就是要深入思考。“心之官则思”，善于用心思考者，才能达到意会和领悟。吴鞠通著《温病条辨》，也是“十阅春秋，然后有得”。通过“病”与“心”的反复谋合，才在对温病学的研究中有所建树。这是他精炼地总结著书过程中思维的经验，强调既要在实践中深入研究疾病，又要善于在独立思考中领悟治法。
《素问·八正神明论》有一段精彩的论述可以作为“医者意也”的良好注脚。“神乎神，耳不闻，目明心开而志先，慧然独悟，口弗能言，俱视独见，适若昏，昭然独明。”这里描述了一种只能心领神会而无法言传的独悟意境，它是科学研究过程中思维活动的一种感知。这一思维方式是通过长期临床实践，获取经验，广泛摄取知识，潜心思索，从错综复杂的现象中，寻找出事物本质的真谛，是认识上的一次升华。当代美国科学家波拉尼将知识分为可言明的和未可言明的两大类。前者可以相互转达，共同分享，是客观的、非个人化的，这种知识只是知识的表层；后者是个人化的，难以言传的，属于知识的深层。从事科学研究的人正是在个人的长期努力中逐渐感悟到一些进入个人意识中的思维技能和习惯。（《中国社会科学院研究生院学报》1989年第2期）。孙思邈曾强调医艺难精，“既非神授，何以得其精微”？他说：“学者必须博极医源，精勤不倦”，“寻思妙理，留意钻研”，“省病诊疾，至意深心，详察形候，丝毫勿失，处判针药，无得参差，虽曰病宜速效，要须临事不惑，唯当审谛覃思”（《千金方》）。可见，“医者意也”，并非是神秘莫测的唯心论的东西，它是经过长期深入钻研中医学理论和临床，勤于思考，才能达到的境界，也是一个临床医生必须练就的一项基本功。中医学并不是一种简单的技艺，而是一门具有高深理论体系的科学，所以仅有感性知识是不够的，还必须将实践中获得的材料，经过理性思考，多多“加意”，才能上升为理论，并不断充实和发展。因此，中医学中“医者意也”的含义是意味深长的。
裘氏曾经深有感触地说：“‘医者意也’一辞，如浅乎言之，它是学习医学的一个起码而又必备的条件；若深乎言之，乃是达到一定造诣或者有所创造发明的一个重要保证，它虽是短短的一句话，确是‘不废江湖万古流’的”。
